崇祯十年晋右佥督御史，巡抚安庆、卢州、太平、池州四府及河南光州、光山、固始、罗山，湖广蕲州、广济、黄梅及江西德化、湖口等地，督导各地军务，有兵万人。 史可法重信义，能与部卒同甘苦，行军中总是等士卒都吃到饭他才肯吃，士卒都穿上棉衣他才换棉衣，所以很得军心，都愿为他效命。 崇祯十二年夏，因父丧去职，回乡首孝，期满复官，任户部右侍郎(尚书副职)兼右佥督御史，代朱大典总督漕运。
他奏请罢免不称职的督粮道员二人，增设漕储道员一人，疏通河道，漕政大为改善，并巡抚凤阳、淮安、扬州等地。积功升南京兵部尚书，参与军国大事。 崇祯十七年三月李自成进逼北京，他率师渡江北征，至浦口，北京陷落，崇祯帝自杀身亡，遂止。南京群臣议立潞王常芳监国(代行皇帝权)，吏可法同意此论。四月间，马士英、阮大铖等为争拥立之功，擅自拥福王由嵩至南京，史可法等不得已，才同意既成事实，立福王监国，以史可法为礼部尚书、东阁大学士，仍掌兵部事。
次年福王称帝，改元弘光。 为拥立事，弘光帝及马、阮等对史可法心怀疑忌，加之弘光帝昏庸，马士英等专横，史可法遭受排挤，不安于位，自请出京督师扬州，镇抚淮、扬一带，被加封太子太保，改任兵部尚书，武英殿大学士，后又加封为太子太师。 从福王被立到扬州陷落近二年间，由于朝廷昏聩，权臣当道，南明王朝一直处于风雨飘摇之中，史可法竭尽全力，苦心支撑，无奈权臣只知勾心斗角，将帅各霸一方，不听调遣，以致疆土日削，大局终难挽回。
顺治二年(1645年)四月二十日，清兵围攻扬州，史可法调兵不至，城内守将总兵李栖凤、监军副使高岐凤拔营出降，城孤势单，史可法亲率部属分段拒守，决心与城共存亡。他写信给母亲和妻子说：“死，葬我高皇帝陵侧”。围城期间，清将多铎多次诱降，均被严词拒绝，四月二十二日清兵陷城，史可法自刎未死，命副将史德成补他一刀，德成痛哭，不敢仰视。
部属拥他潜出小东门，不幸被俘。多铎再次劝降，史可法奋然高呼：“我史督师决无降理”，遂被害，时年45岁。 清兵血洗扬州长达十日，尸骨堆积如山，史可法遗体难以辨认，一年后扬州人民及其家人以袍笏招魂，葬在扬州郊外梅花陵，人称“史阁部”，南明赠谥“忠靖”。清乾隆帝南巡至扬州，赠谥“忠正”。乾隆四十九年(1786年)，他的玄孙史开纯汇集他的遗稿，刊成《史忠正公文集》四卷。
史可法一生俭朴，身为兵部尚书、大学士、扬州督师，但行不张盖(伞)，食不兼味，夏不扇扇，冬不衣裘，寝不解衣。年已四十多岁，仍无子息，妻子劝他纳妾，他说：“王事方殷，敢为儿女乎”！ 建国后，扬州建起了“史可法纪念馆”，朱德题写横额，郭沫若、赵朴初等为之写了纪念诗篇。 成穆皇后 成穆皇后(1126年―1156年)，郭氏，开封祥符人，南宋皇帝宋孝宗赵昚的第一任皇后，奉直大夫郭直卿的女孙，昭庆军承宣使郭瑊之女。
