”据史志记载，南京一带在100-120万年前就有古人类活动。60多万年前古猿人在南京地域生活，汤山旧石器时代文化遗址出土的南京猿人化石，是研究东亚早期人类演化及旧石器时代考古领域具有世界意义的重大发现，再次证明南京是中华文明的发祥地之一。同一化石点发现两个人种，全世界仅有南京一处，南京猿人洞为人类多地起源论提供了有力依据——中国人并非起源于非洲。
7000年前，南京栖霞地区已有农业文明产生。6000年前，出现以北阴阳营文化为代表的新石器时代原始村落，在南京及周边地区发现200多处新石器时代的遗址。4000年前，秦淮河流域出现了密集的原始聚落，被称为湖熟文化，在这些聚落的基础上形成了南京地区最早的城邑。3100年前，南京是西周周章的封地，中华门外发掘的西街遗址将南京建城史追溯到商周之际。
公元前571年，楚国在六合已设有棠邑，置棠邑大夫，这是南京有历史记载的最早的地方建置。前541年，吴国在高淳建濑渚邑，因城池坚固，又名固城。前495年前后，吴国在朝天宫一带筑冶城。前473年，越灭吴，于中华门外的长干里筑越城。前333年，楚灭越，楚威王欲借南京的长江天堑为屏障以图谋天下，于石头城筑金陵邑，金陵之名源于此。
229年，吴大帝孙权在此建都，南京从此崛起，使中国的政治中心走出黄河文化板块的格局，引领了长江流域及整个中国南方地区的发展。此后，东晋、南朝的宋、齐、梁、陈相继在此建都，故南京有“六朝古都”之称，其文化辐射力达整个东亚地区。六朝建康城在中国都城发展史上具有重要地位，首开中轴对称布局的先例，形成了东亚都城特有的以中轴线为基准，主要建筑左右对称的布局和风格，成为后世都城建设的范本。
六朝皇宫建康宫是当时中国规模最大、最壮丽的宫殿，存世三百六十年，史书记载“穷极壮丽，冠绝古今”。其平面布局、建筑形制不仅直接影响了北朝和隋唐的都城，还进而影响到日本的京都、奈良以及朝鲜半岛百济等都城，深远影响了后世宫室建设的形制。今南京图书馆和六朝博物馆下仍保留有建康城遗址。六朝时期的建康城是当时世界上最大的城市，人口逾百万，是世界上第一个人口超过百万的城市，衣冠南渡使汉民族在南京保存了华夏文化之正朔。
六朝建康城与古罗马城并称为“世界古典文明两大中心”，以建康为代表的南朝文化，在人类历史上产生了极其深远的影响。六朝时，以南京为中心的“海上丝绸之路东海航线”正式开辟，南京“石头津”作为通江达海的国际码头，停泊的中外船只数以万计，出现了“四海流通，万国交会”“舟舶继路，商使交属”的繁华景象，南京成为中国海上丝绸之路的重要中心城市。
