”司马光说“：对。陛下应当论断新法的是与非。现在制置三司条例司所做的，只有王安石、韩绛、吕惠卿认为是正确的，陛下难道能够单是与这三个人共治天下吗？”神宗想任用司马光，去询问王安石。王安石说“：司马光表面上借托向上直谏的名义，实际上内怀结附百姓之心。他所说的全是危害政治的事情，所相好的都是危害政治的人，而陛下打算把他置于左右重臣的位子上，让他参与国家大事，这是成败盛衰的关键。
司马光的才能怎能危害政治，但是一旦身处高位，那么持不同意见的人会倚以为重巴结他。韩信打着汉的旗帜，赵军恐惧丧胆，现在任用司马光，这是给反对者树立旗帜。” 王安石因为韩琦上疏陈论，在家休息请求退位。神宗就任命司马光为枢密副使，司马光辞谢说：“陛下所以任用我，是由于看到我狂妄刚直，希望对国家有所补益。如果仅仅是用禄位荣耀其身，而不采纳他的言论，这是用天官私待其身，我不是这样的人。
如果我仅仅以禄位自我荣耀，而不能挽救百姓的忧患，这是盗窃名器来自私其身。陛下果真能够废除制置三司条例司，追还提举官，不颁行青苗、助役等法，即使不任用我，那么我受到的赏赐已是很多了。现在说青苗法害处的人，不过是说使者骚扰动摇州县，成为今天的祸患而已。但我所忧虑的，是在十年以后，不是今天。百姓的贫富，是由于勤劳、懒惰不同而造成的，懒惰的人常常贫困，所以必须向他人借贷。
现在官府出钱借贷给百姓而敛取利息，富裕的人不愿意领取，而使者以多散发作为功劳，一切强迫抑配。而且又担心贷钱的人逃避负债，必定令穷人、富人相互担保，贫穷的人不能偿还，就会流散到四方；富人不能离去，必定督促使他人代还数家的负债。春算秋计，转移不定日益严重，穷人既尽，富人也陷于贫困。十年以后，百姓将没有生存的地方了。
又全部散发了常平钱谷，专门实行青苗法，他日如果想恢复常平仓，将有什么所取呢？富室既然没有了，常平仓已经废除了，加之用兵打仗，接着而来的是饥馑灾荒，百姓中羸弱的必然听任其死于沟壑，强壮的必然相聚而成为盗贼，这是此事的必然发展趋势。”司马光上章极谏至七八次，神宗派人对他说：“枢密院，是执掌军事的，百官各有职守，不应当言及其他事情。
”司马光回答说：“我没有受任此职，那么还是侍从官。对国家大事没有什么不可以说的。”王安石出来处理政事，司马光才得以请求，于是请求去职。 司马光以端明殿学士知永兴军。宣抚使下令分义勇戍守边地，挑选诸军中骁悍勇猛的兵士，招募街市中品行恶劣的少年作为骑兵；抽调民力制作干粮，全部修筑城池高台，使得关辅一带骚扰混乱。
司马光极谏说：“公私困乏，不可举事，而且京兆一路都是内郡，修缮城治不是急务。宣抚使的命令，都不敢从命，如果缺乏财物以供军用，我当然要负责任。”由于这样京兆一路独得免乱。改任许州知州，朝廷催促司马光入京觐见，他没有前往；请求判西京御史台回洛阳，从这以后绝口不论国事。但是言诏下达后，司马光读之感动流泪，想要沉默却不忍心，就再次陈述六事。
又写信责备宰相吴充，事见《吴充传》。 蔡天申任察访使，妄自作威作福，河南尹、转运史像对待上司一样侍奉他；他曾朝拜应天院神御殿，官府单独为他设置一个班次等级，表示不敢与他抗衡。司马光回头对御史台胥吏说“：领蔡寺丞回到他自己的班次上。”胥吏马上领蔡天申站在监竹木务官富赞善的后面。蔡天申为难沮丧，当天就走了。
元丰五年(1082)，司马光忽然得了语言迟钝的病，怀疑将要死去，预先写好遗表放在卧室内，倘若情势急迫，就把它交给关系好的人上呈。颁行新官制，神宗指着御史大夫这一官职说“：非司马光不可。”又打算用他做东宫太子的老师。蔡确说“：国事刚定，希望稍稍迟一些时间。”《资治通鉴》没有完成，神宗对此事非常重视，认为该书胜过荀悦《汉纪》，多次催促司马光完篇，并赐给颍王府旧书二千四百卷。
等书写成，司马光加官资政殿学士。司马光一共在洛阳住了十五年，天下认为他是真宰相，老百姓都号称他为司马相公，连妇女小孩也知道他是司马君实。 神宗逝世，司马光赴朝临丧，卫士望见他，都用手放在额头上说：“这是司马相公。”所到之处，百姓阻遏道路聚首围观，以至于马不得行进，百姓说“：您不要返归洛阳，留下来辅助天子，救救百姓吧。
