为此，郑成功“修整船只，备造军器”，并招募300名熟悉台湾海港、地形的领航员。同时，在南京之战失败后，郑成功便派人去见清军提督，请他“奏请议和”，以集中兵力对付荷兰军。议和失败后，郑成功被迫进行厦门保卫战，并一度送信荷兰总督，表达无图台之心，以麻痹敌人。可以说，复杂形势下，郑成功手段灵活，但其复台之心始终坚定，准备工作始终在秘密进行！选准时机1661年正月，郑成功召集高级将官，宣布“我欲平克台湾，以为根本之地”！郑成功的公开宣布，是找准了时机！1、清方压力一时缓解。
当时，郑成功的主要对手，舟山安达礼、福建达素部大旗退回了北京，东南沿海只有部分绿营军，这说明清军在厦门之战后，一时难以组织海上攻势。同时，顺治刚刚去世！按照惯例，大清国有大丧，暂时不会采取大规模军事行动。因此，郑成功暂时不会有腹背受敌之忧。2、南贸易风即将到来。南贸易风，对双方影响都很大。但是，其对郑成功军的影响，远比对荷兰军的影响小得多。
南贸易风之下，台湾荷兰军要顶风去巴达维亚求援，光是到达巴达维亚，最快需要一个半月，而郑成功军从厦门到台湾，最多两天！因此，郑成功军有极好的时间窗口，进攻孤立之敌，稳固形势，在敌援军到来前即稳固形势，掌握主动！精准的时机选择，使外部环境对郑成功军极为有利，郑成功军缓解了腹背受敌的危险。先取澎湖，进退有据三月二十二日，郑成功由料罗湾出发，二十四日抵达澎湖。
郑成功巡视澎湖，以此为中转站。由澎湖出发，不需一夜，就可能直抵台湾岛。驻扎于此，郑成功可以更好实时根据气象、潮汐，发起致命一击！进抵澎湖后，飓风大作，舰队难行，粮运困难，许多将领出现畏难之心，建议暂退。郑成功，等的就是这个时机！郑成功与其父，久历海洋，对航行有丰富的经验，深知时机已近！四月初一日夜，郑成功下令继续推进！四月初二拂晓，雨过天晴，郑成功军抵达鹿耳门外！暴风雨行军，出人意料，达到袭击效果，而雨过天晴，正利于进攻方认清狭窄通道，突破防线，成功登陆！巧借潮汐，避实击虚由于情报侦察得力，郑成功已对战场地形、敌情有了充分了解，遂定下了避实击虚的登陆作战计划。
即：先不攻敌人主力所在的热兰遮城，避开敌人火力控制的航道，只以一部分部队登陆北线尾，监视敌军；主力乘涨潮之机，由鹿耳门港进入台江，切断敌两城练习，并以主力在敌未设防的禾寮港登陆本岛。四月初二拂晓，郑成功军抵达鹿耳门外后，郑成功亲自换小船，率一部分兵力登陆鹿耳屿，勘察地形、敌情，并监视敌人，防止敌人调整，控制鹿耳门港，保护主力通道。
当日中午，涨潮，在何廷斌等向导领航下，全部舰队穿过鹿耳门港，进入台江，并迅速在禾寮湾登陆。不到两个小时，郑成功军即突破敌封锁，有数千名士兵登陆！控制粮仓，分割敌军，反客为主早在澎湖出发前，由于飓风所阻，粮草已经困难，如果不能迅速控制粮仓，大军即便登陆，也一天也坚持不下去！郑军登陆后，第一个目标就是抢占赤嵌城粮仓！同时，舰队插入两城之间，切断两城联系，而陆军保卫普罗文查城！荷兰人缓过劲来，立刻组织三路反击：舰队反击郑军，企图恢复两城联系；另派兵增援普罗文查城；同时，反击北线尾郑军，企图控制鹿耳门港，切断外海与台江联系。
荷兰人的反应还算迅速，四月三日即开始行动。然而，这一切并没有什么意外，无非是对郑成功部署的正面反击而已。郑成功早已有预先安排，更有1天的时间准备，哪里怕他呢？荷兰陆军以火枪队为主的反击，被预先准备的藤牌兵所败。荷兰海军比较牛逼，赫克托号等船只装备胜过郑成功军。但是，战场为郑成功预先所计划的战场，郑成功部署火船，烧毁击沉赫克托号，荷兰其他船只分头逃串，舰队瓦解。
如此，郑成功军在登陆次日，即彻底粉碎了敌人的防御体系，掌握了主动!巩固形势，胜券在握荷兰人坚城火炮不是盖的，一时难以攻克。但是，郑成功对登陆作战的部署，使郑成功已经占据先机，胜券在握！1、迅速攻取普罗文查城，获取稳固基地。如果不能迅速攻取一座坚城，郑成功军仍可能面临前有坚城，后有敌援的不利态势。郑成功登陆部署时，已将重点放在普罗文查城，这是非常精准的选择！尽管普罗文查城城池坚固，难以直接攻下，但其水源依赖台江。
