在王占元的提携下，孙传芳得展才干，颇受王的信任，倚若智囊，时常充当湖北代表对外接洽公务，有时甚至代表督军检阅师旅，在湖北大有一手遮天之势。 1920年夏，湘军袭鄂，王占元命孙传芳率兵迎战，湘军败退，旋孙传芳接任第二师。同年7月，直皖战争起，皖军战败，王占元秉承直系首领曹锟意旨，将皖系之长江上游总司令吴光新扣押武昌，以孙传芳代替，并由孙传芳改编皖系残余部队。
1921年，湘鄂战争又起，湖南赵恒惕、夏斗寅发兵攻袭鄂南，王占元任命孙传芳为新嘉蒲通警备司令，率第二师应战，总司令部设赵李桥车站。孙传芳派孟昭月及张允朋两旅在得胜山、铁山咀、官山口一带与湘军对抗，大战10昼夜，受挫，退而集结于武穴（广济）休整。湖北督军王占元虽系北洋旧人，但曹锟、吴佩孚见王庸懦无能，克扣自私，早有更换之意；此次抵御湘军作战不利，加以当时财政窘困，饷不以时发，在武穴、宜昌、沙市、武昌 等地先后激起兵变多起，于是便决计迫王下台。
在湘鄂战争初起时，曹、吴即发兵援鄂，由吴佩孚亲任援鄂总司令，派萧耀南率二十五师开赴武汉三镇，第八混成旅旅长靳云鹗为前敌总司令，率部进驻茶庵岭。曹、吴名为援鄂，实为驱王，曾有“援鄂不援王”之语。援鄂大军开往前线，靳云鄂部向湘军猛攻，吴佩孚又亲自率兵乘兵轮直捣岳阳，湘军被水陆夹击，败退长沙，被迫与吴佩孚议和。
人物事迹由鄂援闽1922年4月直奉战争爆发，奉军战败，直系势力日盛。曹、吴既置齐燮元于江苏，又置萧耀南于湖北，惟福建、浙江仍在皖系手中，势在必取，于是有援闽之议。 直皖战争后，福建督军李厚基试图依附直系，后徐树铮从北京逃来福州，策动第二十四混成旅旅长王永泉驱李，以帮办代行职务。1922年秋，曹锟召孙传芳至京，命其发兵援闽，由江西蔡成勋为之后援，并偕同驻赣第十二师周荫人一同前往。
孙传芳受命后，赴洛阳见吴佩孚，吴面允由湖北萧耀南接济开拔军饷，由汉阳兵工厂补充枪支弹药。为此孙传芳又来武昌，从财政厅领到军饷30万元，从汉阳兵工厂领到约值7万元的弹药。1923年初，一切布置就绪，孙传芳即由宜昌赴南昌，约定周荫人并邀请督署参谋长刘宗纪一道入闽。复由九江秘密赴南京，与江苏督军齐燮元达成在适当时机夹攻浙江卢永祥的协议。
福建帮办王永泉，直隶省人，亦系留日士官生出身，当时在直系大军压境下，何去何从，举棋不定。孙传芳致电王占元说明周荫人援闽，希双方合作，王占元当即复电欢迎。周荫人率部由南昌经抚州（临川），由杉关入闽，经邵武，沿闽江而下，直抵福州，与王永泉同学相晤，畅叙旧谊。孙传芳亦督第二师两个旅并配备炮兵工程，相继入闽，留张俊峰旅驻扎邵武，由孟昭月旅直驱福州。
孙、周二师在王永泉、王永彝昆弟未抵抗之下，顺利地进驻了福建。 1923年3月，孙传芳被任命为福建军务督理。孙传芳以刘宗纪为参谋长，王永泉仍留任帮办，周荫人任闽北护军使。孙传芳与王永泉虽是日本士官学校同学，但彼此政治背景不同，关系并不融洽，加以福建军政实权仍多掌握在王之手中，因此孙传芳决计驱王。10月，周荫人袭击王永泉，王军驻扎在福州甚少，无力抵抗，逃泉州其弟王永彝处，又奔厦门，后声明下野，逃往上海。
王被驱后，臧致平、杨化昭及王永彝等在闽南兴兵反孙传芳，意欲联合粤、浙、奉系各方面力量，联合发起倒直战争。1924年春，孙传芳抽调兵力，交由周荫人、卢香亭率领，并联合福建地方势力高义、谢定国、张毅等民军，向闽南臧、杨发动进攻。双方在同安一带展开鏖战，臧、杨败退，经由漳州、龙岩，最后由汀州入江西，逃入浙江，投奔卢水祥。
闽南民军纷纷通款于孙、周，闽事大定。 孙传芳墓臧致平、杨化昭率残部退入浙江境内，为卢永祥收编，对江苏齐燮元有所威胁，成为齐进攻浙江的借口。1924年9月，江浙战争起，双方陈兵于淞沪之间。孙传芳与齐燮元原来就有合力夹击浙卢之密谋，在此江浙战端初启之际，孙传芳即令其驻洛代表王金钰向吴佩孚请缨，入浙援苏，吴允其所请。
孙传芳以闽浙联军总司令名义，出兵援齐。是时，奉天张作霖提兵西向入关，援助卢永祥，通电讨直。 孙传芳挥师北上，直指闽浙界上之仙霞岭。孙传芳派卢香亭及谢鸿勋两个旅向仙霞岭挺进，命孟昭月旅为后继。浙江方面，精锐部队几乎全部调布前线，杭州由陈仪、张国威之地方旅团及夏超警备队驻守，衢州、江山等后方仅留臧致平、杨化昭部及地方部队警戒，及闻孙军由闽入浙，临时急派陈仪旅及张国威炮兵团增援仙霞岭。
