可是怎么处置呢？毕竟这是帝国建立以来第一次遇到宗王“谋逆案”。蒙哥就让诸王们的属臣异密们各自讲一个案子，希望能从先例中找到合适的处理方法，老臣花剌子模人马合木·牙剌瓦赤讲了亚历山大的一个故事，故事是这样的：亚历山大想攻打印度的时候，手下的悍将不听从指令，亚历山大就派人去请教亚理斯多德，请教他怎么处置专横跋扈的悍将们，亚理斯多德一句话都没说，只是把花园里根大而深的树挖掉，在它们占据的地方种上一些弱小的树，亚历山大明白亚理斯多德的寓意，就把那些骄横的异密们杀死，把他们的职位授予他们的儿子们。
蒙哥对这个故事很满意，就效法亚历山大，展开他无情的大清洗。这场血腥的清洗从蒙古本土向帝国四周辐射，在全帝国范围内对窝阔台系的势力进行彻底的肃清。2，株连和笼络失烈门兄弟或被杀或流放，窝阔台系忠诚的大臣额勒只带、章吉等人，都以“务持两端，坐诱诸王为乱”的罪名处死，额勒只带的两个儿子也被以石子填塞其口而死。
察合台汗也速蒙哥也被废黜处死，蒙哥皇帝命令之前被贵由汗废黜的合剌旭烈兀重新做察合台兀鲁思的汗，也速蒙哥的侄子、合剌旭烈兀的堂兄弟不里也被拔都处死。这场大清洗虽然是针对窝阔台系，但也是给那些保持中立的一个警告，他们不得不和支持拖雷系的人一样，向蒙哥皇帝表示忠诚，以换取保全地位。那些同情窝阔台系的人则迅速被蒙哥皇帝消灭掉，比如畏兀儿的亦都护撒邻迪，撒邻迪是被誉为成吉思汗第五子的巴尔术阿尔忒的斤的儿子，巴尔术阿尔忒的斤去世后，儿子乞失马因袭位，并迎娶窝阔台之女阿剌真公主。
乞失马因死后，正是乃马真皇后监国时期，就指定他弟弟撒邻迪为新的亦都护，所以，撒邻迪是窝阔台系指定的亦都护，自然算是窝阔台一派的人，蒙哥皇帝怎么会放过他？因此，撒邻迪被以谋反罪废黜，蒙哥皇帝指定他的弟弟玉古伦赤的斤继承亦都护，并命弟弟亲手处死哥哥，表示对皇帝的忠诚。畏兀儿亦都护家族比较倒霉，就因为这次事件，虽然玉古伦赤的斤也亲手处死哥哥，但并没有得到拖雷系的信任，亦都护家族只能跟随蒙哥皇帝鞍前马后去卖命了，直到第六任亦都护火赤哈儿的斤在位时，因为火州之战的牺牲才重新获得薛禅皇帝忽必烈的信任和重用，得到重新与皇室联姻的资格。
这次大规模的肃清，影响很大，光忙哥撒儿亲自处置的贵戚就有77位，其他倒霉蛋的数量已经不可知。在铲除反对势力的同时，蒙哥对投诚过来的窝阔台系、察合台系成员，极力笼络：阔端一系仍然保留河西地区的封地，当初被窝阔台夺走的拖雷系三千户仍归阔端系拥有，阔端的儿子蒙哥都与窝阔台三皇后乞里吉忽贴尼居于阔端封地之西；窝阔台第四子哈剌察儿的儿子脱脱分封到其祖父的封地叶密立一带；窝阔台第五子合失的儿子海都，得到了海押立地区；窝阔台的庶子合丹和灭里被分封到别失八里和也儿的失河流域；贵由汗的幼子禾忽则分到了祖父的大斡耳朵。
蒙哥的一系列操作，咣咣咣就把窝阔台的封地瓜分、削弱成众多小份，并故意打压嫡系，扶持其庶子系，让合丹和灭里兄弟成为窝阔台系的代表，虽然窝阔台系的人都明白，并对此愤恨不已，却无力改变局面，只能面对四分五裂的窝阔台兀鲁思蛰伏起来，这次蛰伏的时间长达二十年。而在窝阔台时期耀武扬威的察合台系也退出他们之前染指的中亚地区，龟缩回最初的家族封地伊犁溪谷。
蒙哥继位召开的也客·忽里勒台一直持续了十个月，从1251年六月，直到1252年春天，才宣告结束，与会诸王“竭力请求准许他们回到各自的禹儿惕去。”蒙哥才“以百般尊敬和各种恩典抚慰了他们，降旨让他们四散返回各自的营地。”诸王返程也是分批次走的，首先被获准返程的是术赤的别儿哥、秃花帖木儿，蒙哥赐给他们无数的奖赏物品，还让他们给拔都带回去与他身份相符的馈赠。
之后才是窝阔台系的阔端之子、合丹、灭里诸王，接下来是察合台兀鲁思汗合剌旭烈兀。重新复位的合剌旭烈兀是一位多病的人，他甚至都没能走回察合台兀鲁思，就死在路途上（1253.1），蒙哥又指定他的儿子木八剌沙继位，让他的母亲、合剌旭烈兀的妃子兀鲁忽乃监国。那位举报有功的鹰人克薛杰被封为答剌罕，赏赐诸多财物，变得十分富有，这是蒙哥皇帝给他应得的报酬。
