1955年，在商丘市国营农场基础上，正式建立商丘农业试验站。1969年5月，同原地区农业局、林业局、畜牧站、气象台合并建立商丘地区农业服务站。
商丘市农林科学院是商丘市唯一从事农林科学研究的专业机构，现位于商丘市胜利东路10号。前身是1951年6月成立的商丘市（现梁园区）国营农场。1955年，在商丘市国营农场基础上，正式建立商丘农业试验站。1958年秋，改试验站为商丘科学研究所。1959年1月，撤销商丘科学研究所，与商丘专区农业学校合并，5月恢复试验站。
1960年3月改试验站为开封专区农业科学研究所商丘分所。1962年元月，更名为商丘专区农业科学研究所。1969年5月，同原地区农业局、林业局、畜牧站、气象台合并建立商丘地区农业服务站。1972年6月恢复商丘地革委农业科学研究所。1979年3月，所革委会撤销，恢复所制。1981年11月，建立中共商丘地区农林科学研究所委员会。
2010年10月，商丘市农林科学研究所迎来了历史性的发展机遇。为了加快发展商丘市农业科研工作，调整科研机构，提升科技创新和科技成果转化能力，商丘农林科学院研究所被批复为“河南省农科院商丘分院”。同年12月，经商丘市机构编制委员会的批准，商丘市农林科学研究所更名为“商丘市农林科学院”。至此，“河南省农科院商丘分院、商丘市农林科学院”正式成立。
