西晋时，在此置谯国，后又为谯郡，治谯县。北魏正始四年（507年），为南兖州治所。北周建德六年（577年），北周灭北齐，南兖州属于北周。鉴于谯城为军政重镇，北周在谯县设置总管府，统辖数州。北周大象元年（579年），周静帝将南兖州改称亳州。隋大业三年（607年），又改亳州为谯郡。唐武德四年（621年），谯郡更名为亳州，下辖谯县（今谯城区）、山桑县（今蒙城县）、城父县（今谯城区城父镇）、临涣县（今安徽濉溪临涣镇）、酂县（今河南永城酂城镇）、鹿邑县（今河南鹿邑县西南）、永城县（今河南永城）、真源县（今鹿邑县）8县。
武德五年（622年），在亳州置总管府，辖亳、宋、颍、沈、谯等州。武德七年（624年）改亳州总管府为都督府。宋时，亳州属淮南路，宋真宗升亳州为集庆军，置节度使，统县七。金时，属南京路，下辖6县5镇。元时，亳州属汴梁路，下辖6县。元至正十五年（1355年），刘福通起兵反元，拥韩林儿于亳州称帝，建 “韩宋”政权，以亳州为都城三年。
明朝初年，亳州一度为县，属南直隶凤阳府。弘治九年（1496年），又升县为州，境内设义门巡检司。清初，亳州属安徽布政使司直辖。雍正二年，亳州辖谯县、太和县、蒙城县（今蒙城、涡阳和利辛部分地区）1864年，清廷镇压捻军后，析谯县、蒙城县、阜阳县各一部设涡阳县。1912年，国民政府降亳州为亳县，由省直辖，亳县兼管太和县党务。
亳州历代管辖范围(10张)1947年，设亳城市，辖亳县和郊区。1964年，国务院决定从阜阳、涡阳、蒙城、凤台各划出一部成立利辛县。1986年，国务院决定撤销亳县建制，设立县级亳州市。1996年，亳州为省辖市。1998年，收归省直辖（副地级）。2000年，正式设立地级亳州市，下辖涡阳、蒙城、利辛三县和谯城区。
亳州城市风貌(19张)行政区划截至2016年底，亳州市辖涡阳县、蒙城县、利辛县和谯城区三县一区，其中谯城区为市委、市政府机关所在地，全市共有乡镇、街道89个，其中乡镇79个，街道10个。政府驻谯城区希夷大道588号。位置境域亳州市位于安徽省西北部，地处华北平原南端，距省城合肥330公里，位于东经115°53′～116°49′、北纬32°51′～35°05′，北依河南省商丘市，西与周口市鹿邑县接壤，西南部与阜阳市毗连，东部与淮北市、蚌埠市相倚，东南部与淮南市为邻，面积8374平方公里。
地形地貌亳州市全境呈东南西北向斜长形，整个亳州地势西北高亳州(2张)而东南低，以1/9000地面自然坡降向东南微倾。西北部谯城区詹楼地势最高，海拔42.5米；东南以利辛县展沟南部最低，海拔22米，相对落差20.5米。由于受河流蜿蜒切割变迁和黄河历次南泛的影响，形成平原中岗、坡、碟形洼地相间分布，具有“大平小不平”的地貌特征。
亳州市辖境与黄河决口扇形地相连，属平原地带，地势平坦，仅东部有龙山、石弓山、齐山、狼山、双锁山等10余处石灰岩残丘分布，除蒙城和涡阳零星分布的剥蚀残丘以外总体为典型的黄淮堆积型地貌，为近代黄河泛滥沉积区域，微地貌分为河漫滩、泛滥微高地、泛滥坡平地、决口扇形地、河间洼地、河间平地、低丘7种类型。土壤亳州市土壤类型主要有砂礓黑土、潮土、棕壤土和石灰土。
其中砂礓黑土（又叫青黑土）是一种具有腐泥状黑土层和浅育性砂礓层的暗色土壤，是古老的农业区耕作土壤之一，分布面积最大，约占全区总面积的71.6%；潮土系黄泛沉积物发育而成，约占总面积的23.2%；棕壤土系老的黄土性冲击母质所形成，分布于河流中游沿岸，呈带状分布，占土地总面积的1.5%。石灰土系以石灰岩为主的风化积物发育而成，均集中在小山丘周围，约占土地面积的3.7%。
气候亳州市气候处在暖温带南缘，属于暖温带半湿润气候区，有明显的过渡性特征，主要表现为季风明显，气候温和，光照充足，雨量适中，无霜期长，四季分明，春温多变，夏雨集中，秋高气爽，冬长且干。因气候的过渡性，造成冷暖气团交锋频繁，天气多变，年际降水变化大，全市历年平均气温14.9℃，平均日照2184小时，平均无霜期213天，平均年降水量831毫米。
水文亳州市辖区内流域面积10平方公里以上河道367条，50平方公里以上河道72条，100 平方公里以上河道42条，分属淮河水系和洪泽湖水系。主要干流河道有涡河、西淝河、茨淮新河、北淝河、芡河等。涡河左岸自谯城区牛集镇灵子门行政村代桥自然村首先入境，东南流经涡阳县至蒙城县移村集出境入怀远县，境内长173公里，流域面积4039平方公里；西淝河自谯城区淝河镇入境，东南流经涡阳县，至利辛县展沟镇出境 入凤台、颍上县界，境内长123.4公里，流域面积1871平方公里；茨淮新河自利辛县大李集镇入境，向东流经利辛县境南部，至蒙城县邹楼出境入怀远县，境内长66公里，流域面积1401平方公里。
