这也是乡镇卫生院院长较之于其他乡镇事业站所为数不多的优势。乡镇卫生院改革因此成为基层乡镇事业单位改革的一大特色和亮点。所以在行政级别上，乡镇卫生院院长虽然听起来很牛逼，实际上级别与最底层的职员无异。当然，乡镇卫生院的机构性质虽然比过去更有保障，但在机构规格上，乡镇卫生院作为过去乡镇事业单位“七站八所”中的一员，并没有实质性的改变。
伴随着事业单位分类改革的推进，目前各地公立医院和高校都在大规模或局部试点推进改革，取消编制、尽可能地去行政化强化市场作用，以期推动行业人才流动，激活领域内一池春水。而乡镇卫生院的改革恰恰相反。过去，很多地方的乡镇卫生院都是差额拨款性质，除了财政拨付部分经费支持医院外，其余不足部分或超出预算部分都需要卫生院以经营收益补足，因此产生了以药养医、重经济轻公益等问题，为很多人诟病。
为了改变这种被动局面，进一步夯实基层医疗服务体系，近几年各地逐渐改变策略，将乡镇卫生院由过去的差额拨款性质转为全额拨款性质，用财政全额兜底的方式增加乡镇卫生院的服务功能、公益属性，使得乡镇卫生院成为县乡卫生系统的重要一环，在基层医疗体系末端发挥着不可或缺的作用。乡镇卫生院改革因此成为基层乡镇事业单位改革的一大特色和亮点。
当然，乡镇卫生院的机构性质虽然比过去更有保障，但在机构规格上，乡镇卫生院作为过去乡镇事业单位“七站八所”中的一员，并没有实质性的改变。以普通县区乡镇为例，乡镇基层事业站所一般是股级架构，也就是行政级别是科员，比如规建所、农技站、水利站等都是股级单位，其所长或站长理所当然为股级干部，即科员。乡镇卫生院也亦不例外，其行政规格与这些站所一样基本上都是股级，因此院长的三定即行政级别也就是管理九级（对应科员）。
所以在行政级别上，乡镇卫生院院长虽然听起来很牛逼，实际上级别与最底层的职员无异。不过因为事业单位可以“双肩挑”，乡镇卫生院院长人在管理岗，也可以通过职称评聘享受职称待遇，现实中很多乡镇卫生院院长走的是职称路线，工资待遇其实比一般的乡镇站所所长待遇要高。这也是乡镇卫生院院长较之于其他乡镇事业站所为数不多的优势。
