至西汉晚期三公制最终形成，并且是按司徒、司马、司空来建制的。而在秦朝将丞相、太尉、御史大夫视为三公，应该是三公说与现实政治相比较的一种体现。丞相制度丞相制度就是秦朝官僚制度改革的一项重要内容。《汉书百官公卿表》说：“相国、丞相，皆秦官。”西周、春秋以来已有所谓“相”、“傧相”之称，“出接宾曰摈（傧），入赞礼曰相。
”孔子就曾担任鲁国的“相”。到战国后期，“相”才成为总理一国内职事的高级官僚，“相者，百官之长也。”秦始皇统一六国后，废相国，复置丞相，设一员称丞相，设二员称左、右丞相。秦二世在位时期，诛杀右丞相冯去疾、左丞相李斯后， 以赵高为中丞相，于是秦宰相又有中丞相一名。丞相制度的确立是中国封建官僚机构逐渐完善的重要标志，在中国古代史上具有重要意义。
第一，丞相不仅不是世袭的，也不是终身任职的，国君和皇帝不以“亲”、“贵”而以“贤”、“能”选拔大臣，这对秦国历史产生了重要影响。因此，丞相制度的出现是任官制度上突破宗法界限和改变世卿世禄的重要标志。第二，丞相制度建立后，与春秋战国时代相比，掌握实权的人数减少了，国家权力就更容易集中，从而使专制主义中央集权得到了加强，杜绝了春秋战国以来“政出私门”的现象。
这一制度为历代统治者所沿袭，影响深远。御史大夫为了牵制丞相，御史大夫就应运而生了。《汉书 百官公卿表》说：“御史大夫，秦官。”周朝已有“御史”之称，《周礼 春官》：“御史，掌邦国都鄙及万民之治令，以赞冢宰，凡治者受法令焉。掌赞书，凡数从政者。”可见，周代“御史”已是一种正式官职，但其地位并不高。战国时期，御史的职掌已很清楚。
《史记 蔺相如列传》中记载秦昭王与赵惠文王会于渑池时，“赵王鼓瑟。秦御史前书曰：‘某年月日，秦王与赵王会饮，令赵王鼓瑟。’”蔺相如也迫使秦王击缶，“顾召赵御史书曰：‘某年月日，秦王为赵王击缶。’”可见，秦赵两国御史均为跟随国君左右的记事官或掌管文书的官吏。秦始皇时期“御史大夫”的设立提高了御史的地位，其地位仅次于丞相，是秦中央政府的核心人物之一。
秦朝御史大夫的职掌相当广泛，“在殿中，掌图籍秘书”，“受公卿奏事，举劾按章”，还负责掌管律令和司法审判事务。因为御史大夫侍奉皇帝左右，极容易成为皇帝的心腹。秦始皇使御史大夫和丞相既相互辅佐又相互制约的做法也对后代影响深远。掌管军事的太尉据史书记载，秦朝还设有“太尉”一职，职掌军事，其地位与丞相相当。所以后人将“太尉”、“丞相”、“御史大夫”合称为“三公”，成为秦汉时期中央政府里最高的三个官职。
《汉书 百官公卿表》：“太尉，秦官，金印紫绶，掌武事。”马端临《文献通考》卷四十八中也提到：“太尉，秦官。汉因之，金印紫绶，掌武事。”奇怪的是，史书中却没有记录过秦朝有哪个人被授予“太尉”之职，难道这一职位并不存在吗？很有可能是秦朝不一定存在“太尉”那样固定的最高武官的职位，领兵出征的将领大多数都是临时任命的，除白起、王翦等著名武将外，有时丞相也会出征，也有可能派出去的是一般官吏，而将调兵之权都集中在秦王手中。
九卿秦朝时期，在“三公”之下还设有“九卿”。先秦文献中关于九卿之说的确切记载是《吕氏春秋》，《吕氏春秋 孟春纪》云：“立春之日，天子亲率三公九卿诸侯大夫，以迎春于东郊”，可视为“九卿”一词的最早出处。先秦文献中的九卿说与先秦的实际政制情况并不一样。一般认为三公是政务官，而九卿则是事务官、行政官。九卿的职能主要是与天子的私事有关，九卿的设置及其功能侧面的说明封建时期设官治理国家的考虑还不成熟，也是封建社会初期国家事务不多，天子及皇族事务压倒一切的表现。
最后说一说，掌管刑狱的廷尉。廷尉，《汉书·百官公卿表》说：“秦官，掌刑辟”。主管刑狱，为秦朝全国最高司法官。廷尉的职责就是依法行事，力求做到不偏不倚，不轻不重，更不能徇私枉法。但实际生活中廷尉更多的还是秉承皇帝的旨意办事。总结秦朝的官僚制度在汉朝最后定型，而秦汉以后的封建王朝的官僚制度又多继承汉代而加以发展，从而使中国历代封建王朝官制的基本格局最终得以确立。
