但是小巧的机身也带来一个缺点，EOS M和EOS R相机镜头不能共享。M6 Mark II的重量和尺寸与索尼A6400，尼康Z50和富士X-T30相当，但它没有内置的电子取景器。所以如果你一定要加装一个EVF-DC2的话，它的整体重量就会超过其他同类相机，而且价格也更贵。M6 Mark II的另一个缺点是缺少机身稳定，而原来的M6是有这个功能的。
但是，佳能也有一个其他产品没有的功能，所有EOS M变焦镜头都具有稳定功能，可惜EF-M 32mm f / 1.4与EF-M 22mm F2定焦镜头没有稳定功能。这些镜头是EF-M系列中比较优秀的镜头，对于这款相机来说至关重要。M6 II在人体工程学设计方面做得很出色，尽管尼康Z50的握柄手感更好，但对于小型相机来说M6 II的握柄也是一个不错的设计。
与索尼A6400相比，佳能有更多的手动拨盘和按钮，使用起来比较容易。三个顶部拨盘可以控制更改拍摄模式、对焦和光圈，而其他功能比如曝光补偿可以通过后面的拨盘控制。M6 II没有像Z50那样多的可定义功能，但是它像EOS R一样支持快速更改ISO和其他特定设置。104万像素的触摸显示屏可以控制所有菜单。在大角度拍摄时，显示屏可以向下倾斜约45度，向上倾斜180度，非常适合自拍或者Vlog作者。
这块翻转屏的唯一缺点是你没法将麦克风连接到热靴上，它会挡住180度翻转之后的屏幕。M6 II配有内置闪光灯，可以在黑暗的房间中使用。它也有麦克风输入，但没有耳机插孔。相比之下，富士的X-T30有USB-C接口可以外接耳机。M6 II配有一个USB Type-C接口用于数据传输和充电，一个迷你HDMI接口。
另外你也可以通过WiFi和蓝牙传输照片或控制相机。M6 II只有单个存储卡插槽，但与尼康Z50不同，它配的是快速的UHS II插槽。电池可以拍摄305张照片，如果使用EVF，可以拍摄250张照片。这种续航与尼康Z50差不多，但是不及富士X-T30的380张。性能鉴于M6 II快速的拍摄速度，它需要一块大容量的电池。
尽管传感器分辨率比同类相机更高，但在机械快门模式下，启用连续自动对焦和自动曝光后，其快门速度仍比其他同类相机都高，达到了14 fps。然而，尽管M6 II有静音拍摄模式，可是你却不能在连续拍摄时使用它。这对于野生动物拍摄是一个严重的限制。M6 II的机身缓存可以存储约26张RAW相片。而清除缓存的时间比较慢，所以建议购买尽量大容量的UHS II存储卡。
M6 II使用佳能的双核自动对焦系统和Digic 8图像处理器。它具有143个相位检测点，可提供高达100％的覆盖率，具体要取决于所使用的镜头。它可以追踪拍摄对像的面部和眼睛，但仅仅局限于拍摄对像是人，而不像Sony那样拍摄人或动物时都可以追踪。在实际拍摄测试中，自动对焦不如A6400，但也算非常好。
