黄药师的真名叫什么？为什么他没有真实姓名，他的过去又有什么故事？
黄药师本名黄固，因仰慕初唐李靖李药师，才兼文武，于是自改其名为药师。黄药师母亲为李秋水的孪生妹妹李沧海，也就是人们都以为杜撰而出的南海神尼。却说，李秋水的孪生妹妹李沧海与姐姐的妖娆妩媚、工于心计截然相反，反倒是一位温婉动人、恬静淡泊、与世无争的柔情女子。李秋水、天山童姥、无崖子同拜逍遥子为师学艺后，李沧海也随姐姐来到天山缥缈峰同住。
由于李沧海并非是逍遥派的正式弟子，逍遥子只是将逍遥派的五行八卦、奇门遁甲、农田水利等门派技艺传授于她。李秋水凭美貌媚术勾引风度闲雅的无崖子成功并生下爱女李青萝后，搬至大理无量山琅嬛福地共居，李沧海也一同随往。李沧海更是凭奇门遁甲之术将琅嬛福地打造成了一座梦幻水晶魔宫，并利用农田水利之能在四面环山的深谷中栽植了漫山遍野的桃树。
岂料，无崖子竟渐渐喜欢上了李沧海，并且依据其相貌塑造了玉雕像，整日着迷于此，以解相思之苦。无崖子沉迷于雕像，不免对李秋水疏远。耐不住寂寞的李秋水待李青萝刚一成年便将其远嫁到姑苏王家的桃花山庄，自己则迫不及待地出山入世，寻找眉清目秀、玉树临风的俊少美男风流快活去了。少了李秋水的羁绊，无崖子自是与李沧海走到了一起，两人时而月下对剑，时而花前赋诗，欢好弥笃，琴瑟之声时时从湖底传出，双人舞剑之影竟印于石壁之上。
只是造化弄人，好景不长。李秋水对外面的世界终又意兴阑珊，返回了无量山，并将无崖子的二弟子丁春秋勾引上手。丁春秋异想天开，妄想与李秋水天荒地老，使用奸计发难于无崖子，并用李秋水所授的弹指神通将其打下悬崖，生死未知。无崖子、李沧海两人偷情之事终于东窗事发，李沧海自是不愿夺姐姐所爱，唯有黯然退场。这年的秋天本已令人愁闷难耐，更何况李沧海已然珠胎暗结，加上屋外那吹不尽的秋风“萧萧”作响，更教人愁杀。
待将分娩李沧海只得投奔唯一的亲戚姑苏王家。昔日的李青萝现如今的王夫人自是欣然接纳，王夫人的丈夫王老先生更是一位通情达理之人，时时照拂李沧海并收其遗腹子为义子。王老先生的身份却让人始料未及。直到一年后王老先生因病去世，人们才得知他居然是化名隐居于此的旷世武学大师黄裳。黄裳，字晟仲，人称演山先生，福建延平人，本是一位状元出身的文官，因给徽宗皇帝编撰《万寿道藏》经而悟出震古烁今的绝世武学《九阴真经》。
黄裳任职福州知府期间，奉命剿灭了起义造反的明教，因此树敌无数。为躲避仇敌追杀改名换姓隐居于姑苏桃花山庄，并迎娶了李青萝，生下女儿王语嫣。黄裳本是好书之人，在其名为“琅嬛福地”的书房中，不仅珍藏了诸子百家全书，更有天下武学秘籍。女儿王语嫣虽不喜习武，但常去书房熟读各派武学秘笈，最后竟能看出各家武功招式。
李沧海为感念黄裳照拂收留之恩，又不知无崖子所姓，于是给孩子起名黄固，取意固本思源，为人子者，当思木本水源。此后数年间，黄固不仅勤于请教王语嫣，更沉浸于琅嬛福地，修儒学之道，悟道家武学，尽得黄裳隐逸之学，上通天文，下通地理，五行八卦、奇门遁甲、琴棋书画，甚至农田水利、经济兵略等亦无一不晓，无一不精。待到黄固十一二时，仰慕唐初卫国景武公李靖李药师，才兼文武，出将入相，更被其所著的李卫公兵法所折服，遂自作主张将其名改为药师。
同年，当初厌烦丁春秋独自跑到西夏当上皇后的李秋水，与争风吃醋的天山童姥在冰窖内斗得同归于尽，以至王夫人将其母之死归咎于无崖子，遂整日指桑骂槐骂尽天下负心之人，更是迁怒到李沧海孤儿寡母身上。尚未成年的黄药师尝尽人间酸楚、世态炎凉，寄人篱下的感觉让黄药师渐渐养成了离经叛道，性情孤僻，行动怪异，愤世嫉俗偏激邪傲的性格。
数年后，王夫人为博大理镇南王段正淳的欢心，把桃花山庄的桃树悉数砍伐殆尽，改种山茶，并将山庄改名为曼陀山庄。这时，李沧海已经知道山庄再无娘俩容身之地，于是带着黄药师离开了曼陀山庄，流落于江湖，途径少林寺时，巧遇到虚竹以"生死符"降服，而后被送入少林寺戒律院感化的丁春秋。此时的丁春秋历经万般红尘劫，已然幡然悔悟，为赎当年离经叛道、弑杀师父之罪，遂收黄药师为徒。
丁春秋虽然武功已废，却将自己研制的独门解毒养生秘药九花玉露丸传于了黄药师。这年，大理皇帝段誉广发英雄帖，于大理无量山比武招徒。刚及弱冠的黄药师与母亲李沧海毅然南下，黄药师更是在武林大会上力拔头筹，一举成名，因其武功飘逸，性格离经叛道，狂傲不羁，而被天下人称其为东邪。此时，苦苦相思半载的段誉终于见到了神仙姐姐的真身，了却了半生的夙愿，并将自己武学倾囊相授于黄药师，自此再无俗意，欣然出家，直至高寿而终。
年迈的李沧海再游无量山，睹物思情，开始怀念昔日与无崖子花前赋诗，月下对剑的桃花谷。黄药师为解母亲心结，踏遍三山五岳，历览九州四海，历经一年有余，终于在东海之滨找到了东汉飞升仙人安期生醉酒墨泼的桃花岛。桃花岛上，李沧海潜心修行，终于看破红尘，遁入空门，并自号南海神尼。每16年，南海神尼必会沿海而下，广行善心善德，直至寿终正寝。
后来黄药师常和黄蓉谈起南海神尼之事，黄蓉常以为是父亲杜撰之事，岂不知南海神尼竟是自己的亲外婆。这时，忽闻九阴真经重现江湖，黄药师有感义父之恩，遂出岛去寻，竟意外得知虚竹的妻子竟是李秋水的孙女，西夏公主李清露。黄药师跋涉万里，来到西夏，想见李清露一面。殊不知，待到黄药师赶到，西夏朝堂内乱，虚竹夫妇不幸亡于朝堂血洗之中。
