微生物通常是所有难以用肉眼直接看到或看不清楚的一切微小生物的总称，包括细菌、真菌、放线菌、原生动物、藻类等有细胞结构的微生物，以及病毒、支原体、衣原体等无完整细胞结构的生物。有很多食品（如酱油、醋、味精、酒、酸奶、奶酪、蘑菇）、工业品（如皮革、纺织、石化）、药品（如抗生素、疫苗、维生素、生态农药）是依赖于微生物制造的；微生物在矿产探测与开采、废物处理（如水净化、沼气发酵）等各种领域中也发挥重要作用。
微生物是自然界唯一认知的固氮者（如大豆根瘤菌）与动植物残体降解者（如纤维素的降解），同时位于常见生物链的首末两端，从而完成碳、氮、硫、磷等生物质在大循环中的衔接。若没有微生物，众多生物就失去必需的营养来源、植物的纤维质残体就无法分解而无限堆积，就没有自然界当前的繁荣与秩序或人类的产生与维续。多数微生物对人体是无害的。
实际上，人体的外表面（如皮肤）和内表面（如肠道）生活着很多正常、有益的菌群。它们占据这些表面并产生天然的抗生素，抑制有害菌的着落与生长；它们也协助吸收或亲自制造一些人体必需的营养物质，如维生素和氨基酸。这些菌群的失调（如抗生素滥用）可以导致感染发生或营养缺失。然而另一方面，人类与动植物的疾病也有很多是由微生物引起，这些微生物叫做病原微生物。
都说人体内有微生物，你信吗，我肉都发麻了？
人体内外微生物数量比人体细胞还要多得多，也就是人类肉眼看不见微生物，要不然会把自己恶心死，而那些微生物实际上还协助人体消化、免疫等重要功能，不可或缺。微生物在自然界生存的优势就是体型很小，肉眼看不到，而大型动物必然要和外界发生物质和能量的交换，也就是要吃要喝，所以无可避免地摄入微生物，但是微生物如果泛滥的话会造成动物的死亡，所以在进化的过程中微生物和大型动物逐渐“共生”，人体为微生物提供能量，微生物协助人体进行一些生理功能。
寄居在人体上的微生物绝大多数对人体无害，人体细胞有60万亿左右，而微生物的数量却远远高于此，可能有10倍，但有害的只是少数，在数量和种类上也不占优势，所以别听到人身上遍布微生物就犯了洁癖，没必要，实际上那些微生物就是靠人体的机能蹭点吃喝罢了，但是反过来也帮助人体更好地适应环境。人体内的微生物对人重要的方面主要是两个：免疫和消化。
免疫人体皮肤乃至组织间隙中都有微生物的存在，在人的生长发育过程中，随着免疫系统的发育，逐渐和微生物达成一种较为和谐的状态，那就是你不犯我我不犯你，微生物的种类和数量保持相对恒定。一旦人体有外来的微生物侵袭，这些寄居在人体的微生物就因为能量的摄取而和外来的有害微生物产生竞争，影响外来微生物的生存，甚至能在竞争中把外来微生物的吃的喝的都抢光，使它们无法生存，这就无形中增强了人体的免疫。
不过这种体系也偶尔会出现问题，那就是菌群失调，皮肤山的菌群失调会导致皮肤病，肠胃道的菌群失调会导致拉肚子或者便秘。而微生物在人体内游走，也会偶尔跑错地方被免疫系统清除，这也能增加免疫系统的活性。消化人类在进化的过程中，由于食物的变化肠道内微生物的种类也在不断地变化，可以消化的食物种类也在变化，人类从草食到杂食，盲肠等大肠结构缩短了，而且大肠自身没有重要的消化功能，对植物食物的消化能力有所降低，主要的功能是储存食物残渣，但是而寄居在肠道内的微生物可以协助人体消化有些纤维含量丰富的食物，可以将食物残渣中部分消化不了或者消化不干净的糖类发酵，生成短链脂肪酸，作为肠上皮细胞活动的能量来源，微生物通过消化食物残渣产生多种维生素，如维生素B族和维生素K，所求的也不过是蹭点能量。
人体出现哪些信号时，应该注意肠道中微生物菌群的改善？
人体出现哪些信号时，应该注意肠道中维生素菌群需要改善？很多人没有留意过，其实我们的肠道健康出问题时，身体会有很多表现症状出现，主要出现的信号为：便秘／腹泻／疲劳／记忆力减退／肤色暗沉／口臭／注意力不集中／免疫力下降易感冒等等。如果经常出现上述症状的某一种，或者交替出现，就应该注意，要调整肠道的健康了，避免因为肠道健康问题给身体带来其他的伤害。
我们肠道菌群主要分为三大类的菌群，一种是肠道有益菌，一种是肠道有害菌，还有一种菌群，我们称之为“墙头草”，这种菌群如果有害菌数量更多，那么就会发挥有害菌的作用，如果有益菌多，就会发挥有益菌的作用，因此要想要肠道健康，想要增加有益菌对数量，酸奶虽然能够提供益生菌，但因其属于非定居菌群，进入肠道很快会被排出，需要每天摄入才行。
但是可以多吃一些富含膳食纤维的食物，如：蔬菜／水果／薯类／粗杂粮，这些膳食纤维作为有益菌的食物，可以增加有益菌的数量，促进肠道健康。而对于很多喜欢吃肉的人来说，应该更好的婚俗搭配，肉在体内代谢后吃产物为氮，是有害菌的食物，吃的过多，会使有害菌数量增加从而影响肠道的健康。因此在平时的饮食当中，一定要做到粗细搭配，种类多样，均衡饮食，并且最好在吃肉时搭配蔬菜一起吃，可以多吃一些绿叶蔬菜。
