在蒋介石的支持下，三青团发展得很快，到了万人以上，它的主要领导成员也大都由蒋介石的心腹嫡系组成。团的重要干部除了1946年，已经达到一百三十系和黄埔系，蒋经国系也是一支重要的力量，而且有后来居上之势，似乎想把三青团变成培养蒋太子的政治势力和声望的基地。在组织性质上，三青团也具有浓厚的私人政治集团色彩。
三青团奉蒋介石为最高领袖，根据团章规定，三青团设团长一名，由国民党总裁蒋介石担任，团员必须服从团长命令。三青团在社会政治活动中也是蒋介石的有力帮手，它同共产党积极争取青年，大搞特务活动。正因为以上种种原因，蒋介石对三青团青睐有加，他甚至私下里盘算过以三青团取代国民党的地位，进行一次大的政治改革。所以，三青团从一成立起就气势咄咄，虽然三青团的干部都是蒋介石的嫡系,但他们的内部矛盾却十分激烈.CC系的优势和工作重点主要在国民党内，当时即有“蒋家天下陈家党”之说，而三青团的大权却在黄埔系手里。
因此, CC分子就有意识地要降低三青团的地位，把党团关系说成是三青团从属于国民党，这让三青团的绝大部分成员和黄埔系分子感到不满。因此，当时三青团的组织处长、黄埔系的骨干分子康泽就尖锐地攻击CC,强调三青团的重要性和独立性，将蒋介石的话引申发挥，认为三青团是国民党的未来希望，承担着组织全国青年的重任。在这种思想鼓励下，全国各地的三青团组织也积极地与当地国民党基层组织争权势、争地位，摩擦事件时有发生，让蒋介石也深感苦恼。
到了1944 年，蒋经国取代康泽的地位，上述矛盾更尖锐了。由于蒋经国的特殊身份和地位，三青团的气势更旺，甚至有了独立组党之议，即三青团组成新党，与国民党轮流执政，蒋介石兼跨两党领袖，蒋经国亲自领导。这种议论终于在三青团“二全”大会.上被公开提了出来。这一提议对CC分子极为不利，如果通过，那么他们掌握的党权就要从此失去。
因此陈立夫专程赶到庐山,向蒋介石进谏。CC系反对三青团另组新党的理由简单而实际:既然蒋介石一身兼两党领袖，当两党相互指责攻击时，他将何以自处? CC的意见终于说服了蒋介石，同意取消三青团组党的提议。三青团不仅与CC系有矛盾，蒋经国系与黄埔系也积怨甚深。自从蒋经国取代康泽的青干校教育长这一拥有实权的职位后，康泽就以消极的态度进行抵制。
实际上，蒋经国除了他从江西带来的那班人马外，对三青团基层干部组织的使用和控制根本谈不上得心应手，而且自庐山会议独立组党计划失败后,更是心灰意冷而怠于问事,团的工作也就愈益散涣松懈。最让蒋介石恼火的是，三青团积极参加了当时的各种政治竞选工作，由于蒋经国将精力转向其他方面而无暇过问三青团，三青团的一部分干部开始和其他政客相互结纳，操纵团员参加竞选。
