把待查文章输入系统后，可以与查重系统数据库里已发表的期刊论文、硕博论文、报纸等数据库的文章信息进行比对，并对比对结果进行标注输出。比如，你的论文中有一小段的叙述是从别人论文中照搬过来的，有多少字重复就会用不同颜色的字标注，并提示与那篇论文的哪部分是重复的，具体字数有多少，如下图所示。哪些内容查重查不出来？查重系统不是万能的，有些内容查重系统是查不出来的，如【1】系统只能检测中文，英文是查处出来的；【2】数学公式是检测不出来的；在word文档中用公式编辑器编辑的公式是以图片的形式存在的，在查重系统中检测不出来。
如果文档是PDF格式，默认查重也是把PDF转换成word文档中的编码查重的，此时被复制过去的公式大多是乱码，因此查重检测不出来。【3】图片无法查出来文档中的一些流程图、数据生成的图像，或其他图片是查不出来的。【4】一些学校的自建库查不出来很多论文查重的机构和网店号称自己查重资源包括高校的特色自建库，其实这一点基本是无法实现的，很多高校有自己的自建库，这些数据库有的是不对外的，此时若有重复甚至抄袭也是查不出来的。
比如一些高校的硕博论文就有专门的自建论文库，他们的硕博论文是不上知网的，一些查重系统往往也无法获取这些高校自建库的信息，因此无法查到。论文查重能查出什么问题？论文查重当然能够查出论文的重复率，如果大段引用他们论文，会有一个复制比，如果比例过高是无法通过审核的，因此论文查重可能会出现这些结果：大量摘抄所引用论文的结果和叙述，查重结果可能是【过度引用】大量摘抄他们观点和叙述但并未引用，查重结果可能是【剽窃】剽窃包括剽窃观点、剽窃文字叙述及整段剽窃。
论文查重，重复率太高怎么办？
首先咱们先说一些，为什么现在会出现那么多的论文重复率太高的问题，因为什么呢？那就是因为现在的毕业论文的课题要枯竭。现在我们每年的大学本科毕业生大概有700多万，每一个大学每年都有几万名的毕业生要毕业分配。每个专业都有几百名这几百名学生，她的指导老师每年都基本上每个老师特别是本科学生都带了几十名的学生，这每个老师每年不可能去找寻不一样的课题，给学生来去研究写论文。
大部分都是沿用以前学生的论文课题修改，这样势必会造成论文的内容有太多的研究一致性。特别是有些学生看到了以前师兄师姐们写的论文，很有参考意义，而参考了前面论文的一些观点语言以及内容。在以前的时候，论文是不需要查重的，现在就是因为碰到了各种各样的问题，才会在论文写作完成以后需要查重，从而规避抄袭以及引用过多的问题。
