在计划分配的年代，学校毕业生的分配，当然大部分在审计系统内部进行。也就是这个时期，学校在审计系统内建立起了相当强大的人脉。这种人脉一经形成，就一直影响着学校的发展，即使今天早已早已取消大学生工作分配20余年，当年形成的人脉还是有着一定的关系。1993年学科升格为本科院校。2000年学校调整为审计署与江苏省共建，以江苏省管理为主。
2002年学校合并了南京金融高科学校，虽然只是专科，在江苏省特别是南京市的银行系统中却有较强的影响力，还是因为他的人脉广。2011年成为全国首批审计硕士专业学位授权单位，当年成为教育部、财政部、审计署和江苏省共建院校。2015年学校更名为南京审计大学。学校与国家审计署的独特背景关系，使学校的审计学专业获得特别的发展，审计学专业曾经全国排名第一。
审计、会计、金融等行业性专业特色非常鲜明。行业认可，就业质量极好审计学专业毕业生也受到行业内用人单位特别的认可，毕业生进入金融、四大等企业就业的人数不少。学校2018届总毕业生数为3971人。按官方统计数字，学校有453人国内升学深造；334出国升学深造，深造比例将近20%。直接就业的毕业生中，有624人进入金融机构，158个考上公务员。
公务员就职单位也很不错，税务部门占了约一半。共有319人进入了会计师事务所，其中不乏进入“四大”人数。其中安永41人、毕马威14人、德勤10人、普华永道9人。南京审计大学毕业生就业区域，以江苏、上海、浙江为主。相关统计数字如下。江浙沪地区合计就业比例达到了80%以上。在其他就业相对较多的地区，是广东和北京。
南京审计大学的就业质量，从上面的统计，可见一斑。毕业生就业的行业、单位、地区，都是相对比较好的。当然，这也是南京审计大学在高考中以一本院校的身份，录取分数超过一些211的根本原因。从就业角度看，南京审计大学的含金量很高。不过从学术水平来看，南京审计大学不是很高。第四轮学科评估结果，学校只有3个学科上榜：理论经济学C-、应用经济学C、工商管理B。
985本科去南审，值得吗？
高考录取其实与买东西是一样的的道理，买东西是一分钱一货，高考则是一分成绩一分学校和专业。南京审计大学的招牌专业是审计学，这个专业的录取分数，经常能够进入一些中档的985工程大学，南审的其他专业录取分数，也经常能够进入一些弱势985大学。如何选择，要看你读大学的理念。一、以就业为目的去读大学。南审的就业情况是相当不错的。
虽然南审的专业水平一般，在第四轮学科评估中，南审评级最高的学科是工商管理，评级也只是B级。南审的招牌专业是审计学，属于工商管理一级学科。也就是说南审的王牌专业审计学在学科评估中也就是B级水平。这在985工程大学中只能是一般水平的专业。可南审的审计学、会计学、金融学等专业在行业内的认可度非常高，毕业生进入四大会计师事务所的人也不少。
