2003到2008年，任哈佛医学院Instructor，Brigham and Women医院肾病科Research fellow。哈佛医学院和Brigham and Women医院肾病科的科研是相当有名的，历史上曾出了两个诺贝尔奖获得者。 我从1999 -2000年，2003-2008年,先后共近7年来一直在此科一大实验室里从事多囊肾（PKD）相关基因的功能和病理机制研究。
在前两年（1999年-2000年）的研究中，我做的相对顺利，发了多篇文章。2000年底回国在浙江大学医学院基础医学院任教。2002年被浙江大学聘为教授，博导。2003年中，我应哈佛实验室老板邀请，再次到哈佛医学院，继续PKD方面的研究。PKD1或PKD2的突变能导致PKD，这是一种非常常见的严重遗传病。
在美国，对这种病的研究很热门，获得NIH资助的机会也较大。2002-2003年间，当时在PKD领域的一个重要进展，是发现突变导致PKD 的PKD2基因编码的Pc2蛋白被定位在细胞的原纤毛上。我刚去的时候，实验室刚刚发了一篇重要文章在《自然遗传学》（Nature Genetics， 2003.2）上。这篇文章主要说，PKD1，PKD2编码的蛋白质都在细胞纤毛上，起着感觉细胞周围机械运动（如尿液流动）的作用。
而这两个基因中的任何一个突变了以后呢，其在细胞纤毛的机械感觉作用缺失，以致细胞中的下游信号传导通路失去正常刺激信号，细胞重新开始生长。这个相对完美的故事当时在生物医学界引起很大轰动，因为它完美的解释了PKD基因的突变为什么会引起多囊肾。这个突破是如此的重要，以致一时间众多科研小组纷纷跟进。在很短的时间（2-3年）内，几乎所有突变引起多囊肾的蛋白都被发现定位在了细胞的纤毛上，类似的 文章竟达数十上百篇之多，其中不乏Nature，Cell等所谓顶级杂志的文章。
这些小组来自美国甚至世界各地。一时间，PKD蛋白位于细胞纤毛上，多囊肾的病理机制为细胞纤毛感觉功能的缺失，成为了多囊肾领域，细胞生物学领域和神经感觉领域等几大生物医学领域的白热点。这个发现的另一重要意义在于，它对长时间来人体细胞纤毛为无用的进化痕迹细胞器的重大科学共识提供了一个重要反例。所以，这个发现被誉为生物医学科研的重大突破级发现。
2003年我在刚至哈佛的时候，自然而然的将科研方向定在了这个被多个小组验证的重大突破上。然而，我在这个方向的科研中，碰到了很大的困难。我的研究表明，PKD蛋白在细胞纤毛上的现象，好像似是而非。刚开始我一直将信将疑，以为是自己技术上的原因，后来又怀疑是试剂上的原因。因为，我觉得，这么多的不同小组都发现了这种现象，应该可以说这个发现是不可怀疑的。
期间我用不同的细胞，质粒，试了各种不同的条件。而实验结果还是不很确定。实验室其他博士后也在议论纷纷，对PKD 蛋白到底是否在纤毛上，开始有一些疑问。这一段时期的确是我科研生涯中最痛苦的时期。2005年9月份，实验室另一博士后因故离开，实验室主任把那个博士后的课题转到了我手中。由于他的课题直接和Pc2和纤毛有关，使得我接触到了他们发表所用的同样试剂。
我用这些试剂一做实验，很快就得到了让我大吃一惊的结果。我的结果表明，那篇发表的文章中所观察到的Pc2在纤毛上的现象，其实是实验方法和试剂导致的假象。而这种假象是由抗体的非特异性结合造成的。根据我的观察，Pc2很可能不在细胞的纤毛上。为谨慎起见，我又做了很多不同的实验，重复验证了我观察到的现象。实验室老板和其他博士后都不能解释我观察到的现象。
很多同行研究人员私下里也认为我的发现的有效性和合理性。但是，如果他们承认我的发现，必然要否定原来已被科学界接受的重大理论突破，甚至在这个方向上已申请到的所有NIH课题都要半途而废。而且，对他们来说，更不能接受的是，如果他们承认我的发现，就要承认先前很多小组发表的论文，在关键数据上是造假或犯错而得的。这时，我回过头来重读这些文章，就发现很多论文中明显不符科学逻辑的地方和明显造假的地方。
如Polycystins 1 and 2 mediate mechanosensation in the primary cilium of kidney cells (Nature Genetics，2003.2)一文， Cellular and subcellular localization of the ARPKD protein fibrocystin is expressed on primary cilia（Hum Mol Genet. 2003 Oct） 一文。
在这两文中，作者都犯了同样低级的技术错误。就是在用间接免疫荧光技术进行两种蛋白的共定位实验中，采用两个来源于同种动物的一抗。这种低级技术错误，不管是作者故意或无意犯下的，应是致命的硬伤。我的发现揭示，PKD领 域这一重大科学进展，竟可能是这样一种皇帝新装式的东西。这种群体造假骗局，严重威胁了病人的利益和健康，对社会危害极大。
