国家级特色专业（4个）：药学、临床医学、基础医学、护理学。福建省特色专业（8个）：应用心理学、医学检验、社会工作、临床医学、口腔医学、药学、护理学、预防医学。学校以人才培养为核心任务，坚持立德树人，大力深化教育教学改革。拥有国家级特色专业4个，国家级一流专业建设点9个。现有临床医学和基础医学2个博士后科研流动站，4个博士后工作站，2个院士工作站。
临床医学、药理学与毒理学和化学3个学科进入ESI全球排名前1%，其中临床医学进入ESI全球排名前3‰。现有血液病学等国家级重点学科（专科）12个，临床医学、基础医学等省级重点学科（专科）56个学校拥有附属协和医院、附属第一医院、附属第二医院、附属第三医院、附属口腔医院、附属平潭协和医院等6所直属附属医院，编制床位数8500多张。
拥有协和临床医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、妇儿临床医学院等6所临床医学院。在福建省设有非直属附属医院15所，临床教学医院23所，专业实践教学基地95个。附属协和医院、附属第一医院和省立医院是福建省首批建设高水平医院，附属医院10个专科医学中心纳入省高水平临床医学中心建设。
附属协和医院、附属第一医院连续7年进入香港艾力彼医院管理研究中心“中国医院竞争力·顶级医院百强榜”。在复旦大学医院管理研究中心发布的排行榜中，附属协和医院、附属第一医院双双进入中国医院百强排行榜；附属医院10个专科进入全国专业声誉排行榜（提名）；43个专科进入华东区医院专科声誉榜（提名）。附属第一医院滨海院区是国家区域医疗中心，附属第二医院是福建省南部区域医疗中心领衔医院。
厦门大学医学部的实力如何呢？
1996年10月11日，经国家教委批准，在厦门市委市政府、厦门大学的共同努力和海外华人华侨的支持下，厦门大学医学院宣告成立。她结束了闽西南没有高等医学教育的历史，使厦门大学拥有了更完整的学科体系。设有基础医学部、临床医学系、中医学系、护理学系、口腔医学系（口腔医学17年首次招生）、眼视光学系、器官移植研究所、消化疾病研究所、眼科研究所、神经科学研究所、抗癌研究中心等64个教学与科研机构。
因为是新建学院，医学类在12年学科评估中没有参评。学科建设截至2016年3月，学院有3个一级学科硕士点和1个博士点，国家级重点学科3个，福建省重点学科3个。 国家级重点学科：动物学、细胞生物学、水生生物学 福建省重点学科：生物医学工程、基础医学、临床医学 博士后科研流动站：生物学 一级学科博士点：生理学、临床医学（2018年获批）一级学科硕士点：临床医学、基础医学、中医学【直属医院】201919.4.6厦大98年校庆的时候厦大医学院直属医院——厦门大学附属翔安医院隆重开业！目前还计划十年内投100亿建设直属医院，第一所直属医院计划设3000张床位，目前的厦门第一医院也仅1500张。
