审计部门是政府组成部门，纪委监委是党委机关，虽然最终都要接受党委领导，但因为行政隶属关系不同，在工作程序等方面存在很大差异。像地方党政主要领导的离任审计以及上级政府及审计机关交办的重大审计事项，一般都交由审计部门负责，而不会由纪委监委直接处理。
审计和纪委监委是地方党政系统行使监督职责的权力机关，有共同点，也有区别。一、共同点主要表现在三个方面：1、都是国家行政机关，机关人员一律使用行政编制即公务员，由财政全额供养。2、都代表党委政府行使监督权力，对机关事业单位和国企的人财物进行执纪监督。3、都实行双重领导，单位人财物归属地方，业务上接受上级部门指导。
二、区别也有三点：1、分属关系不同。审计部门是政府组成部门，纪委监委是党委机关，虽然最终都要接受党委领导，但因为行政隶属关系不同，在工作程序等方面存在很大差异。2、主要领导产生方式不同。审计部门作为政府工作部门，其主官必须经由人大常委会任命产生，而纪委监委主任则由纪委全会选举产生。3、工作重心不同。纪委监委主要职责是执纪，负责监督国家公职人员违规违纪行为，提出处罚意见，作出处理决定，工作重点针对的对象是人；而审计部门则不同，其主要任务是根据党委和政府工作安排，对本级及下级单位的财政预算执行情况、财务收支、资金使用效益、机构负债损益、国有资产保值增值、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财政收支情况进行事前、事中和事后全过程审计，针对的主要对象是财，侧重的经济责任审计，属于专项业务监督范畴。
审计结束后，将审计结果提交党委和政府审议，涉及违规违纪的问题由党委政府交纪委监委查核，最后做出处理意见和决定，审计部门作为业务部门只负责审计，不出具处理意见。像地方党政主要领导的离任审计以及上级政府及审计机关交办的重大审计事项，一般都交由审计部门负责，而不会由纪委监委直接处理。简单总结审计和纪委监委的区别，用一句话可以概况：审计部门是查账的，类似会计事务所，是体制内负责审查经济账目等业务问题的单位，不对违规违纪行为作出决定，而纪委监委是处理人的，根据相关部门提供的线索和证据进行查核，确认后作出处理决定。
