就在八路军、新四军所组成的11万大军以及2万名干部，有的已到东北，有的尚在路途之中时，果军也没闲着。他们在美军军舰的全力运送下，从秦皇岛海岸登陆，挥师直扑山海关。此时驻守在山海关的八路军，只有冀热辽军区的1个旅，下辖2个半团。于是国共两军便在山海关一线打了起来，危机时刻，从山东渤海赶来的杨国夫7师，受林彪指示，加入到山海关保卫战中。
此时果军在山海关下，已聚集了13、52，2个军，合计近6万人的兵力，这一打就是20多天。双方一交火，各自是暗暗吃惊，山东来的老八路，原以为果军就是他们在山东战场经常收拾的顽军，经不起打。没想到眼前的果军和山东的顽军根本不是一回事，美式榴弹炮打的山海关是天崩地裂，比小日本的火力还猛烈。而果军也没想到昔日的“土八路”，竟然有如此顽强的战斗力，手榴弹和炸药包使用的是何等娴熟，时不时的还来场夜间突袭，让果军惊恐万状。
最终大部是美式装备的果军，凭借着火力和人数的优势，突破了仅有万余人据守的山海关防线。山海关的失陷，让先期出关的东北自治军十分被动，又加苏军将沈阳、抚顺等大中城市以及中长铁路，全部交付给后到的果军，东北自治军只好从沈阳等城市撤出，向沈阳周边发展。此时东北的局势，既是政治军事仗，又是军事政治仗，停停打打，令出多门，让身为东北自治军总司令的林彪，感到身心俱疲。
最终林彪上书最高领导，请求放弃在锦州西与敌决一死战的指示，建议主动向北、向东撤离，等待果军战线拉长，兵力分散时，在择机消灭果军的有生力量。此时，一向以高瞻远瞩，头脑冷静著称的黄克诚，也秉笔延安，上书自治军在东北面临“七无”的困难处境，建议不要打硬拼仗，保留主力，以待将来。林、黄的建议，得到了陈云、罗荣桓等人的支持，延安最终采纳了他们的建议。
于是自治军开始向北满、南满、西满、东满的小城市和农村撤去，以求建立巩固的农村根据地。就在东北自治军力求发动群众，建立巩固根据地之时，延安几封急电，要求自治军在四平与不可一世的果军展开决战，不惜牺牲1到2万人，化四平为“马德里”，以实际行动，为“和平谈判”争取更多的政治筹码。四平保卫战，就是在上述历史背景下开始的。
结果打了一月有余，东北民主联军伤亡8000多人（存疑），还是被果军突破了阻援防线，敌人从3面向四平合围上来。危机时刻，林彪大胆行事，未经请示，坚决将部队从四平撤了出来。谁知又是一道指示，命令林彪在吉林与长春之间就地组织防御，再次阻击北上的果军，保卫大长春。林彪当机向延安汇报，经过一个多月的连续作战，部队损失很大，疲惫不堪；而且新编成的部队成份复杂，仅哗变、逃走的就有5万之多，现已无力再战。
同时林彪向延安郑重提出，不在乎一城一地的得失，继续放弃吉林、长春，除留下部分主力坚持南满外，大部队向北满、西满方向转移。最终延安采纳了林彪的建议，并在林彪率军撤退的路上，宣布调整东北局现有领导机构人员，任命林彪为东北局第一书记，民主联军总司令兼政委，并授予他全权处理东北党政军之事，在东北实行以他为首的“一元化”领导。
此时是1946年6月，距林彪出关大致有8个月的时间。一朝权在手，便把令来行。林彪利用果军战线过长，兵力分散，无力再战停止休整的间隙，采取了以下强有力措施：在北满发动群众，实行土地改革，建立巩固的根据地；将从南满抢运过来的兵工设备，迅速利用起来，建成6个兵工厂。同时大力进行清匪反霸、扩编部队、严格训练等工作。
正因为林彪措施得力，针对性强，仅仅4个月，北满根据地就发生了天翻地覆的变化。原先民主联军，只有3纵、4纵，2个纵队级野战部队，此时又新编成了1纵、2纵、6纵，从而使民主联军有了强大的野战能力。同年底，果军东北保安司令长官杜聿明，针对民主联军，制定出“北面防御，南面进攻”的战略。果军集中6个整编师的兵力，大举进攻南满根据地。
林彪针对杜聿明的战略，反其道而行之，制定出“南打北拉、北打南拉”的对敌方略。为此，民主联军发起了“三下江南四保临江”战役。在3个多月的时间里，歼战4万余人，解放城镇11座，由此粉碎了杜聿明的作战企图，迫使果军转入防御态势。林彪从全面主持东北战局开始，到“三下江南四保临江”战役结束，用时也是8个月左右的时间，这8个月的时间，迫使果军由战略进攻转入防御态势。
经过一个月的休整，心思缜密，善于总结的林彪，针对“三下江南四保临江”战役民主联军所暴露出来的问题，专门在哈尔滨召开了师以上干部会议，对每一个问题都集思广益，研究对策，并进行实兵演练，使民主联军的战斗力得到了显著提升。与此同时，林彪还大刀阔斧，对哪些不适应新形势下指挥作战的高级将领，进行大范围调换。5个主力纵队，就先后有1纵、3纵、6纵，3个纵队的军事主官被调换，创解放军各战略区之最。
林彪如此大手笔，在5月份开始的“夏秋冬三季攻势”中，使民主联军取得到了丰硕的战果。1948年3月，三季攻势结束。经此一役，民主联军消灭果军30万，解放城市30余座，解放区面积扩大到东北全境的百分之九十三，人口基数占东北总人口的百分之八十六，果军被压缩在长春、沈阳、锦州、营口等几个互不相联的城市，固守待援，士气低落。
