五行旗在明教中的作用，可以说是教主之下的行政机构中，最重要的部门，在光明顶的部属是总坛的护卫军，旗下弟子在各地分坛则充当着基层的干部。五行旗的掌旗使，在明教高层领导中，其排位仅在护教法王之下，犹在五散人之上。这点从阳顶天的遗书中，就可以看出一番。“今余命在旦夕，有负衣教主重托，实为本教罪人。盼夫人持余此亲笔遗书，召聚左右光明使者、四大护教法王、五行旗使、五散人，颁余遗命曰：“不论何人重获圣火令者，为本教第三十四代教主。
于此之前，令谢逊暂摄教主之位，处分本教重务。不服者全教共攻之。”新修版《倚天屠龙记•第二十回》阳顶天笔下对高层领导的称号，明显是由上而下的。不过五行旗掌旗使的排位，虽然在左右光明使者和四大护教法王之下，但是他们手中掌握的权力，却是在教主之下的所有领导高层中最大的。因为掌旗使是兵权在握，他们管着明教的部队，而且不只是总坛中的护卫军，更管辖着各地分坛的教众和义军。
明教的教众遍布天下，在各地传教行善，一般都受各地分坛的坛主和香主管制。但是各地分坛的坛主与香主，基本上都是出身于五行旗，他们都听令于该管各旗的掌旗使，这就是说五行旗的五位旗使，实际上是管制着天下的教众。而明教的义军，基本上都是各地分坛的坛主和香主，在该管之地教众的基础上，再经招兵买马，自行组建起来的，因此各路义军的首领，其实都是五行旗的旗下弟子，五位掌旗使不但实际上管辖着天下教众，还在名义上统领着各路的义军。
原来常遇春一支队伍，属五行旗中巨木旗该管，张无忌接任教主等情由，已得掌旗使闻苍松示知......午后属下教众报道：“洪水旗旗下弟子朱元璋、徐达诸人求见。”新修版《倚天屠龙记•第二十五回》可见，五行旗掌旗使就是明教高层领导中，真正实权在握的人，左右光明使者和四大护教法王，仅拥虚名而已。这就是当年阳顶天离世之后，五位掌旗使敢与杨逍和殷天正争夺教主之位的原因，他们也有这个实力去争位。
而殷天正后来之所以出教自建“天鹰教”，就是因为他虽有声望，也有五散人的支持，却手中无权无兵，难与五行旗对抗。招兵买马，建立自己的部队，方能与五行旗分庭抗礼，保留争位的希望。而杨逍同样也迅速在总坛，组建了自己的部属天、地、风、雷四门。蛛儿道：“那三队人是天鹰教的。天鹰教虽是明教旁支，但向来跟五行旗不睦，你们若把五行旗杀光了，天鹰教反而会暗暗欢喜。
殷教主说不定便能当上明教的教主啦。”新修版《倚天屠龙记•第十七回》五行旗在教中的位置这么高，作用如此至关重要，作为该部门的领导，五行旗的掌旗使，自然就不可能会是泛泛之辈。实际上，不要说各人在对应“金木水火土”五行中，具备的技能与特长，比如锐金旗继任旗使吴劲草就擅铸兵器，后来的屠龙刀，就是他与烈火旗的掌旗使辛燃合力重接的，而厚土旗掌旗使颜垣则擅长土木工程，便是他们的武功，也未必都在五散人之下。
五位掌旗使的武功，不在五散人之下，至少能处武林准一流水平，这也是他们能胜任掌旗使要职的根本原因。五行旗掌旗使的武功如何，在六大派围攻光明顶一役中，表现得较为明显。在六派高手未攻上光明顶时，基本上就是五行旗与回援的“天鹰教”，在与六派搏杀。比如武当派与巨木旗、烈火旗的交手，昆仑派、华山派与崆峒派，分别对阵锐金旗、洪水旗和烈火旗，之后峨嵋派也加入了战阵。
每一场都是激烈的战斗，而且与之交手的五派，在各自对阵各旗时，都难占到上风。其中武当派与巨木旗、烈火旗的三次交手，只杀了两旗几名弟子，莫声谷更是还受了伤。当殷梨亭跟灭绝师太说起此事时，灭绝师太点了点头，在她想来，殷梨亭虽说得轻描淡写，其实这三场恶斗定惨酷异常，以武当五侠之能，尚且杀不了魔教的掌旗使，七侠莫声谷甚至受伤，她就已感受到了五行旗掌旗使的武功实力。
之后她与锐金旗掌旗使庄铮的交手，就印证了灭绝先前所想。灭绝率领峨嵋弟子，加入了昆仑派与锐金旗的胶着战，灭绝一出手就杀了不少锐金旗的弟子。庄铮见情势不对，手挺狼牙棒抢上迎敌，一人将灭绝挡住。十余招一过，灭绝师太展开峨嵋剑法，越打越快，竭力抢攻。庄铮武艺甚精，一时间竟能和她斗个旗鼓相当。要知道，灭绝在六派掌教中的实力，就只在张三丰与空闻之下，她的内力较之何太冲和宋远桥等人还要高。
