朱元璋上位后首要任务，就是铲除助他夺得天下的明教在中国历史上，历来都是皇权至高无上，不允许上面还有着能够压他一头的存在。对朱元璋来说，明教只是他尚未发迹之时的工具，一旦成功夺得天下，明教的出身就成了套上他身上的枷锁，必须彻底清除早能巩固皇权。朱元璋是皇帝，在明教内部的地位更是还在五行旗之下，只是一名小小的坛主。
明教虽然以反抗蒙元为大业，却始终脱离不了江湖门派的窠臼。张无忌卸任后，接任的张逍年老德薄，不论是声望还是武功都不足以服众，更是完全江湖人的作派，压根没有政治上的智慧和野心，也没有相应的准备，结果被朱元璋逆袭成功。朱元璋尽管选择了以“明”为国号，算是对自己出身明教作出了交待。但他已经成为了天子，自然要从皇权第一的角度来考虑问题。
不清除明教，难道放任自己头上还有一堆在身份上可以压过自己之人？这样如何能够保证权力归于自己一身？所以明教的灭亡就成了必然。明教在朱元璋的算计下迅速土崩瓦解，众高层或亡或归隐明教在中原的力量由三人来统领，一个是朱元璋，一个是取代了徐寿辉地位的陈友谅，第三个则是东南沿海地带的明朝领头人张士诚。在合力将蒙元逐出中原后，赶到了大漠深处之后，这三支力量终于爆发了内讧。
五行旗也分裂，各自支持一方。就连杨逍和范遥也开始控制不住局势。最终在大战中，明教在中原的核心力量几乎伤亡殆尽。朱元璋成功上位后，第一件事就是派遣心腹大将，同样是出身于明教的徐达和常遇春对明教在中原的各个分坛展开了雷霆攻击之势，迅速排除了明教各地分坛，断了明教的根基，明教所有的力量被迫缩回了光明顶苟延残喘。
最终的决战中，数万大军围攻光明顶，杨逍重伤逃脱，深感对不起张无忌的重任，对不起明尊，忧愤之下很快就离世。范遥在冲入大军之中，重伤常遇春之后，力竭死于乱刃之下，只有韦一笑仗着过人的轻功得以逃脱。此后韦一笑欲闯皇宫找朱元璋算账，却中了埋伏，被道衍大师击伤，死于乱箭之下。此时的四大护教法王中，金毛狮王谢逊早已经遁中空门，白眉鹰王殷天正在倚天时期就已经在闯金刚伏魔圈时力竭而亡，紫衫龙王黛绮丝一介女流，在女儿小昭替代自己成为波斯明教圣女，自己免了杀身之祸后，早就选择了退出江湖，隐居于曾和挚爱韩千叶生活的灵蛇岛，早已经不问江湖事。
至此四大护教法王全部消亡。五散人在明教的地位十分超然，他们个个都是有身份地位的人，投身明教只是因为明教的主张比较符合他们的理想抱负。他们在明教内并没有任何实权，更类似于合作的有关系。明军围攻光明顶时，行动十分隐秘，五散人一直在中原收拢被朝廷杀散的教众，等察觉光明顶被攻破，明教名存实亡时，深知明教的任务已经完成，存在是祸非福，于是脱身而去，化身为道士，继续游走人间，救死扶伤。
直到朱元璋欲彻底杜绝后患，找上了隐居在大漠深处的张无忌、赵敏和周芷若夫妇三人时，张无忌才察觉明教已亡。眼见朱元璋连自己也不放过，一怒之下杀进了皇宫，击毙无数大内侍卫，将朱元璋擒获。在朱元璋如实告知清除明教只是为了江湖社稷稳固，黎民百姓不再受战乱之苦后，张无忌无奈放了朱元璋，只是要求他不得再找剩余的明教麻烦。
张无忌来收拢明教剩余教众，保证修改明教宗旨，将之彻底变成一个纯粹的江湖帮派，与朝廷再无一丝瓜葛。朱元璋答应了张无忌的要求，于是五散人将剩下的教众带至河北平定州猩猩滩，在此处一个名叫黑木崖 ，易守难攻的地方建立了新的明教总坛。为了表示与曾经的明教彻底割裂，新的教派被张无忌命名为日月神教。在整顿好一切后，张无忌就卸下教主职务飘然而去，再次归隐江湖过自己的逍遥日子。
