冯异乘机让刘秀快速、多派官吏，巡行各郡县。清理冤狱、广布恩泽，施惠百姓。刘秀采纳了他的建议。到达邯郸，派遣冯异等分乘驿车巡行抚慰所属各县，审查囚犯罪状，问候鳏寡，逃亡的人来自首的免罪，冯异暗中逐个记录二千石长吏同一条心的和不肯亲附他的人的名单汇总报告给刘秀。更始二年（24年），有一个名叫王郎算命打卦的，诈称是汉成帝刘骜的儿子刘子與，在邯郸起事。
刘秀率部众自蓟城（今北京）疾驰南下，到达饶阳治下的无萋亭时已是深夜时分。当时天气非常寒冷，大家非常饥饿和疲劳，担任先导的冯异早已煮好豆粥在驻地等着。第二天，刘秀对诸将说：“昨得公孙（冯异）豆粥，饥寒俱解，应该感谢冯将军啊”！刘秀大军到了河北南宫，又遇到大风雨，刘秀率领大军到道旁空舍中避雨，冯异又亲自煮麦饭为大家充饥。
俗语“肚饥好下麦仁饭”由此诞生。刘秀到达信都后，授冯异为偏将军，命他到沧州河间一带招兵买马。由于冯异善于安抚百姓，很快扩充了不少人。此后，冯异随刘秀击破王郎、大败铁胫农民军，平定河北，因功被封为“应侯”。攻破王朗后不久，刘秀汉军宣布脱离更始帝刘玄。更始帝派大将、舞阴王李轶、廪丘王田立、大司马朱鲔、白虎公陈侨与河南太守武勃等率三十万大军镇守洛阳。
刘秀为巩固在河北的统治，尚在河北亲自率大军剿平地方武装，无法亲征。面对更始帝的挑衅，任命寇恂为河内太守，冯异为孟津将军，统率河内、魏郡二郡驻军，共同抗御朱鲔、李轶。冯异探知朱鲔与李轶不和，致书李轶晓以祸福，指出刘玄政权已危在旦夕，而刘秀势力则蒸蒸日上，劝其“觉悟成败，亟定大计”。李轶曾与刘縯、刘秀兄弟同谋起兵，情谊深厚，后来依附刘玄，参与杀害刘縯。
因此，李轶虽知长安已危，欲降又“不自安”，在回书中表示，愿同冯异交好，希望通过他能和刘秀恢复旧好，为自己留一条归降的退路。冯异利用这个时机，北攻天井关，攻取上党郡（今山西省长治市）两城，又南下攻取河南成皋（虎牢关）以东十三县，并将这些地区豪强割据势力一一平定，归降者十余万人。更始帝河南太守武勃率兵讨伐归降刘秀军的河南诸县，冯异率军渡过黄河，与武勃在士乡（今河南洛阳东）展开大战。
李轶紧闭城门不救。武勃被冯异斩杀。击败武勃后，冯异上奏刘秀封李铁为官。为进一步激化李轶、朱鲔间的矛盾，刘秀故意将李轶与冯异通信的内容泄漏。朱鲔闻知大怒，派人刺杀李轶。冯异与寇恂合兵一处首先击破朱鲔手下苏茂部，然后率兵再次渡过黄河攻击朱鲔。朱鲔势孤，得不到李轶的增援。只好逃回洛阳。冯异军直追至洛阳城下，围城一周而归。
不久，刘秀称帝，为光武帝，年号建武。汉继帝（赤眉军拥立的皇帝）刘盆子建世二年、汉光武帝建武二年(公元26年)。赤眉军、延岑军与邓禹争夺长安，赤眉军兵败被迫撤离长安,退往关东地区。赤眉、延岑军扰乱三辅（今陕西中部），这些郡县中不少官僚、大户拥有自家的军队，大司徒邓禹没有办法平定他们。刘秀派冯异代替邓禹出征。
亲自送他到河南，送给他车马和一把宝玉装饰的七尺剑。对冯异说：“三辅地区饱受王莽、更始政权的折磨，现在又遭受赤眉、延岑军马的暴虐，黎民百姓饱受战乱，没有可以依靠与倾诉的对象。这次征讨，不是占地杀人，主要为安抚百姓。我们不少将领不是不善战，而是有抢掠百姓财物的毛病。你本来就是善于统御士兵的，要多考虑整顿队伍，不要再给郡县百姓带来痛苦了”。
冯异叩头受命，领兵西进。冯异军所到各处严明纪律，秋毫无犯，很具威信。冯异和赤眉相遇于华阴，相持两个多月。双方斗智斗勇，交战几十次，赤眉军将领刘始、王宣等不敌冯异的汉军，率五千多人投降东汉。这夏天，光武派遣众将前往陇地，被隗嚣打败，光武于是下诏让冯异到栒邑增援来歙。冯异军还没来得及到达，隗嚣乘胜派他的部将王元、行巡率领二万多人下陇地，乘机分派行巡攻取栒邑。
冯异闻讯，加紧行军、抢先占据栒邑。将领们都说：“敌兵士气旺盛并且是乘胜而来，不能和他们争锋。应当屯兵于有利地形，慢慢想计策”。冯异则认为：“敌兵压境，习惯于争夺小利，就想乘势深入。如果他们夺得了栒邑，就会使三辅动摇，这是我担心的。兵法说‘进攻不足，固守有余’。现在先占据城邑，以逸待劳，不是和他争锋，反而占据主动”。
