后来为了一心对付明朝，提出了满蒙一家， 所以从那时起，漠南漠北基本就承认他为共主，漠北虽然当时没有臣服可表面上会做文章，原因他也是达延汗的一份子，清朝皇帝的目标和他们一样，所以形式上臣服了。至于漠西，包括准噶尔，他们同样也表面臣服。到了康熙年间，准噶尔在其首领巴图尔珲台吉的领导下开始崛起，击败了原来的卫拉特盟主鄂齐尔图汗，逐步控制了卫拉特诸部，把松散的卫拉特联盟变成了准噶尔汗国。
事实证明，绰罗斯家族还是人才辈出的，前有推翻黄金家族的也先，后有野心勃勃的噶尔丹。在清朝时期，为了继续笼络蒙古诸部，清朝政府认可其传统，非黄金家族擅自称汗者不得入贡。噶尔丹出自卫拉特的绰罗斯姓，虽然他拥有大汗的实际权力，但从血统上来说，他没有资格称汗。噶尔丹称汗后，上疏要求清廷确认其汗号，理藩院以卫拉特部称汗者不得入贡的先例为辞，指责噶尔丹"擅称汗号"，但为了笼络噶尔丹，并没有采取进一步的措施，而且还准许他纳贡。
所以两者是相互利用的关系，但是准噶尔汗国还是清朝属国。噶尔丹取得准噶尔的统治权后，一反其父兄抗击外来侵略、捍卫民族主权的立场，而逐渐走上与沙俄相勾结的道路。噶尔丹在沙俄的挑唆和指使下，开始把注意力转向东方，把矛头指向喀尔喀蒙古地区。1688年，正当蒙古族人民英勇抗击戈洛文率领的沙俄侵略军，打得俄军丢盔卸甲、抱头鼠窜之时，噶尔丹竟丧心病狂地突然率兵越过杭爱山，大举进攻土谢图汗，从背后向喀尔喀蒙古军民施放暗箭，迫使喀尔喀蒙古诸部南迁。
1690年6月，噶尔丹以为有俄国的支持，有恃无恐，以追击喀尔喀为名，又向漠南喀尔喀蒙古进攻，俘掠人口，抢劫牲畜。他还公然向康熙帝提出"圣上君南方，我长北方"的分裂主义要求，而此时他已经打到了距离北京直线距离二三百公里的地方。噶尔丹此举已经是路人皆知的反叛之举，并且对宗主国大清帝国的统治已经造成了严重的威胁。
事情都已经发展到了这个地步，煌煌大清帝国，万朝景仰的"天朝上国"，能忍吗?当然不能忍。借着几位喀尔喀汗的请求，康熙帝发兵准格尔汗国，并在张家口和库伦之间的乌兰布通大破准噶尔，之后重新控制了喀尔喀的控制权。但事情还没有完，准噶尔汗国在葛尔丹的带领下，又和康熙交战两次，最后噶尔丹战败病逝，清廷开始挑拨准噶尔内部矛盾，然后削弱准噶尔实力。
可以说在这个阶段，大清并没想吃掉准噶尔，只是希望它威胁不到自己。但是当策妄阿拉布坦解决了内部矛盾之后，又开始公然反清。1717年， 准噶尔大军洗劫了拉萨，次年清军入藏作战,并于1720年将准噶尔赶出了西藏。1724年，准噶尔和大清议和，但随后在1727年又再次搞事情，驱大军吞并了吐鲁番。在雍正时期，准噶尔的兵势之大曾一度压倒清军。
后来雍正皇帝进行军事改革，提高了清军的战斗力和武器装备，1734年，清军夺回了乌里雅苏台和科布多。1735年， 清准再次议和，和议一直延续到1745年。随后准噶尔汗国内部分裂,乾隆皇帝明智的认为，要想彻底解决大清的边患问题，就必须彻底消灭准噶尔汗国，随后在1754年至1759年，清军先后多次对准噶尔发起进攻，最后终于吞并整个汗国。
准噶尔之役前后历时七十年，清帝国的皇帝从康熙到雍正直到乾隆，准噶尔汗更是经历了从噶尔丹到策妄阿拉布到噶尔丹策零再到达瓦齐的传承，相隔三四代人之久，乾隆皇帝平定准噶尔后，"拓地二万余里"，西域天山南北尽入版图。原准噶尔领地被称作准部，与天山以南的回部合称西域新疆，后简称新疆。新疆，最原始的称呼是柱州，新疆大部分自西汉就属中国，今天新疆的大部分从中国西汉一直到西晋都属于中国版图， 唐朝再次纳入中国版图，元朝时为蒙古族察合台汗国地，清朝时再次纳入中国版图。
汉称西域，意思是中国西部的疆域，这一名称自西汉出现于我国史籍。不时被北方游牧民族侵占。最后一次被侵占是在明清换代时期。1757年， 清乾隆帝再次收复故土，把这片土地命名为"新疆"，其意自明。 尽管现在西方也有清朝向西北扩张属于近代早期的帝国对外扩张模式的观点，但是这就是一场内部战争，清朝与准噶尔汗国是明确的君臣关系，只不过是准噶尔汗国有些膨胀的厉害而已，打起了清朝的主意，开始康熙帝还多次劝说，但准噶尔汗国非但不领情，还以为大清朝是个软柿子，想过来捏一把，甚至还想吃几口。
