在美良川，尉迟敬德和秦叔宝单挑，“三鞭换两锏”。秦叔宝由于患病，未能战胜尉迟敬德。之后，秦叔宝一夜之间连复三关。真实历史中，李世民率领秦琼等人，与宋金刚一天之内，打了八仗，八战八捷，歼敌数万，迅速扭转了战场形势。美良川战役，历史上并非二人单挑。美良川，在今山西闻喜县南，今称美阳川。据《资治通鉴·唐纪》：尉迟敬德、寻相将还浍州，秦王世民遣兵部尚书殷开山、总管秦叔宝等邀之于美良川，大破之，斩首二千馀级。
尉迟敬德与唐军作战，打了一个胜仗。之后，他率领部队返回时，经过美良川。此处地形险要，是个打伏击战的好地方。殷开山、秦叔宝率领唐军，事先在此处设伏，打了尉迟敬德一个措手不及。这场战役，是唐军对尉迟敬德部队的大屠杀，共斩首两千余级。武德三年，宋金刚败逃，尉迟敬德降唐，唐高祖李渊赐名尉迟恭。宋金刚收拾残部，逃往突厥。
后又打算脱离突厥，被突厥兵捉回后腰斩。评书演义中，宋金刚是在败逃时，与秦叔宝单挑，被秦叔宝一枪刺死。唐高祖李渊愿意割肉给秦琼。美良川大捷，秦琼冲杀在前，功劳最大。战后，李渊派人到前线,赏赐给秦琼金瓶。秦琼拜谢。唐高祖李渊慰问他说：你不顾妻子儿女，远道来投奔我，立下了这么大的功劳，只要你需要，我不吝啬把自己身上的肉,割下来赏赐给你。
更何况是仆婢和财帛呢？希望你继续努力!“卿不顾妻子，远来投我，又立功效。朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况子女玉帛乎？卿当勉之。”秦琼一生征战，身体因此有多处伤病。特别是年老之后，体质非常虚弱。他说：“我戎马一生，历经二百余场战斗， 多次身负重伤，流的血加起来有几斛之多，怎么会不没有疾病呢！”据《旧唐书·秦琼传》：（秦琼）每多疾病，因谓人曰：“吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。
计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？”，因谓人曰：“吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？”综合来看，在大唐开国之战中，秦琼的功劳要远远高于尉迟敬德。但“凌烟阁二十四功臣”排名时，尉迟敬德排在第7位，而秦琼却排在最后一位。排名顺序是这样的：长孙无忌、李孝恭、杜如晦、魏徵、房玄龄、高士廉、尉迟敬德、李靖、萧瑀、段志玄、刘弘基、屈突通、殷开山、柴绍、长孙顺德、张亮、侯君集、张公谨、程知节、虞世南、刘政会、唐俭、李勣、秦琼。
凌烟阁二十四功臣是贞观十七年（公元643年），李世民命阎立本，在凌烟阁内描绘的和他一起打天下的二十四位功臣的画像。这是李世民统治稳固，国家国力提升后，搞的一个形象工程，目的是以此证明自己统治的正当性。为何如此排名？两个原因。最主要的原因，还是因为尉迟敬德是玄武门之变的大功臣。而秦琼没有参加玄武门之变。
或者也有可能，当时秦琼只在外围发挥了一些很小的作用。李世民集团直接参与政变的人数，现在已经说不清楚。《旧唐书·太宗本纪》、以及其余诸人的传记之间，记载相互矛盾。据《旧唐书·秦琼传》：六月四日，从诛建成、元吉。事宁，拜左武卫大将军，食实封七百户。根据这个记载，在玄武门之变，诛杀李建成，李元吉的过程中，秦琼是属于李世民阵营，但在事变中处于从属地位，发挥的作用不大，因此战后赏赐也不大，“食实封七百户”，算是安慰奖。
李世民上台后，广泛赏赐，目的就是为了稳定人心，求得更多人的支持。不要说是秦琼，就是太子和齐王的旧人，比如魏征、薛万彻等，李世民后来也一样重用。而秦琼在武德四年，就已经获封翼国公，地位远在尉迟敬德之上。尉迟敬德在玄武门之变之前，任秦王府左二副护军职务。再看看尉迟敬德在玄武门之变事后得到的封赏。尉迟敬德和长孙无忌被定为头等功臣，每人获赏一万匹绢。
除此之外，整个齐王府，包括齐王府里面所有的钱财器物，都赏给了尉迟敬德。并食实封千三百户。据《旧唐书》：及论功，敬德与长孙无忌为第一，各赐绢万匹；齐王府财币器物，封其全邸，尽赐敬德。拜右武候大将军，赐爵吴国公，与长孙无忌、房玄龄、杜如晦四人并食实封千三百户。尉迟敬德在事变之后，不仅获得了巨额赏赐，而且地位迅速提高，赐爵吴国公；秦琼是左武侯大将军，他是右武侯大将军。
