他表示愿意以2万金赎罪，同时派5000人马协助朝鲜战争。万历皇帝碍于在朝鲜跟日本人的战事吃紧，同意了杨应龙的请求，并释放了他。没想到这家伙回到播州就翻脸：要钱没有，要人也没有。万历二十一年，在警告无果的情况下，四川巡抚王继光分兵三路进入播州。杨应龙再度将他的狡诈发挥到淋漓尽致，他一面同意投降，一面派人偷袭明军，结果王继光大败，死伤过半。
事情到这一步，本来杨应龙已经没了回头路，但这家伙居然再次迷惑朝廷：俺错了，俺保证不再犯，俺愿意缴纳4万金罚款，俺永远给朝廷当看门狗。为了表示诚意，他一咬牙交出12名亲信给朝廷处理。这种“壮士断腕”的表演，让朝廷真心感受到了“浪子回头”的诚意，于是朝廷下旨：杨应龙免职，职务由其长子杨朝栋接任，次子杨可栋到重庆为人质，准其罚金4万。
表面上杨朝栋接替了杨应龙，其实这不过是朝廷给自己留了个面子，却保住了杨应龙的里子。可失去了压力的杨应龙却想里子面子一起要，于是他再度耍无赖：要钱可以，除非我儿子活过来！原来杨可栋到重庆不久，就突然死了，死因不明。朝廷会不会杀害杨可栋呢？按理来说不会，一个杨可栋对朝廷来说无关痛痒，活着的杨可栋可以牵制杨应龙，因此朝廷没理由杀害杨可栋。
杨应龙不光不交罚金，还公然挑衅官府：“拥兵驱千余僧，招魂而去。”到此为止，双方又僵持起来，接下来的四年，杨应龙又开足马力，不断拔大明王朝的老虎须子，他所犯下的罪行，用令人发指都不足以形容。其一，毁棺解尸：有个叫毛承云的余庆县官吏，曾经得罪过杨应龙。不过此时毛承云已死，杨应龙竟然将他的棺木挖出毁了，并将他的尸体剁碎。
其二，灭族张熹：杨应龙派他的弟弟杨兆龙，带兵袭击重安司长官张熹的家，对张家实施了“三光政策”。其三，活剐仇家：杨应龙侵入江津县和南川后，捕获了仇家袁子升，在城下他将袁子升“脔割”。其四，虐杀宋、罗：宋銮和罗承恩二人曾经状告过杨应龙，杨应龙侵入湖广四十八屯后，抓获了宋銮、罗承恩及其家人，对他们两家人展开了令人胆寒的报复。
“令诸苗对父奸女，面夫淫妻。或裸体坐木丛射笑乐，或烧蛇从阴入腹，人蛇俱毙。又掘坟墓焚尸，灰飞蔽天。”当着父亲的面祸害人家女儿，当着丈夫的面侵犯人家妻子，逼手无寸铁的俘虏裸身坐在草丛里当箭靶子，用火烧蛇让蛇钻进女人下身，掘坟毁尸，简直是人间地狱。其四，屠杀百姓：万历二十六年，杨应龙又攻破綦江县，杀害了参将房家宠、张良贤，劫持了蜀王后，他又对老百姓展开大屠杀。
“应龙因劫令纵囚焚掠，出綦江库犒师，依仓就食，尽取资财子女去。老弱者杀之，投尸蔽江而下，水为赤。”一个人残暴到这种程度，连老天都会愤怒。万历二十八年，结束了朝鲜战争的大明王朝终于腾出手来了，四省总督李化龙，挂兵部侍郎衔出征，全权负责播州之役，魔王杨应龙的末日来临了。在李化龙面前，杨应龙成了“杨应虫”。
明军24万人马分八路挺进，李化龙首先占据要道，将杨应龙堵死在播州不得流窜；又以最精锐的兵力，迅速攻克娄山关，使播州的门户大开。杨应龙这次慌了神，无处可逃的他，将人马收缩于大本营海龙囤，企图靠海龙囤的地理优势严防死守。与此同时，杨应龙再次祭出屡试不爽的骗招：俺错啦，俺投降，俺保证……这一次李化龙理都不理他，明军在正面纵火，焚毁了杨应龙的营寨。
同时，李化龙又派人从后山夹击，对海龙囤发起猛烈的进攻。到这时候杨应龙才发现，祖上700年的荣耀，留给他的是一个坐井观天的虚幻，他一直鄙视的大明军队其实是个巨无霸。万历二十七年（1600年）六月初六，明军攻破大城，杨应龙自知大势已去，他带着两名爱妾，仓皇地钻进一间密室，给自己点了一把大火。明军后来从火堆里抢出了杨应龙的尸体，并将它与杨朝栋、杨兆龙等杨氏百余人一起解押进京，受磔刑于集市。
至此，历经724年的播州土皇帝杨氏家族灭亡了！杨应龙为何不顾祖训，放着眼前荣华富贵不要，偏要不自量力，跟朝廷作对呢？其一，播州特殊的环境，助长了杨氏家族的胆气当年杨端之所以能从一介平民发迹，很重要的原因就是播州那地方实在难搞，它地处西南边陲，山高林密，民风彪悍，靠武力解决不了问题，更收服不了人心。因此，自古以来中原王朝对这地方都采取羁縻政策，用世袭土司代替政府机构来行使管理权，只要他们承认中央王朝，履行必要的义务就行。
