此后王重阳独居深山，结了一间草芦，一连三年是足不出山，精研《玉女心经》的破解之法。然而这三年之中，虽在小处也有所成所悟，但始终组不成一套蕴含内外并相互融会的武学。心灰之下，对林朝英的武学修为更是佩服，甘拜下风，也不再钻研。直到这华山论剑，夺得《九阴真经》。他虽决意不练经中功夫，但为好奇心所驱使，还是禁不住翻阅一遍。
他武功当时已是天下第一，《九阴真经》中所载的诸般秘奥精义，一经过目，思索上十余日，即已全盘豁然领悟，知道精通《九阴真经》要旨后，破解《玉女心经》武功，全不为难。当下仰天长笑，回到活死人墓，在全墓最隐秘的地下石室顶上刻下真经的要旨，并一一指出破除《玉女心经》之法。新修版《神雕侠侣•第七回》不过王重阳所刻，就仅是《九阴真经》中可以破解《玉女心经》的部分经文要旨而已，并非完整的《九阴真经》。
这部分经文后来为杨过与小龙女所学，虽非完整经文，但其中的武学至理却让他们避过了李莫愁的迫害，并因此武功精进。杨过自动解穴的秘诀、水下闭气秘诀，和后来他在大散关英雄大会对达尔巴使出的“移魂大法”就是在重阳石刻上的这部分经文所学。古墓派的玉女心经讲究两人共使，须求心意相通，王重阳在古墓石室中刻下《九阴真经》法要时摘入“移魂大法”的大纲，旨在击破玉女心经的两人心意相通，心通之术既受阻挠，玉女心经的诸般妙诣便使不出了。
新修版《神雕侠侣•第十三回》可见这古墓中的重阳石刻，并非王重阳有意要将《九阴真经》泄漏于世，只是他一时好胜之心所起。而且他刻下石刻前曾看了古墓此处的情景，他看到这处密室放置了几具空棺，知道那是林朝英的弟子将来所用的，料想待得林朝英的弟子便是见到这些《九阴真经》的经文之时，也已奄奄一息，只能将这秘密带入地下了。
又想到她们古墓派的弟子多半是临终时自行入棺等死，其时自能得知他王重阳一生不输于任何人。这也是他会在其中一具空棺盖底写下“玉女心经，欲胜全真。重阳一生，不弱于人”十六字的原因，便是要林朝英后人于临终之际，得知他王重阳的武学，实非《玉女心经》所能克制。王重阳虽不甘服输，将《九阴真经》的要旨刻在墓中，但实际上他却明显已是输于林朝英了。
因为《玉女心经》乃是林朝英所自创，招招克制他的全真武功，而他王重阳却要依靠前人遗书，借助《九阴真经》要旨才能够反之破解，相较之下，武学修为孰高孰低，已见分晓。这一点其实后来王重阳还是有自知之明的，所以他此后深自谦抑，并常常告诫弟子以容让自克、虚怀养晦之道，耽于武功，争强好胜的丘处机他就最不喜欢。其实，像五绝这般的绝顶高手，当武功到了他们那样的境界，在外功方面想要再高一层，是不大再有进步空间的，能够提升自己修为的，就只是在内功和武学理论方面去做提升。
就王重阳而言，他所修炼的内功也是跟《九阴真经》的内功同宗同源的，是正宗的道家玄门内功，到了他的内功境界，《九阴真经》里面所载的武功，对他来说已经不重要了，而里面所载的武学最高境界的原理，诸般的秘奥精义，却能使他的武理修为得到最后的升华，臻至武学至境。可以说假如王重阳不死，后来的他永都会是天下第一，因为得窥武学最高境界的他，能破天下任何武功。
《九阴真经》世人皆知，为何有人说它危害武林？
危害武林的不是《九阴真经》，而是人心！《九阴真经》时宋人黄裳创立的武学秘籍，武林人士得到它，武功就能成为天下第一，就可以成为武林至尊，号令天下，莫敢不从！第一次华山论剑时，东邪西毒南帝北丐中神通在大雪天比武七昼夜，结果是王重阳技高一筹，夺得天下第一的称号，获得了《九阴真经》的拥有权。王重阳本想毁掉《九阴真经》，因为它害得天下英雄豪杰互相残杀。
后来的事情也证明了《九阴真经》的危害，梅超风陈玄风因偷《九阴真经》，练就一身邪门功夫，最终孤苦伶仃，命运悲苦。黄药师的妻子冯衡也因默写《九阴真经》油尽灯枯而死。欧阳锋因《九阴真经》而疯疯癫癫。表面上是《九阴真经》危害武林，事实并非如此。“前辈毕生心血，岂能毁于我手？水能载舟，亦能覆舟，要看后人如何善用此经了”—《射雕英雄传》。
