随后卡廷事件的爆发，让苏联和波兰的关系跌到了谷底。到了1943年，苏联已经基本不存在亡国之忧了，对波兰的边界问题，又提出了以寇松线为基础，并将波兰整体向西扩大的方案。此时苏联已经不同意将西乌克兰、白俄罗斯划给波兰了。波兰流亡政府不管谁上位，都没有接受苏联的要求。时间来到了1944年，苏联红军已经打到了寇松线附近，接下来就苏联就要进入华沙了。
由于波兰流亡政府对苏联的敌视，苏联人也适时地成立了在苏联控制下的波兰社会工人党，不准备再接受远在伦敦的波兰流亡政府作为谈判的主体，而这个波兰社会工人党组织的波兰民族解放委员会很快就与苏联达成了一系列边界协议，此时波兰就存在了两个政府。眼看苏联军队要占领整个波兰，在伦敦的波兰流亡政府立刻命令接受其命令的“国内军”即刻发动华沙起义，夺取坚城，作为将来政治斗争的筹码。
1944年夏，国内军司令塔德乌什·科莫罗夫斯基向伦敦汇报说:"国内军如果无所作为，波兰人就会一齐倒向共产党一边。"波兰国内军希望获取速胜，以"华沙的自我解放"来阻止苏联的染指。这是政治的，意识形态的斗争，没有一个对错的问题。波兰流亡政府是以反苏反共著称。这时波兰流亡政府担心红军单独解放了波兰，否定了他的合法执政资格。
所以一定要在红军到达之前占领华沙，至于时机合不合适，力量够不够都不顾了。华沙起义的筹备是背着苏联秘密进行的，苏联政府和红军指挥部，都没有接到有关起义的正式信息。而且起义军也没有提出支援要求，更没有与渐渐逼近的苏军进行过协调。（擅长游击的“国内军”被用来政治牺牲）这也是在苏德战争中华沙起义最有争议的一点，究竟是谁背叛了华沙起义的军民。
1944年8月2日，在红军白俄罗斯战役收尾阶段，苏联白俄罗斯第一方面军前锋突入波兰，前锋到达华沙郊外的维斯瓦河边。在原波兰流亡政府指挥下，华沙“国内军”发起了声势浩大的起义，华沙市民纷纷响应。在起义前夕的7月30日，以波兰流亡政府总理为首的代表团从伦敦抵达莫斯科。8月3日深夜，斯大林亲自接见了他们。波兰代表团愿与波兰民族解放委员会合作，但坚持他的政府才是波兰唯一的合法政府。
此时代表团仍然不知道波兰国内已经发动了华沙大起义。波兰人过于乐观地估计的形势，他们以为德军已经处于覆灭的前夕，尤其是柏林发生的刺杀希特勒的暗杀行动，使得流亡政府的官员们确信德国已经不具备太大的威胁了，只要波兰军队主动发起进攻，德国军队就会撤退逃往德国本土。波兰流亡政府就能够在苏联军队进入华沙前12小时，宣布流亡政府作为唯一的合法的波兰政府恢复行使权力。
然而，此时的德军远远没有行将就木，他们迅速调重兵镇压，盟军与波兰流亡政府要求红军支援。红军虽以国民军起义未与红军联系，时机不当为名，表示不赞成华沙起义，但还是制定了华沙战役计划，并空投支援起义，但不允许盟军利用红军机场为华沙空投。9月15日，苏白俄罗斯第一方面军近卫坦克第2集团军攻至华沙近郊普加拉，但德军炸毁了维斯瓦河大桥，并以数个精锐坦克师严守河防。
这个时候，波兰国内军仍不同红军联系，红军空投的联络员因无人接应被德军捕获。红军派波兰第一集团军（左翼〕一个师强渡维斯瓦河，在华沙河岸街登陆，建立登陆场。国内军不予配合。几天激战之后，在德军坦克部队突击下，波军只得撤回东岸。到10月中旬，华沙起义最终失败。红军表示接纳华沙起义人员，但国内军领导不允许起义者向红军阵地突围。
最终华沙起义军全军覆没，仅有少数人民近卫军（左翼〕，撤到维斯瓦河东岸。1945年初，红军发起维斯瓦河——奥得河战役，1月17日，华沙解放。华沙大起义的悲剧，东西方叙事有截然不同的说法。苏联认为是波兰地主政府为了争夺战后波兰的领导权，要抢在红军前面占领华沙，不顾一切的进行冒险，才导致了失败。西方则认为是斯大林为了控制波兰，故意不支援华沙起义者，才有悲剧产生。
设身处地地站在苏联的立场来考虑问题，1921年的边界线是波兰以既成事实逼迫苏联签订的城下之盟，苏联在1939年占领波兰的东部土地，是这一历史问题的延续。从历史来看，波兰所处的位置对苏联至关重要，历史上不管是拿破仑还是希特勒都是通过波兰作为跳板进攻俄罗斯的。因此苏联为了战后西方边境不出现一个敌视苏联的波兰政权，就显得合情合理了。
