剧情走到此处，双方互相知道自己内部有对方的卧底。于是接下来的剧情，衍变为一出“猫捉老鼠”的无间大戏。最后的结局，则是那场著名的天台之战。在此之前，韩琛与黄志诚在另一场天台之战中，已经双双死亡。当刘建明说出那句：“对不起，我只是想做一个好人”，脑海里永远都会接下那句：“对不起，我是一个警察！”最终，刘建明借助另一个韩琛卧底林国平的手，除去陈永仁，然后刘建明在电梯之中，又枪杀了林国平。
至此以后，刘建明成了一个真正意义上的警察，再无人知晓他的秘密。而作为回报，或者说是赎罪，他恢复了陈永仁的身份，让他在死后享受了警察的名誉。然而，无间地狱，刘建明已经坠入，等待他的则是永无止境的愧疚与折磨。第一部《无间道》，在金马、金像两大最高电影殿堂共计获得28项提名，并最终拿下13项大奖，梁朝伟则力压刘德华拿下双料影帝。
第二部：《无间道2》，江湖大佬崛起之路，无间仍在路上第二部设置的剧情时间以及拍摄时间，基本与第一部相似，但整体剧情以及剧中人物关系，则发生了重大改变。其中刘德华与梁朝伟的双料缺失，被吴镇宇一人填补。而在第一部中，作为新星和配角属性的陈冠希和余文乐，则在第二部中担起了主角。正方派系：重案组督察黄志诚（黄秋生 饰），重案组警司陆启昌（胡军 饰），警方卧底陈永仁（余文乐 饰），在电影中与反派大佬倪永孝是亲兄弟。
反方派系：尖沙咀大佬倪永孝（吴镇宇 饰），倪家手下五大头目之一韩琛（曾志伟 饰），黑社会卧底刘建明（陈冠希 饰）。1991年，某个夜晚，香港尖沙咀的地下大佬倪家掌门人，被无名杀手狙杀，一时之下，三方云动。警方：担心会发生大规模械斗，重兵待命。倪家：掌门人身亡，手下人心不稳，如何快速的收复人心和震慑江湖，是摆在倪永孝面前的第一关。
五大头目：倪家大哥一死，除韩琛外，其余四大头目均欲起事，以此摆脱倪家控制。一场大战，一触即发。这是倪永孝的第一次出场，他用通天的黑道手段，威逼利诱，分崩离析之间解决掉其余三人，最后一人，眼见孤掌难鸣，也就此作罢。倪家，经此一夜，掌门人过度成倪永孝。当时间来到了1995年，距离那一夜的权利更迭，已过去四年之久。
五年内，陈永仁被开除警校以后，从底层一步步做起，加上背后的倪家身份，一路走到尖沙咀的黑道顶峰。刘建明则同样与韩琛里应外合之下，一路高升，转眼已是警队见习督察。但那一夜，究竟是谁杀了倪家掌门人，依旧是个谜。而在1995年倪永孝女儿生日这一天，他决定去除五大头目，并彻底洗黑转白。在解决完其余四大头目以后，在泰国的韩琛中枪之后，侥幸活命。
而在四年前那个夜晚，背着韩琛，命令刘建明杀死倪家掌门人的韩琛老婆（刘嘉玲 饰），则被撞死在机场门前。从此以后，韩琛与倪家决裂。当时间再走到1997年，距离上一个流血夜，又过去了两年，整个倪家在倪永孝的操纵之下，即将完美漂白。此时，从泰国归来的韩琛，则成了阻止整个倪家的唯一武器。最后的结局，吴镇宇饰演的倪永孝被黄志诚一枪击中眉心，在这一段戏中，吴镇宇贡献了神一般的演技。
凭借倪永孝一角，他成功提名当年的金像奖最佳男主之争，但最后遗憾的败给了《大块头有大智慧》里的刘德华。而在一年前，刘德华，则遗憾的败给了陈永仁。如果按照角色属性来定，黑道的倪永孝输给了不知黑白的刘建明，而刘建明则败给了黑白分明的陈永仁。这像极了，我们常挂在嘴边的，邪不压正。第三部：《无间道3》，善恶终有报，终极一战第三部，取名叫终极无间，其名称透露的含义这将是整个“无间道”系列的终章。
而在这一部中，似乎是为了纪念，这一部的明星阵容，要远远大于前两部，在保留了梁朝伟，刘德华双子星以外，加入了黎明和陈道明两位新的实力头牌。但同样，也正因为明星人数众多，整个第三部的剧情也相较前两部显得杂乱，人物关系更是直到最后一刻，才可以全面揭晓。正方派系：督察黄志诚（黄秋生 饰），警方卧底陈永仁（梁朝伟）反方派系：黑道大哥韩琛（曾志伟 饰），黑社会卧底刘建明（刘德华 饰）不明身份：警司杨锦荣（黎明 饰），在电影中刻意营造了诸多疑点，真实身份为陈永仁警校同届校友，最后死在刘建明枪下。
内地毒枭沈澄（陈道明 饰），真实身份为内地警方卧底，与杨锦荣为合作关系。这一部中，属于陈永仁的剧情时间，设置在2001年，也就是陈永仁在第一部中殉职的那一年。陈永仁的上位之路，被设置的远远难于前面两部，诸多努力之下，韩琛依旧对其戒备十足，于是陈永仁越发走向极端，不断的跌进危险的边缘。在黄志诚的安排之下，他去看了心理医生，在那里他遇见了李心儿（陈慧琳 饰）。
而刘建明在这一部的主剧情，则是被设置在2004年，陈永仁去世两年之后。此时他与妻子（郑秀文 饰）已经结婚，并育有一个1岁的女儿，但是他即将面临警队内部的纪律调查，由于韩琛、陈永仁以及林国平皆以死亡，唯一能够刺破其黑道身份的，只有同样是韩琛派进来的卧底。而他首先怀疑的第一个对象，就是杨锦荣。同样对于杨锦荣来说，他把陈永仁的死亡，和刘建明联系在了一起。
于是一场无间与反间的大戏，也就此拉开。在第三部剧情中，杨锦荣成为了穿插在陈永仁和刘建明两个剧情线中的重要人物。而刘建明与陈永仁剧情前后的衔接点，则设置在心理医生李心儿那边。从剧情角度，《无间道3》应当是整个无间道系列曲中，最跌宕起伏的一部，但也正因为剧情的庞大，最终导致了品质的受损，让这一部成为三部之中，遭受的抨击最多。
