朱元璋死后，日月神教秘密加入朱棣阵营，并在靖难之变中屡立奇功，永乐皇帝朱棣登得大宝之后，随即也就默许了日月神教的存在。当年，独孤求败因睥睨天下，傲视群雄的豪言壮语，引得天下武林众人不忿，为引起不必要的麻烦，其后人，独孤博与姐姐独孤燕相依为命，隐居于定州城内。同在定州的唐龙虽家境贫苦，却生性豪放，好结四海之友，且自幼从父习武，弱冠之年便武艺超群，唐龙仰慕日月神教威名，于是加入，并且位居朱雀堂堂主。
独孤博与唐龙自小便惺惺相惜，遂结为刎颈之交，由此独孤博与日月神教教众来往甚密。当初，朱棣以清君侧之名，起兵反抗建文帝朱允炆，并且挥师南下，攻打帝都应天(今南京)，不想朱允炆竟与峨眉派素有渊源，且峨眉派倾全力保护帝都，以至日月神教与武当派两派联合也无可奈何。紧迫之际，唐龙央求独孤博帮忙，独孤博虽以绝世武学独孤九剑大败峨眉派，夺下应天府，但是在此战斗中，峨眉新秀、掌门周芷若嫡传弟子王凤，与武当弟子殷梨亭之女殷晓风竟双双爱上了独孤博。
王凤虽外貌普通，但其爽朗大气，充满个性的魅力令独孤博一见钟情，以至两人私定终身，海誓山盟。日月神教依仗所立奇功，于是在江湖中正大光明的活动，由此一些明教旧的规矩宗法又重回日月神教。独孤博见此时的日月神教行事诡异，多造杀孽，于是数次劝说唐龙离开神教，免得他日不可回头，但是这时的唐龙风头正盛，那里肯听得进去，独孤博于是与姐姐独孤燕离开定州，暂居于华山。
日月神教的做大，令已登大宝的永乐皇帝对神教骄傲跋扈的作风相当不不满，于是令东厂围剿黑木崖，结果唐龙被东厂所杀，其女唐赛儿流落于江湖。而峨眉派因应天府一战，精英尽失，加之建文帝朱允炆下落不明，又被永乐皇帝打击，王凤不得不临危受命继任掌门。王凤绿鬓朱颜，在峨眉派中威信较弱，以至被那些老资格处处打压，数年后辞去掌门职位，寻得独孤博，双宿双飞，两人隐居于华山。
独孤博听闻唐龙被东厂所杀，其女唐赛儿流落于江湖，于是多方寻找，找到唐赛儿并收其为徒，顺便血洗了东厂，后彻底归隐于江湖。武当派虽也在靖难之变中帮助过朱棣，但朱棣却不再信任江湖武林门派，以至武当与朝廷反目。殷晓风心灰意冷，数次寻找独孤博无果后，于恒山见性峰创立恒山派，自称晓风师太。永乐皇帝死后数十年的大明正统年间，明军主力在土木堡遭遇惨败，明英宗朱祁镇被俘，瓦剌首领挟英宗，乘势攻打大明都城顺天府（今北京），于谦当机立断，拥立朱祁钰为明景帝。
风清扬之父本为华山剑宗弟子，为抵御外辱，跟随于谦与瓦剌军战于德胜门外。瓦剌军大败，由此风清扬之父名声大震，而被江湖武林人士仰慕。不想明英宗朱祁镇被瓦剌释放后，依靠日月神教政变复位成功，风清扬之父与于谦一同被明英宗所害，风清扬也被剑气两宗排挤，华山掌门师尊，虽有心庇护，却也力不从心，遂托口让其下山游历，暂时避开风头。
朱祁镇为斩草除根，于是令日月神教新任教主任道远暗中追杀，任道远率领朱雀堂堂主唐赛儿，辗转于江湖击杀明景帝残部无数。当初唐赛儿出徒之日，师父独孤博再三相劝，莫要再走其父唐龙旧日不归之路，而唐赛儿却认为当初皇帝不义，愧对唐家，加之母亲因父亲被杀而悲愤而死，于是心存怨气，加入了日月神教，并继承父亲朱雀堂堂主。
不想日月神教不痛定思痛，反思过去，又参与到朝廷夺权之中，以至不可回头。唐赛儿虽看不惯日月神教和朝廷纠缠在一起，但是也无可奈何，只能随教主任道远杀伐四方，铲除朝廷异己。那日风清扬离开华山不久，华山剑宗蔡子峰之子蔡清云，为得掌门职位，暗中将华山掌门师尊害死，不想掌门一职被气宗岳肃首徒岳清风，在比剑夺帅时设计挫败剑宗，接任掌门，以至蔡清云暗藏心思，准备合适时机再下杀手。
气宗女弟子宁中清，不愿见到剑气相争，虽极力调解，却也收效甚微。岳清风虽精于紫霞神功，表面有一团和气，其实内藏城府，夺得掌门职位后，又贪慕宁中清手中的剑法玉女十九式，于是借掌门职位频频追求宁中清，不料宁中清心中所想之人实际为风清扬，遂屡屡拒绝。风清扬虽被日月神教数次追杀，却也是次次化险为夷，在听闻掌门师尊突然暴毙后，决定冒险潜回华山拜祭，不料被日月神教白虎堂堂主绿竹翁跟踪至华山。
为甩开绿竹翁，风清扬趁夜进入华山腹地，不想自己迷路于其中，在一山坳中偶遇到年近古稀的独孤博，得授独孤九剑。当风清扬赶回华山之巅时，发现剑气两宗居然全员奔赴莆田少林抢夺辟邪剑谱。风清扬来到莆田少林后发现，众多武林帮派为争夺辟邪剑谱早已聚集于此，可是红叶禅师与其徒弟林远图却说从未听说过有此剑谱，众人不信，强欲破山门，搜查少林。
林远图不许，独自一人，镇守山门。青城派翘楚长青子，自诩西南剑法第一，上前挑战，不想几个回合便败下阵来，长青子自觉受辱，以至当场吐血身亡，其徒弟余沧海只得将其尸首运回青城派。刚刚赶到的风清扬武功见此情景，想证明一下独孤九剑威力如何，于是也上前与林远图比剑，林远图大败。自诩剑法五岳第一的剑宗领袖蔡清云，见状心生嫉妒，遂说风清扬乃剑宗弟子，所修武学为剑宗精妙，非其他门派可得。
气宗岳清风唯恐蔡清云独吞剑法，于是将其暗害掌门师尊之事公之于众，蔡清云已无颜再在江湖立足，于是在少林山门挥剑自刎。日月神教教主任道远见众人再不敢上前，于是乘乱煽动，群起而攻之。唐赛儿见风清扬剑法和自己似成一路，惊愕时，风清扬劫持其逃离了现场。唐赛儿终于得知风清扬武学乃师父传授，两人由此消除了心中芥蒂，并且互生情愫。
经由此事之后，唐赛儿终于看到江湖武林竟是如此黑暗，于是决定与风清扬共结连理后退隐江湖。五岳剑派夺取剑谱未遂后，乘机通告天下，风清扬私吞剑谱，并和一青楼女子私奔。风清扬大婚之日，唐赛儿竟不知被何人下毒，以至毒发身亡。风清扬心如止水，竟连报仇的心思也无，决心彻底隐于江湖，终老一生。风清扬浑浑噩噩地走向华山，见山脚下一十二三个少年手握木剑，左劈右砍，风清扬见其如此认真执着，不由地上去指点了两招，随后转身离开，行至数十米后，无意中回头一句，你叫什么名字，清脆的传来一声“东方不败”。
