在阳顶天死后，明教经历过一段时间群龙无首的混乱局面，在张无忌大战光明顶，拯救明教于危难之中后，张无忌成为明教的首领，继续阳顶天的遗志，反抗蒙元。张无忌主动放弃问鼎九五至尊的机会，朱元璋趁机上位可惜张无忌不是枭雄心性，过于软弱，只想和自己爱的人过自己的小日子，没有雄心大志。在三闯金刚伏魔圈，最终助谢逊废掉成昆，眼见谢逊心愿已了，遁入空门，得到了妥善的安置，张无忌彻底没了斗志。
在和幼年的朋友徐达、常遇春一晤后，中了朱元璋的计策。尽管赵敏早已经看破，但出于想独占张无忌的心思并未点破，最终心灰意冷的张无忌选择了放弃教主之位，进而可能问鼎九五至尊的机会，和赵敏一起归隐大漠。自张无忌留书杨逍，辞去教主职位后，原洪水旗凤阳分坛坛主朱元璋迅速展现出非凡的手腕和过人的心计，迅速控制了洪水旗旗主唐洋。
五行旗负责领导中原百万教从反抗蒙元，而洪水旗的势力范围就是安徽、江西、河南、湖北、山东等地。利用洪水旗为跳板，朱元璋迅速控制了这一地区的教众，斗倒了韩山童等对手，拥有了逐鹿中原的资本，将蒙元逐出了中原后，朱元璋在和投奔了徐寿辉，并迅速取代徐寿辉成为明教另一支举足轻重的力量的首领陈友谅的斗争中笑到了最后，成功问鼎天下，建立大明。
朱元璋上位后首要任务，就是铲除助他夺得天下的明教在中国历史上，历来都是皇权至高无上，不允许上面还有着能够压他一头的存在。对朱元璋来说，明教只是他尚未发迹之时的工具，一旦成功夺得天下，明教的出身就成了套上他身上的枷锁，必须彻底清除早能巩固皇权。朱元璋是皇帝，在明教内部的地位更是还在五行旗之下，只是一名小小的坛主。
明教虽然以反抗蒙元为大业，却始终脱离不了江湖门派的窠臼。张无忌卸任后，接任的张逍年老德薄，不论是声望还是武功都不足以服众，更是完全江湖人的作派，压根没有政治上的智慧和野心，也没有相应的准备，结果被朱元璋逆袭成功。朱元璋尽管选择了以“明”为国号，算是对自己出身明教作出了交待。但他已经成为了天子，自然要从皇权第一的角度来考虑问题。
不清除明教，难道放任自己头上还有一堆在身份上可以压过自己之人？这样如何能够保证权力归于自己一身？所以明教的灭亡就成了必然。明教在朱元璋的算计下迅速土崩瓦解，众高层或亡或归隐明教在中原的力量由三人来统领，一个是朱元璋，一个是取代了徐寿辉地位的陈友谅，第三个则是东南沿海地带的明朝领头人张士诚。在合力将蒙元逐出中原后，赶到了大漠深处之后，这三支力量终于爆发了内讧。
五行旗也分裂，各自支持一方。就连杨逍和范遥也开始控制不住局势。最终在大战中，明教在中原的核心力量几乎伤亡殆尽。朱元璋成功上位后，第一件事就是派遣心腹大将，同样是出身于明教的徐达和常遇春对明教在中原的各个分坛展开了雷霆攻击之势，迅速排除了明教各地分坛，断了明教的根基，明教所有的力量被迫缩回了光明顶苟延残喘。
最终的决战中，数万大军围攻光明顶，杨逍重伤逃脱，深感对不起张无忌的重任，对不起明尊，忧愤之下很快就离世。范遥在冲入大军之中，重伤常遇春之后，力竭死于乱刃之下，只有韦一笑仗着过人的轻功得以逃脱。此后韦一笑欲闯皇宫找朱元璋算账，却中了埋伏，被道衍大师击伤，死于乱箭之下。此时的四大护教法王中，金毛狮王谢逊早已经遁中空门，白眉鹰王殷天正在倚天时期就已经在闯金刚伏魔圈时力竭而亡，紫衫龙王黛绮丝一介女流，在女儿小昭替代自己成为波斯明教圣女，自己免了杀身之祸后，早就选择了退出江湖，隐居于曾和挚爱韩千叶生活的灵蛇岛，早已经不问江湖事。
至此四大护教法王全部消亡。五散人在明教的地位十分超然，他们个个都是有身份地位的人，投身明教只是因为明教的主张比较符合他们的理想抱负。他们在明教内并没有任何实权，更类似于合作的有关系。明军围攻光明顶时，行动十分隐秘，五散人一直在中原收拢被朝廷杀散的教众，等察觉光明顶被攻破，明教名存实亡时，深知明教的任务已经完成，存在是祸非福，于是脱身而去，化身为道士，继续游走人间，救死扶伤。
直到朱元璋欲彻底杜绝后患，找上了隐居在大漠深处的张无忌、赵敏和周芷若夫妇三人时，张无忌才察觉明教已亡。眼见朱元璋连自己也不放过，一怒之下杀进了皇宫，击毙无数大内侍卫，将朱元璋擒获。在朱元璋如实告知清除明教只是为了江湖社稷稳固，黎民百姓不再受战乱之苦后，张无忌无奈放了朱元璋，只是要求他不得再找剩余的明教麻烦。
张无忌来收拢明教剩余教众，保证修改明教宗旨，将之彻底变成一个纯粹的江湖帮派，与朝廷再无一丝瓜葛。朱元璋答应了张无忌的要求，于是五散人将剩下的教众带至河北平定州猩猩滩，在此处一个名叫黑木崖 ，易守难攻的地方建立了新的明教总坛。为了表示与曾经的明教彻底割裂，新的教派被张无忌命名为日月神教。在整顿好一切后，张无忌就卸下教主职务飘然而去，再次归隐江湖过自己的逍遥日子。
在倚天屠龙记中，郭靖和黄蓉明明有神雕可骑，为什么襄阳城破时不跑，双双战死襄阳？
郭靖和黄蓉有神雕可骑，为啥襄阳城破时不跑？双双战死襄阳？解答：一，郭靖和黄蓉没有神雕可骑，他们的两个大白雕早就不在了。襄阳城破，郭靖和黄蓉双双战死，在金庸射雕三部曲里没有正面描写，只是通过《倚天屠龙记》中，峨嵋派掌门灭绝师太向郭襄交代后事时交待出来的。灭绝师太说：”襄阳城破之日，郭大侠夫妇与郭公破虏同时殉难。
”而双雕在金庸小说《神雕侠侣》里就已经死了。《神雕侠侣》里绝情谷边周伯通、南帝段王爷、黄蓉、黄药师等围攻金轮法王。黄药师还没现身时，黄蓉怀疑女儿郭襄被金轮法王推下了绝情谷底，令双雕凌空攻击金轮法王，雄雕被金轮法王一掌击中腹部，坠下绝情谷底，雌雕从绝情谷底救上来后，已经奄奄一息，不久即死去，雌雕见雄雕死去，鸣声凄厉，一飞冲天，然后向山崖俯冲，撞崖而死。
双雕死后，小说《神雕侠侣》还有华山论剑等情节，而郭靖和黄蓉战死襄阳是这以后的事，其时，双雕已经没有了。其实，郭靖和黄蓉没有逃走，跟有没有双雕也没有多大联系。二，襄阳城破，郭靖和黄蓉不可能弃城逃走。襄阳城破时，郭靖的武功已达化境，已融降龙十八掌，九阴真经、空明拳、左右互搏等最上乘武功于一身，要从乱军中逃出襄阳，想来并非难事。
黄蓉的打狗棒法和落英神剑掌也已经炉火纯青，系江湖一流高手，用以自保绰绰有余。但郭靖作为襄阳城守军主将，只能城在人在，城亡人亡。金庸老爷子的小说中极力描绘的有英雄肝胆的人物莫过于洪七公、郭靖、杨过等人。作恶多端的裘千仞被段王爷、周伯通、黄蓉等一众高手围困住，裘千仞用你们凭什么杀我？你们平生谁没有杀过人，谁没有有过恶行的说辞挤兑住了，洪七公突然出现，大义凛然地说“老叫化一生杀过二百三十一人，这二百三十一人个个都是恶徒，若非贪官污吏、土豪恶霸，就是大奸巨恶、负义薄幸之辈，可是生平从来没杀过一个好人。
裘千仞，你是第二百三十二人！”——其时郭靖正心中抱着重重疑团，不知道自己一身武功有何用处，想自废武功，正是洪七公大义凛然的一番话使他幡然醒悟，逐步走向他的英雄人生。而杀敌报国杀身成仁，正是郭靖英雄人生的最好体现。试想，郭靖有可能在襄阳城破时，丢下满城百姓，丢下他的后半生事业，弃城而逃，苟且偷生么？断然不会！姑且不再赘述黄蓉的爱国情怀，郭靖与城共存亡，黄蓉与郭靖伉俪情深，黄蓉会丢下郭靖独自逃生么？同样断然不会！三，作为金庸小说中的“侠之大者”，更不可能弃城而逃。
金庸的十四部武侠小说，大都写的是武林恩怨。正义和非正义，正派和邪教，正面人物和反面人物大都是以江湖为背景，描写人物在江湖中的形象。只有为数不多的几个人物上升到了为国为民的层面，其中最突出的就是萧峰和郭靖。萧峰是契丹人，在大宋长大，大宋和辽国可以说都是他的祖国，最后萧峰只能选择忠于大宋还是忠于辽国，替大宋杀契丹人，还是替辽国杀大宋人。
萧峰无所适从，只能自杀。萧峰的自杀其实也是杀身成仁。郭靖，是金庸老爷子冠以“侠之大者”的唯一一个人，侠之大者的内涵就是为国为民。固守襄阳，是郭靖侠之大者的最具体的体现，“郭大侠”的名头，就是在襄阳城中传遍天下的。试想，郭靖扔下襄阳城对他极度信任、视之为依靠的满城百姓，溜之大吉，那还与侠之大者四个字沾边吗？在《倚天屠龙记》里借灭绝师太之口道出郭靖为国为民死于襄阳，是金庸老爷子为成全郭靖侠之大者的最后一笔。
