此后王重阳独居深山，结了一间草芦，一连三年是足不出山，精研《玉女心经》的破解之法。然而这三年之中，虽在小处也有所成所悟，但始终组不成一套蕴含内外并相互融会的武学。心灰之下，对林朝英的武学修为更是佩服，甘拜下风，也不再钻研。直到这华山论剑，夺得《九阴真经》。他虽决意不练经中功夫，但为好奇心所驱使，还是禁不住翻阅一遍。
他武功当时已是天下第一，《九阴真经》中所载的诸般秘奥精义，一经过目，思索上十余日，即已全盘豁然领悟，知道精通《九阴真经》要旨后，破解《玉女心经》武功，全不为难。当下仰天长笑，回到活死人墓，在全墓最隐秘的地下石室顶上刻下真经的要旨，并一一指出破除《玉女心经》之法。新修版《神雕侠侣•第七回》不过王重阳所刻，就仅是《九阴真经》中可以破解《玉女心经》的部分经文要旨而已，并非完整的《九阴真经》。
这部分经文后来为杨过与小龙女所学，虽非完整经文，但其中的武学至理却让他们避过了李莫愁的迫害，并因此武功精进。杨过自动解穴的秘诀、水下闭气秘诀，和后来他在大散关英雄大会对达尔巴使出的“移魂大法”就是在重阳石刻上的这部分经文所学。古墓派的玉女心经讲究两人共使，须求心意相通，王重阳在古墓石室中刻下《九阴真经》法要时摘入“移魂大法”的大纲，旨在击破玉女心经的两人心意相通，心通之术既受阻挠，玉女心经的诸般妙诣便使不出了。
新修版《神雕侠侣•第十三回》可见这古墓中的重阳石刻，并非王重阳有意要将《九阴真经》泄漏于世，只是他一时好胜之心所起。而且他刻下石刻前曾看了古墓此处的情景，他看到这处密室放置了几具空棺，知道那是林朝英的弟子将来所用的，料想待得林朝英的弟子便是见到这些《九阴真经》的经文之时，也已奄奄一息，只能将这秘密带入地下了。
又想到她们古墓派的弟子多半是临终时自行入棺等死，其时自能得知他王重阳一生不输于任何人。这也是他会在其中一具空棺盖底写下“玉女心经，欲胜全真。重阳一生，不弱于人”十六字的原因，便是要林朝英后人于临终之际，得知他王重阳的武学，实非《玉女心经》所能克制。王重阳虽不甘服输，将《九阴真经》的要旨刻在墓中，但实际上他却明显已是输于林朝英了。
因为《玉女心经》乃是林朝英所自创，招招克制他的全真武功，而他王重阳却要依靠前人遗书，借助《九阴真经》要旨才能够反之破解，相较之下，武学修为孰高孰低，已见分晓。这一点其实后来王重阳还是有自知之明的，所以他此后深自谦抑，并常常告诫弟子以容让自克、虚怀养晦之道，耽于武功，争强好胜的丘处机他就最不喜欢。其实，像五绝这般的绝顶高手，当武功到了他们那样的境界，在外功方面想要再高一层，是不大再有进步空间的，能够提升自己修为的，就只是在内功和武学理论方面去做提升。
就王重阳而言，他所修炼的内功也是跟《九阴真经》的内功同宗同源的，是正宗的道家玄门内功，到了他的内功境界，《九阴真经》里面所载的武功，对他来说已经不重要了，而里面所载的武学最高境界的原理，诸般的秘奥精义，却能使他的武理修为得到最后的升华，臻至武学至境。可以说假如王重阳不死，后来的他永都会是天下第一，因为得窥武学最高境界的他，能破天下任何武功。
九阴真经与九阳神功相比，为何能轻而易举练成？
九阳神功与九阴真经两部武功秘籍，乃是武林中人梦寐以求的武功，好似一位爱财如命的人，深夜偷偷把玩奇珍异宝，唯恐别人抢夺。细读原著，发现九阴真经能轻而易举地练成，但九阳神功，只有张无忌练至绝顶，其中隐藏哪些秘密，然而众位高手给出答案。其实论其难度，九阳难于登天，觉远大师的修为固然不弱，距离至高境界，仅仅一步之遥，偏偏玄关难以冲破，始终都运用蛮力，毫无巧劲之说。
此套功法非比寻常，普通之人岂能发觉？而九阴真经与之相比，难度较低，首先这部经书分为许多篇章，如点穴、疗伤、移魂大法等等。纵使悟性不高之人，由下乘武功修炼，久而久之，也会成为一代高手。反观九阳神功，主要以内力为主，招式其次，即便经书之中不乏其它武学，若想同时兼顾，恐难武功大成。觉远大师不明其理，逃离少林之后油尽灯枯而死，若参悟两大境界，势必会神功大成，其一为难度，与之对应的九阴真经，则相对容易修炼。
