在昆仑派的挑拨之下，再加上明教教徒在中原历来诡秘行事，以匡扶武林，维护秩序为己任的峨嵋派与少林先后与明教成功结怨。峨嵋派：峨嵋派的孤鸿子（灭绝师太的师兄）为了替昆仑派出头，指名约战杨逍，但倚天剑还没出鞘，就被杨逍用计击败，倚天剑也被杨逍所夺，杨逍更是留下了一句“倚天剑好大的名气！可在我眼中，却不过是一堆破铜烂铁！”然后弃剑而去，孤鸿子受到如此大的侮辱，跟昆仑派三任掌门一样，也被气病而死。
和孤鸿子有婚约在身的灭绝师太就这样成功与明教结仇，后来她最看重的弟子纪晓芙竟爱上了她的大仇人杨逍，就让她对明教的仇恨更加升级，誓要灭绝明教。少林：孤鸿子死后，泰山北斗之一是少林派出渡厄、渡难、渡劫三渡组合匡扶正义，三渡组合上光明顶，得到直接对阵阳顶天的机会，估阳顶天有感少林威名不敢托大，亲自迎战，最终击败了三渡，其中渡厄还被阳顶天打瞎了一眼。
三渡逃回少林后，坐枯禅三十年，练成“金刚伏魔圈”，意欲报仇。后来，圆真（成昆）为了唆使少林带头成立“抗魔联盟”（反明教联盟），诈骗空见神僧化解他跟谢逊的恩怨，致使空见为了感化谢逊，死在他的“七伤拳”之下，不明所以的少林将谢逊罪过一并算到明教头上，两派仇恨升级，少林开始牵头建立“抗魔联盟”。崆峒和华山：崆峒派、华山派与明教的结仇很简单，崆峒派的《七伤拳谱》古抄本被谢逊所夺，将罪责归于明教。
华山派的掌门鲜于通始乱终弃，为了掌门之位，抛弃了蝶谷医仙胡青牛的妹妹胡青羊，胡青羊羞愤自尽，造成一尸两命的惨事。鲜于通害怕胡青牛和明教的报复，害死自己师兄白垣嫁祸明教，华山派参加围剿明教多半就是因为这笔“血债”。武当：武当在这六派中与明教的瓜葛其实有别于其他五派，虽然俞岱岩和张翠山先后卷入“屠龙刀风波”，导致一残一死，但张三丰知道这实际上不是明教之过，求同存异，容纳百川的张三丰一直希望能与明教和衷共济，消除隔阂。
不过，作为武林泰山北斗，在武林各大派皆言受明教所害的情况下，光明顶之行纯属为了维护正义，在光明顶，武当五侠的作为是有异于其他五派的。就这样，六大派为了师出有名，以明教历来的“魔教”之称，竖起“斩妖除魔”的大旗，把自己标榜为正道的化身，誓将“魔教”连根拔起。明教的“魔教”之名，在武林中再次得到确立。为了各自利益，罔顾明教抗元事实，这在当时的武林中其实并不少见，像曾经的第一大帮丐帮，为了保住江湖地位，就无视救国大业，表示决不能让明教成事，还暗中捣乱，甚至意图胁迫明教中的义军将领，就更不要谈与明教有深仇大恨的那些门派了。
《倚天屠龙记》里六大派的实力排名是怎样的？
六大门派里，张无忌是个编外人员，虽然他父亲是武当武侠，他尊称张三丰太师父，但已经不能算是武当弟子了。如果算张无忌，武当派当之无愧第一，如果不算张无忌，武当只能屈居第二了。少林寺虽然在倚天开头就交代了，因为几十年前火工头陀作乱，元气大伤，但是这距离张无忌时期已经过去了一百多年，而且少林寺历来就是公认的武林泰山北斗，底蕴深厚，根本不是其他门派可以比拟的。
在倚天结束，天下群豪在少林寺开屠狮大会，而元兵后面要来攻打，这时候张无忌被推举为统帅，他要选轻功厉害的武林人士诱敌，结果怎样，且看：少林派一个门派占了五分之一，想想看少林空字辈，圆字辈有多少好手。要讲一个门派的中流砥柱力量，少林寺是其他门派远远无法比拟的。除了这些普通高手，少林寺四大神僧见闻智性也是很厉害的，虽然空见早死，空性被金刚门所杀，但是空闻实力强悍，虽然远不如张三丰，但是六大门派他可当第二，空闻实力放眼整个江湖，除了二张，恐怕也没几个人可以稳赢他。
如果仅仅这样，少林寺可能还是不如武当派，可是偏偏他们还有三个元老久未露面，这三个老家伙个个厉害，而且三为一体，他们三人联手，张三丰也没有必胜把握。正是因为如此，少林寺无论是顶级高手还是一流高手二流高手，都是占有绝对优势的，少林寺老大的位子稳稳的。除了少林，那下面就是武当了，武当如果不出那么多事情，其实实力可以更高，可惜七侠里面老三残废了，老五老七挂了。
