在佐助询问四位火影的时候，大蛇丸也弄明白了木叶村的诞生以及发展，这对他很有帮助，因为此时的大蛇丸已经对知晓一切感兴趣了。在四战中，大蛇丸还跟着佐助来到了战场，帮助战场上的影们，其实也是为了弄懂六道的秘密，这时的大蛇丸成了一个喜欢搞研究，但是又不会违背道德的科研人员。4.世界大战并不利于做研究，所以大蛇丸是想让佐助帮忙结束战争。
说实话，对于一个科研人员来说，最不愿意看到的就是战争，因为战争可能会阻碍自己的研究，而且说不定自己哪天就被打死了，所以大蛇丸也是不想看到四战持续下去的。为了让战斗停下来，大蛇丸必须帮助佐助，因为只靠鸣人一个人是不够的，而且大蛇丸也没有能力对付六道之力，为了能够使世界和平，大蛇丸必须帮助佐助找回自己的道路，借此结束这场战争。
二代火影知道秽土转生的印，为什么解不开大蛇丸的束缚？
秽土转生是二代火影开发一种可以召唤死者的禁术，这样玩弄死者灵魂的忍术可以说是被正派人物所不耻的。而依据的是就像法国的国王路易十六最后死在自己亲手改进的断头台一样。二代火影千手扉间在死后也被秽土转生了两次！从大蛇丸感知到初代火影可以随时挣脱束缚和宇智波斑结印解除秽土转生控制来看，秽土转生并不能完全控制死者的灵魂的，那么为什么二代火影作为秽土转生的创造者，却不解开大蛇丸的控制呢？首先，我们来说大蛇丸第一次秽土转生二代火影，这时候的秽土转生并不完善，而大蛇丸准备的祭品也仅仅是下忍，根本发挥不出二代火影的实力。
甚至还给两位火影加上了抹除神智的符咒。没有了自我控制，仅仅依靠自我本能，还不能发挥出所有的实力。别说二代火影了，就算是初代火影和宇智波斑也解除不了控制吧！然后就是第二次秽土转生了，这一回是以白绝为祭品的秽土转生。虽然还不能发挥全部的实力，但是已经有了生前大部分的实力。但是大蛇丸也和原来不一样了。大蛇丸同样也换了白绝的身体，还拿回了自己双手的灵魂。
而白绝作为古代中了无限月读的人类，已经无限接近神树了，更是本二代火影以为是大哥柱间的细胞。一方面更换了白绝身体的大蛇丸确实有了更强的控制力，并且在集中控制二代火影一个人的时候，更是能发挥出巨大的威力。另一方面在二代火影的心中大哥应该是无敌的，当他知道对手利用大哥的细胞控制自己的时候，难免就会有一些心理压力。
再加上大哥柱间的阻止，二代火影也就不再强行挣脱控制了。而之后大蛇丸的目标已经和几位火影是一样的，二代火影完全没有必要再解除控制了，因为大蛇丸根本就不控制他了。而且剑客觉得，二代火影作为秽土转生体加千手一族的身体，就算是一直僵持下去，也是远比大蛇丸持久的。大蛇丸不管是坚持不住，还是松懈一下，二代火影都是可以解除控制的。
不过剑客觉得二代火影完全没有解除控制的必要。就像狐妖小红娘中涂山容容说的，有姐姐在的时候，总是特别的安心。在这一点在二代火影这里也是一样的，有初代火影在身边还不安心吗？更何况用龙珠中悟空的话来说，作为死者何必去干涉生者的事情呢？综上所述，剑客觉得二代火影没有解除大蛇丸的控制第一次是因为没有机会，第二次则是因为没有必要。
火影忍者中大蛇丸为何不选择宁次而是选择佐助作为转生容器呢？
【执着于佐助的，不仅仅是挚友鸣人与哥哥宇智波鼬，还有科学家大蛇丸。大蛇丸对于佐助的执着可谓是疯狂式的，送力量（咒语），送手下（佐助归于大蛇丸后，音忍四人众会听命于佐助），比起鸣人，蛇叔的这个“彩礼”怎么可能不让佐助为之心动？这也难怪佐助会执意跑到大蛇丸身边，不仅如此，忍界大战以后，大蛇丸也完全听佐助的。
那么，大蛇丸为何如此执着于佐助呢？】【根源】：怪你宇智波鼬“太美”，大蛇丸“怦然心动”！说起大蛇丸与宇智波一族的恩怨，还得从宇智波鼬那个时候说起：——【心动】：宇智波鼬的才华深深的吸引了大蛇丸如果说仅仅是写轮眼让大蛇丸心动，那大蛇丸为何执着于宇智波佐助呢？当初宇智波一族被灭族的时候，团藏也在私下收集了很多写轮眼，以大蛇丸与团藏的关系，要双写轮眼，应该不过分吧，毕竟团藏的伊邪纳岐右臂都是大蛇丸研制出来的。
