无论是哪种可能，《九阳真经》都是作为克制《九阴真经》功法之法门而存在。修订版系列小说中的《九阴》和《九阳》，并驾齐驱。不过，连载版三部曲小说完结之后，有读者反映，《九阴》《九阳》为达摩祖师所创，但达摩祖师毕竟是西来之人，那等于是说泱泱中华的武功，完全比不上西传之法。有鉴于此，金庸先生在修订版小说三部曲系列里（也就是我们现在所说的三联版），修改了原来的设定，将《九阴真经》改为黄裳所创，至于《九阳真经》是否为达摩祖师所创却存疑，因为《九阳真经》乃是附在达摩祖师所书写的《楞严经》行缝之间，用蝇头小楷所写的中国文字，达摩祖师不一定会这么做，因而很有可能是少林寺的高僧仿借达摩之手所创。
不过这样一来，也让这两部宝典失去了关联，而且《九阴真经》不再是偏重招式，而是分有内功和外功上下两卷的集成典籍。这两部典籍各带武学体系，练成《九阴真经》，贯通武理，能够破尽天下武学，而练就“九阳神功”大成之人，武理自通，能看出天下任何武学的招数套路和破绽，天下任何外功皆附拾可用。这两部典籍的内功，“九阴神功”偏重阴柔，而“九阳神功”则是至刚至阳。
这两部根柢相反，路子截然不同的内功心法，练至大成，按照三联版小说中张无忌的话，那便是“并驾齐驱，各擅胜场”。张无忌隐隐觉得她体内阴劲此时虽然尚弱，但日后成就，委实是非同小可，赞道：“芷若，尊师灭绝师太真是一代人杰。她传给你的内功，法门高深之至，此刻我已觉得出来。你依此用功，日后或可和我的九阳神功并驾齐驱，各擅胜场。
”三联版《倚天屠龙记•第三十一章》因此，按照这一版的设定，“九阴”和“九阳”，虽是一阴一阳两个极端的两种内功，“九阳神功”的至阳真气也会专克阴寒之功，就像张无忌破了成昆的“幻阴指”和玄冥二老的“玄冥神掌”那样，但是假如将“九阴神功”练至大成之人与同样练就大成“九阳神功”之人交手，就像郭靖对阵张无忌，那是很难能说出有胜负之分的。
而至于周芷若所练《九阴真经》的内功，被张无忌所的九阳真气所抵消掉这件事，乃是因为周芷若的内功根柢不牢。她所修练的时日短浅，那一点内力，才会被张无忌霸道的九阳真气，在驱除“玄冥寒毒”之时，一并给抵消掉了，这点小说也是说得清楚，“均是内力强弱有别之故”。而这一节按照新修版小说的设定就更能说得清楚了。新修版系列小说中的《九阴》和《九阳》，一同代表着武学的最高境界。
新修版三部曲系列小说中，《九阴》《九阳》再次恢复关联。《九阴真经》沿用黄裳所创的设定，而《九阳真经》则改成是与王重阳斗酒的神僧所创。这位奇僧与王重阳斗酒获胜，得以览阅了一遍《九阴真经》，但是他认为《九阴真经》阴气太重，一味崇扬道家黄老之学，只重以柔克刚，以阴胜阳，未及阴阳互济之妙，于是在四卷梵文版《楞伽经》的行缝之中，写下了自创的《九阳真经》。
张无忌掩卷思索，对这位高人不偏不倚的武学至理佩服得五体投地，心想：“这应称为《阴阳并济经》，单称《九阳真经》以纠其枉，还是偏了。”新修版《倚天屠龙记•第十六章》因此，大成版的“九阳神功”也从至刚至阳的神功升级为了阴阳互济的最上乘内功了，代表着武学的最高境界。不过不全版的“九阳功”，像少林武当峨嵋三派的“九阳功”，还是至刚至阳的内功，这点设定是没变的。
成昆就是因为在修炼“少林九阳功”之后，又练“幻阴指”，走上了纯阴道路，抵消了原学“少林九阳功”的不少功力。但是在新修版《射雕英雄传》小说中，对《九阴真经》总纲中，却还有一段论述，那便是总纲言明“九阴极盛乃是灾害”，“阴阳互济之道”才是武学的最高境界，总纲之法便是要纠正道家“偏重阴柔”的流弊和缺失。可见，从总纲中修炼的“九阴神功”，也必然是武学最高境界的上乘内功了。
这一点在郭靖的身上是最能体现的，他的“九阴神功”大成，以阴阳互济的内功能打出了“降龙十八掌”刚柔并济的最精要，其威力甚至胜过当年的乔峰。斗酒神僧之所以认为《九阴真经》偏重阴柔，应当是他并未看到总纲一节，而且总纲乃是用汉译的梵文所写，不是纯梵文，斗酒神僧虽然精通佛法，但不一定能看得懂。按照这一版设定，“九阴神功”大成和“九阳神功”大成的结果是一致的，乃是殊途同归，都已经是达到了最高境界，因而就更能有高低之分了。
