而大蛇丸则是表现出了对各种忍术的兴趣，开始对一些禁忌的忍术进行研究，同时因为自己的纲手的弟弟也就是他的徒弟绳树的死亡所以对永生产生了兴趣，并且开始了这方面的研究。本来研究忍术并没有什么问题，但是大蛇丸的研究实在是太残忍了，他经常会进行一些人体实验。比如说在和团藏一起进行初代细胞的研究的时候就曾经把初代的细胞植入到一百个婴儿的身份当中，虽然的确是有一个婴儿觉醒了初代的木遁天赋但是代价就是其它的九十九个人都死了。
这种实验实在是太过于餐残忍了，所以在被发现之后马上就被制止了，并且木叶还派人准备去抓捕大蛇丸。大蛇丸也知道万一被抓了的话那肯定没有什么好结果所以干脆就选择了叛逃，之后大蛇丸变成了木叶有名的叛忍之一。大蛇丸入侵木叶计划 对木叶的入侵计划是大蛇丸精心策划的一次行动，甚至可以说是专门为三代火影猿飞日斩准备的一次活动，目的就是为了报复当年木叶对大蛇丸的追杀。
大蛇丸选择了中忍考试期间对木叶动手，因为在这个时间段当中木叶的守卫是最松懈的，不少其它村子的忍者都会在中忍考试期间进入到木叶，而木叶根不会对这些人都进行一遍排查。所以在此期间，大蛇丸带着他的手下一起潜入到了木叶当中。当然了这个计划大蛇丸并不准备一个人行动，大蛇丸还通知了砂忍村的忍者准备联合砂忍村一起对木叶发动攻击。
但是大蛇丸联合砂忍村的人也只是一个阴谋罢了，他只是想要利用砂忍村的力量来实施自己的报复罢了，他还和自己的手下一起暗杀了砂忍村的风影，并且以风影的身份来观看了中忍考试的第三次比赛。在第三场比赛进行的如火如荼的时候大蛇丸出手了，他胁持了三代火影猿飞日斩并且让手下布置了一个巨大的结界，大蛇丸的目的就是想要和三代进行一场对决。
大蛇丸一定要杀三代的原因 大蛇丸入侵木叶的计划很明显就是在针对三代，对此应该有两个不同的解释。第一个解释是因为大蛇丸想要报复三代火影了，因为大蛇丸本来是三代的弟子，而且是三代的三个弟子当中最出色的那一个，本来要是大蛇丸好好发展的话那他当上下一任火影的概率都是很大的。但是大蛇丸对禁术的研究实在是犯了忌讳了，当时的木叶的两个掌握者分别是三代火影还有团藏。
大蛇丸的研究虽然很残忍，但是总体来说应该是可以提升木叶的实力的，所以团藏肯定是不会去组织大蛇丸的，也就是说是三代火影下了抓捕大蛇丸的命令。而现在大蛇丸回来报复了，他选择的报复对象自然就是三代一个人，他就是想要杀了三代来解自己当年的心头之恨。而另外一个推测那就是大蛇丸想要彻底的颠覆木叶，这个推测的的来源主要是大蛇丸选择的战斗地点了。
大蛇丸是在木叶的一座高楼上面和三代进行战斗地，选择这个地方也就代表着他们的战斗情况是会被所有人看到的。而猿飞日斩是木叶的火影是木叶的象征，而且大蛇丸选择打败三代的方式也是毕竟卑鄙的，他用秽土转生召唤了初代而二代火影来对付三代火影.。这种方式无疑是在打击木叶忍者的内心，因为火影是他们的精神支柱，要是三代火影被残忍的打败了的话那对于木叶的忍者也是一个巨大的打击。
火影忍者之中，为何三代火影死亡之后，团藏不出来争这个五代火影？而是让给纲手？
我们知道团藏这名角色一直都觊觎火影之位，早在二代火影千手扉间在世时，他就因为同期生猿飞日斩被选为火影而嫉妒不已，因此在猿飞日斩继任为三代火影后，团藏就经常和三代火影明争暗斗，甚至为了继承火影之位，不惜派出暗部截杀三代。那么如此渴望火影之位的团藏，为何不在三代火影死亡后争取第五代火影的位置，反而是让给了纲手呢？不是团藏不想争火影之位，而是他根本争不到为了火影之位不择手段的团藏，自然不会把火影之位让给纲手。
猿飞日斩还在世时，团藏就曾将四代火影之死的责任全都推到三代的头上，企图通过打压三代来担任第五代火影的位置，只可惜当时团藏不得人心，甚至连转寝小春和水户门炎这两名火影顾问都站在了团藏的对立面，因此团藏继任第五代火影的野心也不得不就此作罢。后来大蛇丸暗杀了四代风影，并且伪装成了风影的模样，计划让砂隐和音隐联手侵袭木叶村。
在大蛇丸的“木叶崩溃行动”得手后，木叶村已是千疮百孔，处于百废待兴的状态，甚至连三代火影都在这场战役中死去。因此木叶若想要快速复兴，避免再次遭受其他国家的攻击，就必需要推举出下一任的火影，而当时的木叶高层，第一时间就找上了自来也。“三忍”不仅实力强大，而且闻名忍界已久，在木叶村中更是威望极高，所以当时回村的自来也，无疑是担任第五代火影的最佳人选，不过火影顾问们让自来也继任火影的请求，却被自来也拒绝了。
