不过，黄兴却几番婉拒，怎么也不肯组织和领导中央临时政府，一则是因为此时他正将精力放在如何迅速完成北伐计划，二则是顾虑到了仍远在美国的同盟会总理孙先生。后来，黄兴又被推举为军政府大元帅，统领革命军，一时之间，革命党的枪杆便攥在了黄兴的手里。对于组织和领导政府这事，黄兴却说什么也不从，说要等孙先生回国后，让孙先生担此重任。
黄兴的态度，是让人敬佩的，可在敬佩之余，不少人心里也在打鼓，谁知道他孙先生什么时候回国？更何况，在此紧要时刻，孙先生远在美国，什么也没有干，凭什么他一回国便要让给他？当黄兴终于被众人说服，筹备好了经费，决定赴南京组织和领导临时政府的时候，他却接到了孙先生的来电——孙先生说自己即将抵沪。此时的孙先生恐怕也收到了黄兴将赴南京履职的消息，所以才人未到，而匆匆忙忙致电黄兴。
所以，黄兴决定等一等，等到孙先生到上海后，再决定行程。如此一来，黄兴便等于是主动放弃了“临时大总统”这一领导地位，拱手让给了孙先生。可是，黄兴对此却说：“孙先生是同盟会的总理，他未回国时，我可代表同盟会；现在他已在回国途中，我若不等他到沪，抢先一步到南京就职，将使他感到不快，并使党内同志发生猜疑......革命同志最要紧的是团结一致，才有力量打击敌人。
要团结一致，就必须不计较个人的权利，互相推让。”黄兴，是磊落之人，所行亦磊落之事。不过，让孙先生不爽的是，自己虽然当上了临时大总统，可是“诸事由克强作主”，自己成了一个摆设。这嫌隙一生，便再难抚平，孙、黄二人终究也不是同一路人。1913年，宋教仁在上海火车站遇刺身亡，孙先生闻讯后迅速从日本奔回国，将宋教仁案一股脑推到了袁项城的头上，意以武力讨伐袁项城。
对于孙先生的想法，黄兴却不敢苟同，一则他们一方的实力不如北洋政府，所以从心底他便不同意对袁世凯诉诸武力，更希望通过政治手段去解决问题；二则对于“宋案”也疑点重重，谁又能确定袁便是幕后操手？然而，孙先生却坚持武力讨伐袁世凯，所以，黄兴也给予了全力支持。黄兴在“二次革命”中也可谓是尽心尽力了，可是仍然不可避免地失败了，为了推卸责任，孙先生声称此次革命失败是因为有人不听从指挥，枪口直指黄兴！1914年，孙先生在东京成立了中华革命党，所有入党者必须绝对服从于他的命令，和“独裁”无异，对此，黄兴声言“弟不赞成中山之举动，以是相迫，不但非弟所乐闻，且甚为弟所鄙视”，所以黄兴不肯加入中华革命党，安然出走美国。
这么一来，孙先生便顺利地将黄兴踢出了局。1915年，袁世凯称帝时，黄兴即便身在美国，也始终在为此事奔走，后又受邀回国。只是此时的黄兴早已经积劳成疾，病情愈发严重，回到上海后没多久，黄兴便一病不起，于1916年10月31日去世。黄兴一生磊落，堪为一代伟人，文学泰斗章炳麟也忍不住赞誉道：“无公乃无民国，有史必有斯人！”。
黄兴在武昌登台拜将，黎元洪为何把湖北革命总司令一职让给黄兴？
这是黎元洪的阴谋！黄兴是同盟会内仅次于孙中山的革命领袖、革命实干家，在辛亥革命时期，凡属著名的革命之役，多数他都参加了，在革命党中的威望很高。辛亥武昌起义之前，湖北革命党的领导干部曾派人到香港邀请黄兴速来武汉主持领导，发动起义。但因为黄花岗之役的失败，当时的黄兴有些灰心丧气，加之对武汉日益高涨的革命形势认识不足，所以他没能应邀及时来武汉。
10月10日，武昌起义爆发。黄兴得知武昌起义胜利的消息后，于10月24日赶到上海，28日便赶到了武昌。此时，由于清军大举南下，汉口战事十分吃紧，大局岌岌可危。特别是前线指挥无人，前有总指挥何锡藩受伤辞职，后有总指挥张景良通敌正法，正是群龙无首时。黄兴的到来，武汉革命军民都把他比作”天将下凡“，把收复汉口的希望寄托在他身上，莫不翘首以盼。
黄兴到达武昌，也给黎元洪及其同伙打了一剂强心针。黄兴南渡武昌时，黎元洪派出代表带着军乐队、仪仗队在江岸迎接，仪礼颇为隆重。但黎元洪及其同伙在感到兴奋的同时，也有很强烈的担忧，他们担心威望卓著的黄兴，会有碍于黎元洪的都督地位。黄兴太耿直，算不上成熟的政客，从上海赶赴武汉的途中，他曾在船上对同行者田桐等人说：”黎元洪本非革命党人，我到鄂后，必须取而代之，且称两湖大都督。
