在多年后，大蛇丸还派了音忍村的忍者到木叶去参加了中忍考试，大蛇丸对木叶的报复也接踵而来。大蛇丸和砂忍村的人早早的达成了默契，想要在木叶中忍考试的时候发动趁机毁了木叶。但是大蛇丸却背叛了砂忍村，在风影前往木叶的路上偷袭并且杀死了风影，然后大蛇丸利用了风影的身份到木叶观看了中忍考试，并且中忍开始快要结束的时候劫持了他的老师三代火影，和三代火影进行了一次激烈的战斗。
但是他们两个人的战斗无疑是十分激烈的，大蛇丸也使用了他研究多年的禁术秽土转生，召唤了一代和二代火影一起进攻三代。三代最后还是寡不敌众，无奈之下也只能使用了禁术尸鬼封尽，把一代二代还有大蛇丸的一双手臂的灵魂都给封印了，大蛇丸颠覆木叶的计划也因此破产。 大蛇丸叛逃木叶的真相其实大蛇丸的叛逃还是疑点重重的，按理来说的话其实大蛇丸完全是没有必要叛逃的，他的叛逃看起来更像是有一次被人幕后安排的行为。
首先大蛇丸是三代的弟子，而且在三战当中立下了汗马功劳可以算是木叶的大功臣。再加上大蛇丸和团藏之间是有着默契的，大蛇丸所做的研究成果不少都落在了团藏的手里，不管是大和还是对柱间细胞的开发又或者是对宇智波一族写轮眼的培养，最后这些东西都变成了团藏的战利品，变成了团藏用来壮大自己的武器。很多时候寻找幕后凶手的方式就是看谁是最大的获利者，那这个人是幕后凶手的概率就也很大，而综合看来的话团藏才是大蛇丸叛逃事件最大的获利者。
大蛇丸一走三代就少了一个影级的支持者，而团藏则是获得了不少的好处，由此可以判断，大蛇丸的叛逃和团藏应该是有很大的联系的。而且最关键的是团藏应该还把一切的责任都推到了三代的身上，让大蛇丸误以为是三代想要杀了他。但实际上三代还是很看重他们的师生情谊的，就算是大蛇丸叛逃了也是想要放大蛇丸一马的。三代派去追杀大蛇丸的人是自来也，按照自来也的性格根本就不可能对大蛇丸下手，三代肯定也是知道这一点所以才会故意让自来也去的，目的也是显而易见，那就是想要放大蛇丸一马。
而且大蛇丸离开之后三代就再也没有派人去找过大蛇丸的麻烦了，足以看出其实三代还是比较爱护大蛇丸的，并不想让他这个弟子就这样陨落。 罪魁祸首团藏大蛇丸还在木叶研究禁术的时候所研究的方向虽然说已经触及到了禁忌忍术了，但是却还没有造成太多的惨剧。本来当时战争才刚刚结束，而用俘虏来做一下人体实验也并不是不可以接受的事情。
大蛇丸在木叶的地位也可以算的上是一人之下万人之上的，所以说大蛇丸之所以会被列为木叶追杀肯定是他做了什么天怒人怨的事情。而大蛇丸在木叶做的唯一一个伤天害理的实验就是为了人造木遁忍者而在一百个婴儿的身上做实验了，木叶的高层之所以会追杀大蛇丸估计也是因为这个原因。但是实际上大蛇丸对于初代细胞并不是很感兴趣，对此感兴趣的人是团藏。
所以很可能事情的主谋应该是团藏，大蛇丸也是在团藏的授意下才会进行这个实验的。而且凭大蛇丸的能力也根本不可能找到一百个婴儿，但是团藏手下的根却是有这个能力的。团藏应该是授意大蛇丸了研究，在事情败露之后拿大蛇丸来当替罪羊，大蛇丸无奈之下也只能逃离木叶了。 大蛇丸对此的态度大蛇丸看似是想要报复木叶但是实际上大蛇丸对于木叶应该也还是有感情的，毕竟是自己出生长大的地方，所以说即使是在和砂忍村一起谋划的时候大蛇丸的真实目的也只是想要找三代要一个说法而已。
因此大蛇丸才会杀了风影，只要这样砂忍村才不会对木叶造成太大的破坏。而大蛇丸在和三代战斗的时候还特意让几个手下布置了四赤阳阵，就是为了防止其它人来打扰他和三代直接的战斗，这其实也是大蛇丸和过去的了断之战。对于木叶这个地方大蛇丸并不排斥，他真正想不通的应该是三代才对。本来十分疼爱自己的师傅为什么会派人追杀自己，其实三代也是迫不得已的，站在他的立场，有大蛇丸这样一个弟子应该也是十分头疼的话。
所以在无奈之下才会选择派自来也去抓捕大蛇丸。而且三代应该是知道木叶的生活并不适合大蛇丸，大蛇丸离开木叶的话反而会过的更好，所以三代对于大蛇丸还有良苦用心的。而团藏一直都是隐藏的最深的那个人，在大蛇丸来木叶闹事的时候团藏根本就没有出现。一方面团藏应该是想要坐山观虎斗，要是三代真的被大蛇丸打倒的话那他就可以光明正大的继承三代的位置了。
