最终，黄药师被玄冥子师徒，分被在前胸和后背，分别打了一掌，重伤而亡。杨迈此时只有十六余岁，又哪里是玄冥子师徒的对手，被二人擒住，逼问郭襄下落，杨迈只在五六岁时，见过郭襄两个月，又哪里知道郭襄到哪去了，玄冥子逼问了他半月有余，却什么也没问出来。又过了十余日，突然一个黄衫女子找上龙虎山来，玄冥子师徒一问，正是大侠郭靖的次女郭襄。
原来全真教掌教李志常死于鄱阳湖畔的消息，不久传遍江湖，郭襄此时正在嘉兴牛家村，听说之后，立刻立刻赶赴龙虎山。她到了龙虎山脚下才知道，自己的外公黄药师和师姐程英，俱已惨死在玄冥子师徒手上，心中悲痛异常，手提倚天剑，便上了龙虎山。此时郭襄早已经得到觉远禅师九阳神功，功力大进，玄冥子师徒虽然持有屠龙刀，却哪里是郭襄的对手，最终，玄冥子被郭襄一剑刺死，百损道人抱着屠龙刀逃走。
郭襄救了杨迈之后，带领杨迈将黄药师、程英、陆无双的尸骸，带回桃花岛安葬。杨迈不愿一个人独自居住在桃花岛，便只身漂泊江湖。十余年之后，在川西地区，杨迈追查百损道人和屠龙刀的过程中，遇到一名女子，名叫阳幼晴，也在追踪屠龙刀，二人一番交手之后，惺惺相惜，竟然结为情侣，一起闯荡江湖，后来杨迈才知道，这个阳幼晴，是江湖上魔教明教的人。
数年之后，阳幼晴带杨迈回到光明顶，见了自己的父母和哥哥阳顶天，阳顶天邀请杨迈加入明教。杨迈与阳幼晴结为夫妇之后，居住于昆仑山坐忘峰，并常常去中原追查百损道人和屠龙刀的下落。杨迈和阳幼晴成亲数年，才产下一个儿子，杨迈给他取名杨逍。等到杨逍十来岁这年，江湖上传言，百损道人出现于终南山，于是杨迈带着妻子阳幼晴，前去追踪百损道人，谁知百损道人武功大增，将杨迈夫妇打成重伤。
杨迈带着妻子回西域时，重伤不治而亡，阳幼晴传出明教的铁焰令，阳顶天带着杨逍来接阳幼晴，阳幼晴玄冥神掌发作，临死将杨逍托付给哥哥阳顶天，从此阳顶天便把杨逍带在身边。杨逍父母死前，他只跟父亲学了一点桃花岛的轻功和弹指神通功夫的皮毛，却也已经是江湖上的一流高手。八年之后，阳顶天当上明教教主，便让自己的外甥杨逍当上了明教的光明左使，并传授他乾坤大挪移。
《倚天屠龙记》中，明教教主阳顶天的身世有什么秘密？师承何人？
阳顶天原名杨破天，乃杨过与郭芙之子。阳顶天武学虽传承于杨过，但武功几乎达到当世无敌地步全凭波斯明教教主霍山，而其私生子杨思忘的后代便是，那一句“终南山后，活死人墓，神雕侠侣，绝迹江湖”有着令人无限遐想，风姿绰约，容貌极美的黄衫女。 第三次华山论剑，杨过以"西狂"之名，位列新五绝，之后与小龙女退隐江湖，归隐古墓。
不久长女杨瑶琴出生，杨瑶琴自幼聪慧通透，心如水晶，颇有几分其母小龙女当初的模样，深得杨过与小龙女喜爱。就在一家共享天伦之时，忽必烈率蒙古铁骑围困了襄阳。杨过号令百草仙、人厨子、圣因师太及凉州万兽山庄史家五兄弟等一干能人异士前去襄阳支援，自己也夜以继日随后赶到。郭靖夫妇深知襄阳城破乃迟早之事，于是与杨过、黄药师等人商议城破后的刀剑计划。
丐帮帮主耶律齐因与郭芙成婚十六年来一直未有子嗣，而唯恐耶律家族绝后，遂有了芥蒂之心。忽必烈得知耶律齐心中所想后，于是暗中许诺，如其率部投降，不仅给其父耶律楚才平反昭雪，还将公主下嫁于他，并会助其一统中原武林。就在倚天剑屠龙刀刚刚铸造完毕，耶律齐投降之事终于东窗事发，耶律齐偷袭郭靖使其受伤后，带领丐帮净衣派弟子，手持丐帮信物打狗棒出城降于蒙元。
不久蒙元铁骑开始攻城，襄阳太守吕文焕与其子贪生怕死，大开城门降元攻宋，致使郭靖夫妇与郭破虏以身殉国，屠龙刀遗失疆场，下落不明，郭襄因去川西求救援兵而躲过一劫，郭芙则被史家五兄弟拼死保护，杀出重围，为避开蒙元追兵，不得已将其带回万兽山庄，再做从长计议之打算。杨过在尸横遍地的战场上没有找到郭芙后，只得悻悻返回古墓。
耶律齐投降忽必烈后，忽必烈遵守其承诺，不仅给耶律楚才平了反，还将公主许配于他，并在汝阳王的帮助下，成功登顶武林盟主。为了打击中原反元势力，蒙元朝廷于是委派耶律齐招降、围剿各大武林门派，全真教首先俯首称臣，一些江湖中的散兵游勇见势不妙也纷纷归附朝廷。郭靖夫妇去世后，杨过已然成为武林中新的精神领袖，蒙元朝廷数次劝降其失败后，于是派耶律齐率众围剿古墓。
