结果，《九阴真经》被一个道士得到了。这个道士原姓王名喆，陕西咸阳人，道号王重阳。这个王喆在靖康之变后，组织领导了对女真人的反抗斗争。终因寡不敌众，抗金大业失败。心灰意冷的王喆在终南山建了一座“活死人墓”，意为灵魂已死，肉体还活着。王喆的女朋友林朝英本想把他从“活死人墓”骗出，和自己长相厮守，双宿双飞，阴差阳错，王喆反上了终南山出家当了道士，道号王重阳。
兼济天下的王重阳恐《九阴真经》继续引起武林争斗，于是向天下武林宣布，将在华山之巅举办“华山论剑”比武大会，技高者将获得《九阴真经》。整个天下武林马上沸腾了，众多高手蠢蠢欲动，但他们却不知真正的棋手是王重阳等五人，而其它人只是王重阳布局棋盘的棋子而已。东邪黄药师黄药师居住在东海一长满桃花的小岛上，其祖父曾是北宋朝廷大官，因受岳飞牵连，全家流放到了云南丽江。
性格叛逆的黄药师，在20岁时离开云南去了西夏，在西夏他偶遇到虚竹的传人，学到了部分失传的“逍遥派”武学。学成后的黄药师，游走于江湖之上，因其行事正中带有七分邪，邪中带有三分正，又居住在东海，故人称“东邪”。西毒欧阳锋欧阳锋是白驼山下一位牧民的二儿子。有一次他去青海星宿海放牧，无意间发现了一具化成骷髅的尸体，旁边还有一本封面为羊皮卷的书籍“五毒奇经”。
这本书乃是天龙时代绝顶高手丁春秋所著，因此他学到了“星宿派”的部分武学。等痴迷于武学的欧阳锋学成后回家后发现，他的恋人已经和他的哥哥结婚了，受到刺激的他性情大变，变得阴毒、邪恶。由于他居住在西域，善养毒蛇，行事又狠毒，故人称“西毒”。南帝段王爷段王爷本名段智兴，为大理国第九代皇帝。大理国本为南诏国领土，段氏祖先段思平，通过过人的武功和智慧与当地摆夷族人连姻，推翻了南诏统治者，并建立了大理国。
天龙时代的绝顶高手慕容博曾评价段思平所创的“六脉神剑”，为天下第一剑。天龙寺长老枯荣大师为了避免大理与吐蕃两国起冲突，焚毁了“六脉神剑”手稿。段智兴是天龙时代扛鼎高手段誉的后代，并将段氏“一阳指”修炼的出神入化。因其是大理国君，又世居滇南，故人称“南帝”。北丐洪七公洪七公为丐帮第十八代帮主。天龙时期的绝顶高手萧峰将降龙十八掌简化后，由虚竹代传于他 ，其修习的“降龙十八掌” “与打狗棒法”已达炉火纯青的地步。
丐帮由唐朝年间的大侠庄义方所创，到北宋时已成为天下第一大帮，由于丐帮帮助大宋抵抗辽、西夏、女真声名日渐兴盛。洪七公作为丐帮的帮主，又长期活动在长江以北，故人称“北丐”。四人去华山的途中，顺路轻松消灭了，一些想参加华山论剑的江湖人士和门派。他们到达华山后，王重阳等五人在华山之巅比了七天七夜。四人各有胜场，不分伯仲。
南帝的指法隐克西毒，北丐内力略胜南帝，东邪的招式却在北丐之上，西毒的劲道要强于东邪。四人和王重阳的比拼中，王重阳不管是实战还是武学理论，以压倒性的胜利赢得了比赛。于是，九阴真经和天下第一的名号就归王重阳所有。自此，华山论剑就奠定了射雕时代的江湖格局，武侠史上第二个黄金时代也由此拉开了序幕。王重阳在研习九阴真经的突破了自身的武学瓶颈，也从理论上破解了前女友林朝英玉女心经的武学体系。
于是回到活死人墓，在林朝英的石棺上刻下了：“玉女心经，技压全真，重阳一生，不弱于人”字样。就在他回到重阳宫的当晚，猛然领悟到林朝英所创的玉女心经并非克制他的武功，而是为了弥补他的不足之处。王重阳这才明白了林朝英的苦心，大病一场。他也觉得自己将不久人世，便开始考虑自己死后江湖的稳定及九阴真经的安全。想来思去，发现只有西毒对九阴真经虎视眈眈，又想到段王爷的一阳指能克制西毒的蛤蟆功。
于是领着周伯通去了大理。王重阳用先天功与段王爷的一阳指交换后，然后假死。欧阳锋到灵堂准备抢夺九阴真经，结果王重阳从棺材中跃起用一阳指废了西毒的蛤蟆功。受伤后的西毒逃回了西域白驼山，二十年未踏入中原一步，同时也意识到想二论华山夺得九阴真经，段王爷是最大的障碍。同样想到这个问题的还有裘千仞，这也就是为何他会袭击周伯通和瑛姑私生子的原因。
王重阳死后，全真教凭借王重阳的威名，迅速成为天下第一大派，声名高于同期的少林。一次，丘处机在江南临安府牛家村杀了王道乾后，结交了梁山好汉的后人郭啸天、杨铁心，但给二人引来了杀身之祸，为解救郭杨二人的遗孀，与江南七怪产生了误会，并引出了十八年后双方徒弟在醉仙楼比武的赌局。南宋初年江湖之中射雕英雄传的故事也由此正式拉开了大幕！。
