主要原因有二：一：当时绿林军内部有平林兵、下江兵、新市兵，舂陵兵4个派系。刘秀兄弟是舂陵兵的首领，与其他派系的首领不和，自然不会得到他们支持。二：其他绿林军首领喜欢放纵，忌惮威严贤明的刘秀大哥，而贪图刘玄的懦弱，所以他们决定立刘玄为帝。此事详情如下：一、刘秀大哥与绿林军将领不和1.刘秀兄弟起义西汉末年，王莽篡汉，建立新朝。
王莽对社会进行了复古改革，使社会矛盾更加激烈，农民起义的烽火燃遍九州。其中，绿林军，赤眉军是两支势力最大的农民起义军。南阳郡的刘縯、刘秀兄弟是汉室宗亲，不过当时他们家族已经没落了。刘秀的哥哥刘縯性情刚毅，慷慨大方，心怀大志，他想要恢复刘汉天下，于是散尽家财，结交结天下英雄豪杰，图谋大业。刘縯、刘秀兄弟召集宗族以及郡中豪杰聚兵起义。
刘秀家族早前从舂陵郡迁徙到了南阳郡，所以他们的队伍被称为舂陵兵。2.绿林军内部派系新市人王匡、王凤不满王莽政权，也兴兵起义，他们时常隐蔽在绿林山中，所以被称为“绿林军”。后来一场瘟疫，5万绿林军死伤近半，于是他们离开绿林山，另谋出路。王常、成丹西入南郡，称为下江兵；王匡、王凤、马武以及支部朱鲔、张卬等北入南阳，称为新市兵。
平林人陈牧、廖湛聚众千余人，称为平林兵，响应王匡军队。刘縯觉得单凭自己的力量无法抵抗王莽的军队，更不用说推翻王莽了，于是决定加入绿林军。其实当初绿林军离开绿林山后，就应该称为绿林联军了。后来的平林兵首领陈牧、廖湛和舂陵兵首领刘縯兄弟都没有在绿林山呆过，自然亲疏有别。王匡、王凤资格最老，名义上是绿林军共同的领袖，但他俩也只能直接指挥自己的新市兵，根本指挥不了其他派系的士兵。
3.刘縯与绿林军其他派系将领不和绿林军中主要有新市兵、下江兵、平林兵、舂陵兵四个派系，但矛盾主要在舂陵兵和其他三个派系之间。为什么刘縯与绿林军其他派系将领不和呢？主要是因为舂陵兵和其他派系士兵的组成成分不同。舂陵兵将士主要由刘縯兄弟宗族子弟、南阳郡豪杰以及士族子弟组成的，他们的文化素质较高，有着推翻王莽建立新时代的信仰。
而其他三派的将士都是文化水平较低的农民，为了混口饭吃才起兵造反的，没有理想，只知道抢钱抢美女。道不同，不相为谋，这就造成了双方面和心不和的局面。4.选立刘姓皇帝绿林联军有内部矛盾，虽然共同的目标都是攻打王莽，但无法协同作战，甚至为战利品的分配问题而大打出手。所以，绿林联军需要选出一个共同的首领，统一指挥，让大家团结一致的对付外敌。
当时人心思汉，为了满足众人的心愿，凝聚力量，所以诸位将军开会商议，决定从刘姓宗室中选出一人做皇帝。二、绿林军忌惮刘縯威严贤明，贪图刘玄软弱1.刘縯在天下有极高威望刘縯贤明英武，善于智谋，屡次大破莽兵，功劳卓著。王莽十分忌惮刘縯，下诏求购刘演的人头，能成事者，封赏食邑五万户，黄金十万斤，官列三公之首。当初新市兵、平林兵、舂陵兵组成的绿林联军被王莽打败，平林兵、舂陵兵都想解散而去。
刘縯听说王常的下江兵在附近，就去见王常，说明联合的好处。王常大悟，说：“王莽篡汉弑君，残暴无道，人民思汉，所以豪杰并起。现在刘氏复兴，就是真主。我真想为此献身，辅助刘氏成就帝业。”刘縯说：“如果事成，我岂敢独享尊荣！”于是与王常深深结交。刘縯不仅在绿林军中威望极高，在天下也享有盛名，很得民心。当初绿林军攻打某城，久攻不下。
该城长官说：“我只要得到刘縯将军的劝降信，我就投降。”其后刘縯来到，那人献城投降。南阳郡的诸多豪杰士大夫、以及绿林军下江兵的首领王常，推举刘縯当皇帝。2.刘玄的简介刘玄也是汉室宗亲，正好是刘秀的族兄。西汉末年，刘玄的家族和很多汉室宗族一样，已经没落了。刘玄曾经犯过罪，他假装已死，因此就逃亡在外。后来刘玄投奔了平林兵，在首领陈牧帐下任职。
其他派系的将领没有姓刘的，于是从军中士兵搜寻，正好找到了刘玄，于是打算推举刘玄为皇帝。史书说刘玄性情胆小懦弱，但后来刘玄杀刘縯，除掉绿林军各首领，足以证明他是扮猪吃虎。新市兵、平林兵将领贪图享乐，忌惮威严贤明的刘縯，所以坚决立懦弱的刘玄为皇帝。3.皇位之争当时双方为了选皇帝，激烈争吵，互不相让。新市兵、平林兵已经做了决定，立刘玄为帝，然后再派人召来刘縯说明情况。
