但在一战中，埃塞俄比亚新皇帝伊亚苏五世推翻了他的前任梅内利克二世的亲英政策，并向索马里兰军队提供武器和财政援助。1916年至1917年，作为同盟国的德国派遣埃米尔·基尔希在塔莱提供军事援助，协助索马里兰部队，并鼓励埃塞俄比亚援助索马里兰，同时承诺承认他们中任何一方取得的任何领土利益。奥斯曼帝国于1917年致函哈桑，向他保证给予支持，并将他称为“索马里民族的埃米尔”。
在哈桑权力鼎盛时期，哈桑率领6000名士兵，到了1918年11月，在索马里兰的英国殖民政府花费了全部预算试图将其发展势头遏制。1920年2月，在英军的空袭行动之后，哈桑的部队被消灭。此后几十年里，随着英国在索马里兰的基础设施支出的改善，和实施一套更加温和的殖民政策后，让索马里兰只爆发小规模的暴动。直到二战的东非战役中，索马里兰于1940年8月被意大利占领，但在1941年夏天被英国人夺回。
一些意大利游击队战斗一直持续到1942年。征服英属索马里兰是意大利在二战中在没有德军的配合唯一战胜盟军的胜利。二战结束后，民族独立解放运动此起彼伏，英国也抵挡不住这股浪潮。1960年5月，英国政府表示它将准备给予当时的英属索马里兰独立，目的是使该领土与意大利管理的索马里托管领土合并。这两个领土的立法委员会，在摩加迪沙举行联席会议后同意了这一提议。
1960年6月26日，前英属索马里兰短暂获得独立，成为索马里兰国，五天后，意属索马里托管领土也紧随其后。在其短暂的独立期间，索马里兰国获得了35个主权国家的承认。第二天，1960年6月27日，新召开的索马里兰立法议会批准了一项法案，正式允许两者于1960年7月1日合并，组成索马里共和国。受索马里民族主义的萌芽，索马里兰北方人最初对联盟充满热情。
1961年7月20日，通过全民公投，索马里人民批准了1960年首次起草的新宪法。该宪法在索马里兰没有得到多少支持，人们认为它有利于南部。许多北方人抵制公投以示抗议，超过60%的北方选民反对新宪法。不管怎样，公投通过了，索马里兰很快就被南方人控制了。结果，不满情绪在北方蔓延开来，对工会的支持率直线下降。
1961年12月，受过英军训练的索马里兰军官试图发动起义，以结束统一。但是他们的起义失败了，索马里兰在接下来的几十年里继续被索马里南方边缘化。1967年，穆罕默德·哈吉·易卜拉欣·埃加尔出任总理，总统谢尔马克任命他担任这一职务。两年后，谢尔马克被自己的一名保镖暗杀，1969年10月21日（他葬礼的第二天），索马里军队在没有遭遇武装反对派的情况下夺取了政权，随后很快发生了军事政变。
这次政变由当时指挥军队的少将穆罕默德·西亚德·巴雷领导，新政权将继续统治索马里22年。（穆罕默德·西亚德·巴雷）巴雷政府的道德权威逐渐被削弱，许多索马里人对军政府统治的生活失去了希望。到20世纪80年代中期，埃塞俄比亚的德尔格政府支持的索马里抵抗运动在全国兴起。巴雷的回应是下令对那些他认为是当地支持游击队的人采取惩罚措施，特别是在北部地区。
镇压行动包括轰炸城市。1988年，索马里民族运动（SNM）的大本营哈尔格萨西北行政中心也在目标地区之列。这次轰炸是由巴雷的女婿穆罕默德·赛义德·赫西·摩根将军领导的。巴雷政权对以哈尔格萨为基础的索马里民族运动的镇压针对的是伊萨克（Isaaq）部族，而该部落是SNM的大多数成员。他们把取缔行动称为伊萨克种族灭绝或哈尔格萨大屠杀。
联合国的一项调查得出结论，种族灭绝罪是“巴雷政府对伊萨克部落策划和实施的”。平民伤亡人数估计在5万至100人之间，另根据各种消息来源，一些报告估计平民死亡总数超过20万名伊萨克平民。（伊萨克部族）随着死亡人数的增加，巴雷政权分别轰炸和夷平了索马里第二和第三大城市哈尔格萨和布劳，估计有40万当地居民流离失所到埃塞俄比亚的哈塔什伊赫，还有40万人在索马里国内流离失所。
巴雷政权针对SNM的反叛活动，升级为针对伊萨克部族的种族灭绝袭击。这导致了索马里陷入无政府状态和各自为政的民兵的暴力活动，这些民兵随后在地方一级夺取了政权。巴雷政权的迫害不仅限于伊萨克人，因为它针对的是其他部族，如哈维族。巴雷政权于1991年1月垮台。此后，随着索马里兰政治局势稳定，流离失所者返回家园，民兵复员或编入军队，成千上万的房屋和企业从废墟中重建。
