十五日，朱翊钧诏令户、兵二部安抚灾民，严格保甲制度。当月，淇县贼人王安聚众打劫，被剿平。九月初一，王家屏因父丧去职。二十四日，中止行刑。二十八日，朝廷下发帑并派官吏赈济河南、山东、直隶、陕西、辽东、淮、凤灾害。 冬十月初五，礼部主事卢洪春上疏奏请谨慎对待弊端，被施杖刑后削去官籍。十一月十三日，在京城南郊祭祀上天。
这一年，有土鲁番前来朝贡。 万历十五年(1587)春正月初三，分发国库所藏的金帛以赈济山西、陕西、河南、山东各地宗室。三月二十六日，乞庆哈之子扯力克世袭顺义王之封号。 夏四月，京师大旱，瘟疫流行。六月初十，禁令廷臣奢侈。当月，京师连降大雨，朝廷赈济抚恤贫民百姓。 秋七月，江北发生蝗灾，江南发生水灾，山西、陕西、河南、山东又发生旱灾，黄河也在开封决口，朝廷分别给予减免赋税和赈济。
八月初三，朱翊钧以频繁发生灾害为由，命各抚、按官员力惩贪官，清理冤案，减免赋税，赈济抚恤百姓。九月初一，应有日食，但因阴云遮掩而不能看见。初三，中止行刑。 冬十月初五，大学士申时行奏请皇帝批示转发留在宫禁中的各种奏章。十一月初三，郧阳发生士卒喧乱，巡抚都御史李材被撤职。这一年，有哈密、琉球、乌斯藏前来朝贡。
万历十六年(1588)春三月初十，朱翊钧下诏修改《景皇帝实录》，删去成阝戾王之封号，后来没有实行。山西、陕西、河南及南畿、浙江同时发生饥荒和瘟疫。 夏四月，赈济江北、大名、开封各府饥荒。五月，四川建昌番作乱，被讨伐平定。二十三日，朱翊钧以仓储军械被焚和各省灾伤为由，命内外官员修身反省。六月初八，京师发生地震。
十二日，因灾害而停止和减少苏、杭织造。 秋七月初四，免除山东受灾之地的夏粮赋税。十九日，制订考察边疆官员政绩的方法。八月十四日，朱翊钧诏令从太仓取银二十万两充作阅陵的犒赏费用。九月初九，中止行刑。初十，朱翊钧到天寿山视察寿宫。十四日，在石景山停留观看浑河。十五日回宫。二十日，甘肃发生兵变，巡抚都御史曹子登被罢免。
当月，青海部长他不囊进犯西宁，杀害其副将李魁。冬十一月十二日，禁止空泛、冗长之奏章。这一年有乌斯藏前来朝贡。 万历十七年(1589)春正月初一，有日食。初九，太湖、宿、松一带有刘汝国等贼寇作乱，安庆指挥陈越率兵讨伐，战死。二月十九日，吴松指挥陈懋功讨伐并平定乱贼。三月初九，被罢免和升迁的官员上朝面谢。
从此以后皇帝临御逐渐减少。十六日，云南永昌发生兵变。十八日，赐焦..等人以进士及第和其他不同出身。 夏四月二十三日，王家屏重新入阁。始兴妖僧李圆朗作乱，进犯南雄，被有司率兵讨伐并斩死。六月初九，浙江发生风灾，海潮泛滥。十四日，永昌叛军被平定。三十日，南畿、浙江大旱，太湖干涸，拨国库银四十万两予以赈济。
秋八月二十七日，严申匿名揭发禁令。 冬十月初九，中止行刑。二十九日，完成黄河决口筑堤工程。十二月十六日，朱翊钧告诫各位官员遇事不要争强好胜。这一年，安南、乌斯藏曾来进贡。 万历十八年(1590)春正月初一，朱翊钧召见大学士申时行等人于毓德宫，并引皇长子前来相见。 夏四月十三日，赈济湖广饥荒。
六月初九，免京畿受灾地区的夏粮赋税。十四日，青海部长火落赤进犯洮州，副总兵李联芳战败死去。十五日，更改宗藩先例，对无封爵者听其自便。 秋七月初一，有日食。二十六日，朱翊钧召见内阁大臣商议边防大事，同时要他们举荐将材。三十日，兵部尚书郑雒经略陕西四镇及山西、宣、大边务。当月，火落赤再次进犯河州、临洮，总兵官刘承嗣战败。
八月初四，停止扯力克互市及对其的赏赐。 冬十月初十，赈济临洮遭受战乱的军队和百姓。十二月十六日，朱翊钧派遣朝廷大臣九人视察边防。这一年有安南前来朝贡。 万历十九年(1591)春正月，缅甸攻占永昌、腾越。二月十八日，总兵官尤继先在莽剌川打败火落赤余众。闰三月十二日，朱翊钧以出现彗星为由，命群臣修身反省。
十四日，责备给事中、御史擅进讥讽皇帝之言，罚减其官俸一年。 夏四月初一，祭祀太庙。此后，庙中祭祀都遣人代替。五月十八日，四川四哨番作乱，巡抚都御史李尚思讨伐平定叛乱。六月十九日，王锡爵归乡探亲。 秋七月二十日，朱翊钧告诫廷臣：因国事纷纭，使得大臣争相请求辞官还乡，以后有肆行诬蔑的人要从重治罪。八月初五，免除河南受灾地方的田租。
