临死前，他在自己的衣袍上写道："朕自登基十七年，虽朕薄德匪躬，上干天怒，然皆诸臣误朕，致逆贼直逼京师。朕死，无面目见祖宗于地下，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人。"大致意思就是说，他登基17年，虽然自己兢兢业业，勤于政事，然而国运至此，这一切都是奸臣误国，导致最后奸贼攻入京师，自己无颜面对地下祖宗，所以自己脱掉衣冠，以发遮面，任凭奸贼处置我的遗体，但请不要伤害百姓。
崇祯皇帝吊死后，李自成的大顺军在三月十九日清晨进入北京城内，两天后，崇祯与王承恩的遗体被发现。李自成下令用几块破门板将崇祯的尸骨拉到了宫门外，随后，“盛柳棺”，也就是说用了几块柳树板搞了口薄木棺材，将崇祯和周皇后的棺木放置在东华门外，搭盖了临时灵棚，供百官祭拜。1、明朝大臣李国桢向李自成提出让崇祯帝入葬的要求，李自成这才下令葬了他。
停灵期间，明遗臣和京城百姓听说后都纷纷前去观看，他们看见崇祯的尸身以发覆面，穿着内衣裤，一只脚赤足，一只脚穿着袜子，情状及其凄惨，但始终都没有人敢去为崇祯料理后事。在这些看“热闹”的前明官员里，只有襄城伯李国桢“泥首去帻，踉跄奔赴，跪梓宫前大哭”。农民军见状就抓着他去见李自成，李国桢“以头触阶，血流被面”。
李自成被李国桢的忠贞所感动，想要说服李国桢投降，李国桢同意了，但他提出了三个条件：一是明代帝王陵寝不能发掘破坏；二是用天子礼葬崇祯皇帝；三是不能加害太子及二王，李自全都一一答应。但李自成在安葬崇祯的问题上，却遇见两个难题，一没钱，二没“宝地”。由于当时连年战乱，国库空虚，他很难体面地埋葬崇祯；而且崇祯帝生前并没有为自己俢建陵园，他也没有钱去为崇祯修建一座陵墓。
思来想去后，李自成总算找到了一块 “宝地”，那就是将崇祯帝安葬在昌平鹿马山的田贵妃的墓中。昌平鹿马山是明朝帝陵所在地，这里先前已经埋着十二位明朝皇帝，所以后来被称为明十三陵。田贵妃是崇祯帝的宠妃，死于崇祯十五年七月十五日，她的坟园建筑是由工部侍郎陈必谦负责营建，明朝灭亡时，当时的地面建筑尚未完成。李自成还算厚道，他命令属下将崇祯帝的梓宫刷上红漆，把一同上吊自杀的周皇后的棺材涂成黑色，还为崇祯皇帝换上翼善冠、衮玉及渗金靴。
将帝后入殓之后，李自成又开始着手安排埋葬崇祯帝下葬的事情，他下令以“帝王礼，王礼祭”安葬崇祯。因此李自成愿意为崇祯皇帝下葬，这和忠臣李国桢有着直接关系，同时也说明李自成是一位有情义的汉子。2、崇祯帝入葬是昌平地方官赵一桂和地方乡绅出钱，按照李自成的指示做的。他把崇祯帝入葬的这件事情交待给昌平官府去办，并指示昌平州官员，速动用官银雇人打开田贵妃的墓门，将崇祯与皇后合葬于此。
说起来李自成也十分不容易，他虽做了指示却无银子可拨。当时埋葬崇祯的全部费用都是由省祭官署昌平州吏目赵一桂通过募捐的形式得来，因为昌平州银库一贫如洗，无钱雇人。赵一桂联系了当地的一些富贵人家，并成功说服他们捐款，共筹得233两银子，最终崇祯皇帝才得以入土为安。下葬是在四月初三，因为买不起椁，负责监葬的大顺礼主事许作梅临时决定把田贵妃的棺材从原来的木椁中取出，移到石床右侧，将周皇后的棺放在石床左侧，最后将崇祯帝的棺木放入田妃椁中，停放在石床正中位置。
棺椁之前各设香案祭器，点起万年灯，遂将两座石门关闭，将隧道填平。初六，赵一桂和孙繁祉又捐了五两银子，买来砖头在冢的四周修筑了一道五尺高的围墙，这一场丧事就算结束，崇祯也成了中国历史上唯一一个葬入妃陵的皇帝。3、崇祯帝的陵墓是由清朝多尔衮和顺治俢建满清进入北京城之后，也就是崇祯入葬一个多月以后，尔衮和顺治并没有糟践崇祯，相反做的还比较到位，他们将这座葬有崇祯帝后的妃子坟命名为“思陵”，还重修了崇祯墓。
他们先挖出崇祯和周皇后，然后用皇帝的礼仪进行重新安葬，谥号是“庄烈愍皇帝”，令臣民着丧服3天，并营建了地上园寝建筑。乾隆年间，清政府对明十三陵进行了修缮，扩建了司陵的湘殿、北亭等地面建筑，使其与其他墓葬没有太大区别。同时也安排保管陵墓的太监负责日常维护。总之，不管清朝是收买人心也好，还是以礼相待也好，都算给了崇祯皇帝基本的尊严，维护了一个帝王最后的体面。
