此后，孟加拉语的官方地位问题，成了东西巴间长期悬而不决的议题。1952年1月，巴基斯坦政府不顾全国只有4%的人母语是乌尔都语的事实，将乌尔都语定为全国唯一官方语言，此举极大激化了民族矛盾，东巴首府达卡随即掀起大规模学生抗议和罢工活动。2月21日，达卡警方开枪打死数十名学生和游行民众，激起孟加拉人更多反抗。
直到1955年，中央政府同意将孟加拉语与乌尔都语共同作为官方语言，东西巴的语言之争方才暂时告以段落。孟加拉语的官方地位问题，看起来像是东西巴的文化之争，其实深层次的看是东西巴在争夺政治资源，因为如果承认孟加拉语为巴官方语言，将会增加孟加拉人在政府机构和经济资源中的人数和势力。反之，则受过教育的孟加拉人就很难进入政府公务员序列。
应该说如此相隔遥远的两个地域，如何平衡二者之间的利益诉求是个考验领袖政治能力的问题。但可惜，西巴的政治豪门都不愿意摊薄自己手中的权利，而给西巴与之相应的政治地位。这导致，孟加拉精英认为自己被排除在国家权力之外，在军队中更是无足轻重，对中央政府怨气不断积聚。孟加拉国父谢赫·穆吉布·拉赫曼1954年，东巴、西巴围绕黄麻之争矛盾更加尖锐。
黄麻主要在东巴生产，但收益多被中央政府收走，用于西巴的工业发展和军队装备上。独立最初的十年，巴基斯坦三分之二的政府资金用于西巴。自1947至1960年，62%的外来发展援助和贷款被投入西巴，只有17%给了东巴。巴基斯坦独立之初，穆斯林联盟在西巴、东巴都占统治地位。但随着东巴民众对中央的不满日益增长，穆斯林联盟失去执政地位。
1954年3月，东巴举行省议会选举，穆斯林联盟被孟加拉几个民族主义政党组成的联合阵线击败。从此后，穆斯林联盟只局限在西巴之内，孟加拉政党也只能在东巴生存，在西巴没有支持基础。联合阵线上台后立即向中央提出分权诉求：除外交、国防外，其他事务都归省政府管理，这就是著名的谢赫·拉赫曼“六点方案。这一诉求得到了东巴基斯坦民众的广泛支持，凭借民众人数上的优势，以拉赫曼为首的人民联盟在1970年大选中大获全胜。
在巴基斯坦国民议会的300个一般席位中，人民联盟获得了160席，几乎囊括了分给东巴的162个席位，一跃成为议会中的多数党。而西巴的人民党则成为国会中的第一大反对党，但人民联盟在西巴却未能取得一个席位；同样人民党在东巴也未获得一席之地。孟加拉独立运动纪念碑国家分化到了这个地步，想要再次弥合几乎是不可能的，巴基斯坦政府下令解散了国民议会。
这引起了东巴人民的愤慨，巴基斯坦军队进行血腥镇压，逮捕了穆吉布·拉赫曼，并把他投入监狱。东巴基斯坦人民立即以普遍的起义作为回答，从此开始长达 9个月的内战，孟加拉国称之为“孟加拉解放战争”。巴基斯坦军队和解放军（绝大部分是孟加拉共产党人）之间的战斗，导致30万人丧生，上千万人逃至印度阿萨姆邦及西孟加拉邦。
上个月印度阿萨姆邦清查居民户籍，导致数百万印度人成了非法移民。这些所谓的非法移民，其实就是1971年内战期间逃入印度的孟加拉人。东巴的乱局给了印度可乘之机，当然东巴内乱本身，也时时处处都有印度暗中支持的影子。但无论如何，东西巴之间巨大的裂隙，给了印度上下其手的机会。1971年11月21日，得到苏联支持的印军开始向巴基斯坦发起小规模边境进攻。
12月3日下午，巴基斯坦向印军展开反击。得到消息后，印度总理英·甘地夫人兴高采烈地向全国宣布：“孟加拉的战争已经变成对印度的战争了。”至此，第三次印巴战争全面爆发了。印海军航母“维克兰特”号印度海军迅速以优势兵力，成功的轰炸了东西巴的港口，切断了西巴与东巴的海上联系以及后勤补给线，使得东巴守军成为孤军。
印度陆军则从西、西北、东北、东四个方向全面进入东巴，在孟加拉解放军的配合下，迅速瓦解了巴基斯坦军队的防守。12月16日，达卡巴军在孤立无援，欲战不能，欲退不得的绝境下，向印军投降，第三次印巴战争以印度全胜告终。同一天，宣布独立的孟加拉国诞生，穆吉布·拉赫曼为第一任总统，巴基斯坦被迫承认孟加拉国独立。有意思的是，孟加拉国独立时，其第一任总统，“国父”穆吉布·拉赫曼还被关押在巴基斯坦。
直到1972年，巴基斯坦总统佐勒菲卡尔·阿里·布托（贝·布托的父亲）才释放了拉赫曼，并让其回国就职。纵观孟加拉国独立的过程，东西巴之间深刻的政治、经济、文化矛盾，是孟加拉国独立的根本原因。第三次印巴战争，不过是印度利用了东西巴裂隙。虽然我们和巴基斯坦关系好，但也不能让三哥把所有的锅都背上。只能说，巴基斯坦这个有缝的蛋，被印度这只苍蝇盯上了而已。
