杜根总统立刻下令对心灵控制器展开空袭。但是所有AV-8B攻击机被击落，虽然其中一架撞入恶魔岛的核反应堆，造成设备缺电而不能启动。尽管如此，尤里启动了他的另外两个心灵控制器（分为埃及大金字塔附近和南极），地球上的大多人口迅速被尤里心灵控制了。苏联剧情苏联领导层发现盟军计划回到过去，他们意识到，如果他们能在旧金山夺取盟军的时间机器，苏联可能重新取得优势。
苏军进入旧金山并设法夺取时间机器。但是时间机器没有足够的电力，因此将军（代表苏联指挥官，玩家）必须夺取四个发电厂（另外，尤里部队也再争夺发电厂并启动心灵控制器）。苏联控制了足够的发电厂之后，将军因为误操作而回到恐龙时期。 将军必须从霸王龙的攻击中保卫时间机器。安全的回到正确的过去之后，顺利的找到占据旧金山的苏军基地并成功摧毁了心灵控制器。
苏军从未来把特殊文件带回到莫斯科通知苏联领导，苏联怎样输掉战争和尤里带来的威胁。 洛马诺夫总理命令将军去德国黑森林毁坏爱因斯坦的实验室和超时空传送仪的原型机（盟军关卡立场逆转）。将军及时地毁坏这个潜在的威胁，导致盟军在原先时间线中突袭莫斯科逼降苏联的计划告吹，双方被迫议和。尤里在英国伦敦建造了一个心灵信标，能心灵控制整个城市，并且那里的盟军部队被尤里控制了。
将军前往伦敦解救盟军部队。但是尤里在伦敦还建立了一个基地和心灵控制器，不过苏联和盟军很快联手毁坏尤里的基地和军队。在这次胜利以后，出访的洛马诺夫总理的飞机被击落在摩洛哥卡萨布兰卡。 在尤里赶到之前，将军被派遣到卡萨布兰卡建立基地和抢救洛马诺夫。洛马诺夫在卡萨布兰卡唯一的机场登机回莫斯科。根据情报，将军被派到了太平洋上一个未知的海岛，尤里在此设了一个大型基地和建立了一大队雷鸣潜舰。
在登上海岛以后，将军毁坏尤里的大型基地和所有他的残存部队。在战斗结束之后，在海岛上发现有火箭发射设施和一枚目的地是月球的火箭。苏联使用这种火箭，带领将军到月球，并毁坏尤里月球上的基地和指挥中心。尤里最终逃到在他的罗马尼亚祖籍地的一座城堡避难。洛马诺夫命令将军对尤里的藏身处展开攻击，将军发现尤里在该地建立了二个心灵信标，他使用被心灵控制的盟军和苏联军队攻击将军。
将军建立了基地并且发动对尤里军队的一次大型攻击。将军顺利地破坏城堡。（如果难度中等以上，被控制的盟军和苏联军队会建造天气控制器和核弹发射井，尤里军队也建造了基因突变器和心灵控制器）然而，尤里本人夺取了时间机器和并打算回到过去，东山再起。苏军特工事先改变了时间机器的目的地并释放机器所有的能源存量。尤里被困于恐龙时期，而且影片中暗示他被暴龙吃掉了。
苏联控制了全世界，代表资本主义的股市也被取消，并开始全力发展太空技术，借此扩展共产主义到外太空……盟军剧情盟军的故事，从指挥官（玩家）被送到旧金山而开始，保护爱因斯坦的时间机器，盟军计划使用时间机器回到战争初期以摧毁尤里的心灵控制器。但是时间机器没有足够的电力启动，因此指挥官必须在城内占领发电厂。指挥官最后占领了足够的发电厂，尤里则直接叫出工程师将核反应堆修好准备启动心灵控制器，及时回到过去，但是指挥官到达的是在苏军攻势下的旧金山。
尽管如此，盟军成功地在恶魔岛破坏了心灵控制器。因为这次时间旅行，苏军和尤里的计划被打乱。被炸死的卡维利将军安全无恙的存在。指挥官被派往被尤里控制的洛杉矶。盟军情报显示尤里不仅心灵控制了大部分市民，而且建造了几座部队回收厂，这种装置可以破坏一切物品，并转化为原料，以变成尤里的战争资金。其后，城市里的部队回收厂和其余的尤里军队都被击破，洛杉矶被解放了。
损失惨重的尤里被迫在西雅图寻找新的收入来源，他以核武器将西雅图夷为平地作要胁，强迫巨软公司及其CEO宾尔（映射比尔·盖茨和微软公司）提供资金和研发基因软件。在接受宾尔的请求以后，卡维利将军命令指挥官解放西雅图。盟军迅速毁坏了该处的核弹发射井，解放了西雅图。巨软公司的CEO其后捐赠了一笔资金，对盟军的努力作为感谢。
解放了西雅图后，尤里俘获了爱因斯坦教授，迫令他在埃及大金字塔附近的尤里基地对心灵控制器进行改进。指挥官迅速前往埃及解救了爱因斯坦，并毁坏尤里的心灵控制器和基地。（如果只解救爱因斯坦没有摧毁心灵控制器，爱因斯坦通报他入侵了心灵控制器，只能使用一次之后过一段时间会自动炸毁）尤里其后计划绑架世界主要国家的领导人和用对尤里忠诚的克隆人替换他们。
