因此在这一版设定里，假如练就《九阴真经》的高手，遇到“九阳神功”大成之人，即便是练就大成功法，但由于“九阳”克制“九阴”，“九阴”高手也是必败无疑。达摩祖师之所以将《九阴》和《九阳》分开，还有两个可能。第一个可能是《九阴真经》先创出，但这部典籍汇集了达摩祖师的一身高深武功，他担心日后练成他的这些武功之人，不作善用作恶多端，世间恐怕难有克制之法，有鉴于此因而达摩祖师又创出了《九阳真经》，用以克制“九阴”。
第二个可能是这两部宝典是一起创出的，一部讲招数，一部讲内功，但达摩祖师同样担心，日后将他所创这内外功法练至大成之人，无疑将是天下无敌的高手，倘若这样的人为恶，那将是人间的大劫难，因而达摩祖师才让这两部宝典分开，如此一来，即便练成《九阴真经》武功之人为恶，世间也尚有克制“九阴”的《九阳真经》所在。而能练就“九阳神功”大成之人，一身刚阳正气，自不会堕入邪魔妖道，为恶世间。
无论是哪种可能，《九阳真经》都是作为克制《九阴真经》功法之法门而存在。修订版系列小说中的《九阴》和《九阳》，并驾齐驱。不过，连载版三部曲小说完结之后，有读者反映，《九阴》《九阳》为达摩祖师所创，但达摩祖师毕竟是西来之人，那等于是说泱泱中华的武功，完全比不上西传之法。有鉴于此，金庸先生在修订版小说三部曲系列里（也就是我们现在所说的三联版），修改了原来的设定，将《九阴真经》改为黄裳所创，至于《九阳真经》是否为达摩祖师所创却存疑，因为《九阳真经》乃是附在达摩祖师所书写的《楞严经》行缝之间，用蝇头小楷所写的中国文字，达摩祖师不一定会这么做，因而很有可能是少林寺的高僧仿借达摩之手所创。
不过这样一来，也让这两部宝典失去了关联，而且《九阴真经》不再是偏重招式，而是分有内功和外功上下两卷的集成典籍。这两部典籍各带武学体系，练成《九阴真经》，贯通武理，能够破尽天下武学，而练就“九阳神功”大成之人，武理自通，能看出天下任何武学的招数套路和破绽，天下任何外功皆附拾可用。这两部典籍的内功，“九阴神功”偏重阴柔，而“九阳神功”则是至刚至阳。
这两部根柢相反，路子截然不同的内功心法，练至大成，按照三联版小说中张无忌的话，那便是“并驾齐驱，各擅胜场”。张无忌隐隐觉得她体内阴劲此时虽然尚弱，但日后成就，委实是非同小可，赞道：“芷若，尊师灭绝师太真是一代人杰。她传给你的内功，法门高深之至，此刻我已觉得出来。你依此用功，日后或可和我的九阳神功并驾齐驱，各擅胜场。
”三联版《倚天屠龙记•第三十一章》因此，按照这一版的设定，“九阴”和“九阳”，虽是一阴一阳两个极端的两种内功，“九阳神功”的至阳真气也会专克阴寒之功，就像张无忌破了成昆的“幻阴指”和玄冥二老的“玄冥神掌”那样，但是假如将“九阴神功”练至大成之人与同样练就大成“九阳神功”之人交手，就像郭靖对阵张无忌，那是很难能说出有胜负之分的。
而至于周芷若所练《九阴真经》的内功，被张无忌所的九阳真气所抵消掉这件事，乃是因为周芷若的内功根柢不牢。她所修练的时日短浅，那一点内力，才会被张无忌霸道的九阳真气，在驱除“玄冥寒毒”之时，一并给抵消掉了，这点小说也是说得清楚，“均是内力强弱有别之故”。而这一节按照新修版小说的设定就更能说得清楚了。新修版系列小说中的《九阴》和《九阳》，一同代表着武学的最高境界。
新修版三部曲系列小说中，《九阴》《九阳》再次恢复关联。《九阴真经》沿用黄裳所创的设定，而《九阳真经》则改成是与王重阳斗酒的神僧所创。这位奇僧与王重阳斗酒获胜，得以览阅了一遍《九阴真经》，但是他认为《九阴真经》阴气太重，一味崇扬道家黄老之学，只重以柔克刚，以阴胜阳，未及阴阳互济之妙，于是在四卷梵文版《楞伽经》的行缝之中，写下了自创的《九阳真经》。
张无忌掩卷思索，对这位高人不偏不倚的武学至理佩服得五体投地，心想：“这应称为《阴阳并济经》，单称《九阳真经》以纠其枉，还是偏了。”新修版《倚天屠龙记•第十六章》因此，大成版的“九阳神功”也从至刚至阳的神功升级为了阴阳互济的最上乘内功了，代表着武学的最高境界。不过不全版的“九阳功”，像少林武当峨嵋三派的“九阳功”，还是至刚至阳的内功，这点设定是没变的。
