皇帝为了制约内阁权重的问题，以司礼监宦官作为“秘书”，从而一发不可收拾，成为宦官专政的导火索。这些权力制约中，内阁与六部、司礼监形成矛盾体，首辅与次辅也形成矛盾体，这是党争形成的重要原因，党争又成为行政效率低下的致命毒药。所以明末内外形势窘迫的情况下，尚有言官的相互抨击，这都是权力集团扔出的利剑，抨击政敌的同时，也插入了大明王朝的心脏。
清朝的军机处的产生与职能清朝在努尔哈赤时代形成了极具满族特色的“八王议政”制度，随之演化成“议政王大臣会议”制度，这是军事民主决议的形式。它对满清迅速强大并入主中原的意义重大，然而在奴隶主向封建王朝的跨度中，满清统治者对明朝旧制取其精华去其糟粕，逐步改制中枢，将皇权推向了无以复加的顶峰。（议政王大臣会议形式）清朝的封建化以及君主集权是在皇太极时期开始，但仍然未改变议政王会议的形式。
到顺治亲政后，由于长期受到汉文化影响，故而开始了大刀阔斧的政治改革，旨在将一个军事合议政府改变为有序的文治政府。但顺治帝只进行了三年的改革就神秘去世，除了以内三院为基础建立内阁以外，只留下“日讲起居官”的陪读秘书模板，这种模板对后世帝王的改革提供了经验。（四大臣）顺治帝为年仅8岁的玄烨留下了辅政体系，即非宗室亲贵的索尼、遏必隆、苏克萨哈、鳌拜，四位议政大臣成了他的辅政团队。
这四位辅政大臣废除了内阁，将顺治帝的汉化机制一一抛弃。当鳌拜独大之后，辅政体系的平衡彻底被打破，他将“议政王大臣会议”以及内阁之权揽于一身，再次对皇权形成威胁。康熙八年（1669），在满臣索额图、汉臣黄锡衮、王弘祚等人的支持下，清除了以鳌拜为首的政治集团。年仅15岁的康熙自此开启了父亲没能完成的汉化改革，第一步便是重启内阁，并将内阁制度细化完善，使其成为正式的国家行政体系中枢。
（鳌拜经典影视形象）与明朝一样，康熙赋予内阁票拟权，但削弱了首辅的地位，内阁大学士轻其权而重其名。然后保留“议政王大臣会议”的决策权，内阁在这个时期就成为办实事儿的行政机构，所以也就被“排挤”成外朝。“朕不时观书写字，近侍内并无博学善书者，以致讲论不能应对。今欲于翰林内选择博学善书者二员，常侍左右，讲究文义。
”——《康熙起居注》与此同时，康熙参照顺治帝的日讲起居官，从汉族文人中挑选伴读，旨在汲取治国良策。于康熙十六年（1677年）在禁城之内设陪读书房，这就是著名的南书房。（南书房）起初，南书房供职人员不得参与外朝政务，只是偶尔受皇帝特旨承担草拟职能，可随着三藩之乱的发展，康熙帝政务愈加繁忙，遇有急奏时召集“议政王大臣”多有不便，于是经常于南书房内以陪读文臣作以参谋机要，将内阁外朝政务分拨至“内廷”处理，进而使南书房的职能逐渐转变，愈加接近核心权力圈。
故而到了康熙中后期，形成了内阁、议政王大臣会议、南书房三者皆涉机要的局面，即“大事关大臣；群事关内阁；撰拟谕旨则关南书房”。长此以往，南书房因近水楼台之便，成了皇帝的机要参谋机构。雍正七年（1729年），雍正帝为筹备对准噶尔部的战事，于户部之下设立军需筹备专项机构——军需房。这也是参照了南书房的模式，以信任的亲王、大臣做军事行动的参谋。
随着战事的发展，雍正帝将军需房迁至禁宫门外，以便提升军务处理的效率，由此也更名为“办理军机事务处”。军机大臣都是兼职的形式，雍正帝随时召见军机大臣询问战况、听取意见、作出裁决、军机大臣根据旨意草拟文书，不经内阁，直接发给有关官员执行。这在提高战时军务处理效率的同时，也削弱了内阁的权力，而军机处只是上传下达，皇权得到了空前强化。
（军机处）虽然军机处是为筹备战事设立，但他对雍正帝的启发就是君主集权的重要性，所以雍正帝在之后不断分解内阁、议政王大臣会议的权力。密折制度就是最好的方式，大臣绕过礼部通呈司，直接向皇帝上报机要的折子。这曾经是康熙帝监视江南反清复明活动的工具，曹雪芹的祖辈在江陵织造干的就是这种监视工作。雍正皇帝为了加强皇权，将这种制度扩大化，规定凡五品官员皆赐密奏之权。
我国第一档案馆现存康熙朝密折3119件，雍正朝的则达到4万余件，这无疑是增加了雍正皇帝的负担，所以军机处就顺理成章的成为雍正帝的阅折机构，这与内阁的票拟权如出一辙。到了乾隆时期，军机处职能逐步增加，首先就是编制上：军机大臣额定扩充至六人，军机章京扩充至十六人，满汉各半，凡有重要策令下发，由军机处直接办理的为“庭寄”；由军机大臣转交内阁办理的则称“明降谕旨”。
