成稿之后，献给了康熙，王鸿绪也因此再次被起复。这就是所谓的《明史稿》。这一版本的明史，对建文帝生死的描述很简单而斩钉截铁。就是李景隆打开了南京城的金川门，迎接了燕王朱棣，得知消息的宫中随即起火，建文帝和马皇后“崩”。那为什么最终版的《明史》又变成了“帝不知所终呢”？甚至还对细节进行了描述：燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之也就是说，这次明史的修订，给出了燕王朱棣也可能知道火中的尸体有可能并不是建文帝朱允炆这种说法。
接下来的描述更是有传奇色彩：或云帝由地道出亡。就是说，有种说法是建文帝朱允炆从宫中的地道逃跑了。为什么两个版本的《明史》差距这么大？看看两个版本的明史成书的时间，我们就知道了。第一个版本的明史完书于康熙年间，那时清人刚刚入关不久。顺治帝刚入关的时候，甚至还有前明的五个割据政权。到吴三桂杀死永历帝之后，前明的割据政权没有了，那怎么办？总得师出有名吧？于是就有了朱三太子。
朱三太子影视化形象康熙年间，有十多起打着“朱三太子”的旗号反清复明的案件。所以，此时的《明史》编纂者王鸿绪，应该是为清朝的统治服务，用朱允炆确实在南京城破的时候已经驾崩这样的前明故事，来告诉那些尚且心怀前明的人，明朝，已经亡了，明王室没人了，别再折腾了。第二版的《明史》则是在乾隆年间开始重新修订。此时清朝入关已久，统治趋于稳定。
所以，乾隆本人甚至亲自下诏：宋太祖之斧声烛影、明惠宗逊国出亡等事，异说滋多，尤当剖晰是非，以昭定论。那么，清朝人又是根据什么知道建文帝之生死有可疑之处呢？这当然是根据前明的史料得来的。明朝人自己对建文帝的生死和之后的下落，态度也有着很大的变化。明史中特殊的名词：革除年间。咱们都知道朱棣攻下南京城之后，直接下令取消建文帝的年号，改当年为洪武三十五年。
也就是说朱元璋的洪武三十一年又被朱棣人为续了四年的寿命。建文朝的事就等于在当时的明史中没了。在朱棣一朝中，称呼建文帝直接以名字“朱允炆”呼之。这在连写个文章起个名都要避讳君王名字的时代，可以说是对建文帝的公开羞辱。那提到建文朝该怎么办呢，这段时期，被记载为一个特殊的名词：革除年间。但是，朱棣不让别人讨论朱允炆的事，他自己对朱允炆的下落确实是很关心的。
之所以让咱们后人感觉到迷雾重重各种猜测。是因为朱棣虽然很关切这件事，却又不能让纪纲等人明目张胆地搜山寻海去找建文帝。因为首先是他的“靖难之役”这个“靖难”本身就站不住脚。朱允炆又是朱元璋自己指定的继承人，说来说去朱棣都难逃篡逆之名。那就只能让建文帝“崩”，然后自己再悄悄去找他。至少得比那些建文遗臣要更早地找到他，免得被那些人利用来动摇他的统治。
于是，我们在《明史·姚广孝传》就看到了僧道衍临终时要求释放僧溥洽的故事。姚广孝在永乐十六年，感觉自己命不久矣。于是从南京赶到北京觐见朱棣。君臣相见，“语甚欢”，朱棣还赐给姚广孝一个金唾壶，大概就是一个铜痰盂吧。朱棣问姚广孝还有什么要求。姚广孝说：僧溥洽已经关押很久了，请您放了他吧。朱棣的主录僧是姚广孝，而朱允炆的主录僧就是这位溥洽。
都是当年朱元璋安排到自己的子孙身边的僧人。而当年就有传闻说，朱允炆是剃秃了头，伪装成僧人逃跑的。溥洽就是知情者，而且朱允炆还曾在溥洽处藏匿了一段时间。所以朱棣在当年就找了个借口，把溥洽关押了起来。这一关，就是十几年过去了。这次姚广孝为溥洽求情，所谓人之将死其言也善，朱棣就答应了他的请求，释放了溥洽。姚广孝心愿已了，不久就去世了。
关于朱允炆化妆成僧人逃走，正德年间的礼部右侍郎黄佐所著《革除遗事节本》中有述：说建文帝刚刚出生的时候，朱元璋看这孩子“顶颅颇偏”，就是朱允炆头型不太正。所以朱元璋认为这孩子未来估计难得善终。就给朱允炆准备了全套的剃发工具放到一个盒子里。并对朱允炆说：你一定会遇到跨不过去的坎，到时候，就打开这个盒子吧。
所以，朱允炆在南京城破的时候，就伪作僧人逃跑了。这个记载，在影视剧《大明风华》展示过。这份记载值得注意的有一点，那就是对建文帝的称呼，已经改成了建文君。这事多亏了明仁宗朱高炽。朱高炽虽然在位不足一年，但是他在撰写《大明神功圣德碑》的时候，把建文帝的称呼，由直呼朱允炆改成了建文君。朱棣主持修撰的《奉天靖难记》中一直把建文君臣称呼为“贼”，朱高炽则改了一个比较中性客观的称呼：敌。
