另一方面，则是琼华派，玄霄了解的那个琼华派，是人才鼎盛的琼华派，除了长老、掌门之外，掌门太清的几个弟子，玄震、云天青、玄霄、夙玉四人都被青阳长老评价为万中无一之才，而自己冰封出来后，发现琼华派被夙遥这个嫉贤妒能的掌门治理的完全不成样子，夙遥连个长老都不晋升长老，而二代资质最优秀的慕容紫英，在玄霄看来仍然属于修为未有所成的程度，这并非资质不够，而是夙遥不肯让慕容紫英修炼高深仙术。
这在玄霄看来，自己誓要雪耻的琼华派也变得如此不像话，彻底让他感到十九年里自己所思所想到底是为了什么？既然妖界不像话，琼华也不像话，那就只剩下飞升了。所以最后云天河说，如果你想成仙，一定还有其他办法！我可以陪你去找，直到找到为止！玄霄回复是“……天河，你晚了二十二年。”之前有数次机会只要有人劝他帮他，他就能放弃，但现在“一生成于修道、亦毁于修道，纠结已深不可解，此种心境，他人怎能体会？！”而升仙的这个念想，最后也被九天玄女打破了，所以玄霄才疯了一般的说出“苍天弃吾、吾宁成魔”。
九天玄女魔翳魔翳是仙剑五和仙剑五前传的大反派，他大概就属于那种“没有好坏，单纯只是立场不同”的反派，他作为夜叉国的大长老，从头到尾的一切都没有半点私念，都是为了夜叉国的生存。由于魔界的地脉动荡，导致夜叉国的水脉干涸，长此以往，夜叉国必然变成毫无水源的炼狱，解决这个问题有两个办法，一是找女娲后人，女娲后人的力量加上水灵珠和神农鼎可以修复水脉，但如果女娲后人灵力尚未成熟，那么将未成熟的女娲后人献祭了，也可以解决问题。
第二个办法则是想方设法打破两界封印，直接入侵人界，夺取水源。不过无论龙溟还是魔翳，一开始也还没有极端到直接准备开战，他们起初还是准备第一个办法，找女娲后人。不过这里说一句，他们找女娲后人自然不会怎么在意对方的死活了，毕竟魔族让女娲后人心甘情愿的去修复水脉，似乎可能性不大。于是魔翳与夜叉国主龙溟利用人间的一次罕见的大地震（地震是自然灾害，不是他们搞得），大地震带来了两界的封印动荡，也让大量人类死亡，他们趁机将缚魂玉投放到了人间，魔翳得以将魂魄寄托于死人的肉体在人间行动。
魔翳同时由于这次两界的动荡，相当数量的人类因为沾染魔气而异化成了半魔，这些人饱受人类歧视，甚至遭到围剿，魔翳便进一步挑拨双方的关系，并逐步引导蚩尤在人间的后裔姜世离的血脉力量觉醒，并且将他逼上绝路，创立净天教，跟人间正派力量对立，他则以枯木的身份辅佐姜世离。这么做的目的，便是为了让未来可能的进攻人界铺路。
后来龙溟取水灵珠失败，并且死在了人界，魔翳虽然是龙溟的舅舅，又是夜叉国大长老，但他本人并不会龙家秘传的越行术，能以本体穿梭两界，而龙溟的弟弟皇子龙幽实力不足，越行术修炼也不到家，于是魔翳认为第一条路已经堵死了，就只剩下第二条路，进攻人界了。于是他进一步挑拨姜世离，告诉姜世离人间并非魔族生存的好地方，还是得回归魔界，姜世离当时并没有多少野心，只是想要带着这批半魔去魔界生存，于是就答应了去打蜀山的锁妖塔封印，最后虽然失败，但也让蜀山彻底将姜世离视作死敌。
魔翳跟仙剑五系列被他迫害的所有人，其实都不带有私人恩怨的，只是他骨子里认为人类是比魔族低等的存在，现在夜叉族面临生死存亡关头，人类死多少自然不在他的考虑范畴，自然对人类也不存在感情，也因此他虽然附身夏侯韬二十年，却对不明真相，一直以为这是自己亲兄弟的夏侯彰以及算是自己养大的夏侯瑾轩，都能毫不犹豫的下杀手。
魔翳最后结局之时，姜世离跟魔翳驾驶的湮世穹兵同归于尽，而湮世穹兵是魔翳以元神之力驾驶的，魔翳也跟着死亡，临死前仍然口中念念不忘夜叉族，龙幽安慰其说，他会做好一个王，魔翳消散。总得来说魔翳对于夜叉族是合格的大长老，但要说他该不该死，那当然是该死，为了本族利益，挑动人间争斗，准备入侵人间，这是洗不白的，但最后他既然死了，那就人死账消了。
柷敔北冥有鱼，其名为鲲，鲲之大，不知其几千里也，柷敔便是庄子记载的巨兽鲲，仙剑的设定中，鲲属于上古神兽，在成长到一定年岁之后，便会沉睡从而积蓄力量，最后当力量积蓄足够，便会鹏化飞天，化为鹏，鹏化之后鲲便会归于虚无，同日留下后代。柷敔柷敔虽然是仙剑六的大反派，但是她曾经却是很单纯的存在，作为上古巨兽，她起初完全不懂世间的弯弯绕绕以及各种情感，在仙剑六故事发生的数百年前，此时柷敔为了积攒鹏华的力量已经沉睡了万年之久，大概是因为沉睡过久，所以她庞大的身体被在外表上已经看不出是生物的样子。
有一支禺族在北海底发现了一处温暖宜人的所在，欣喜地迁徙过去定居。它们却不知道，此地却是鲲的背上，禺族在鲲的背上建立了一座城市，名为天晴之海。禺族女王每日都会冥想，祈求上天保佑自己的臣民平安。有一日，她在冥想之时发现了一个沉睡的巨大意识。女王小心翼翼地接近这个意识，然而它一直全无反应。直至许多年后，冥想中的女王察觉到这个意识似乎可以交流了，原来此时鲲积蓄力量已经快要完毕，进入了逐渐苏醒的状态，鲲在梦中，透过禺族女王的眼看着禺族的喜怒哀乐，悲欢离合，看着天晴之海成为北海明珠。
她好奇，不安，继而沉溺。但是此时的鲲并不知道这是现实，她只以为这一切是一场温柔的梦。在这梦中，鲲了解到了一种名为“母亲”的情感，鲲之一族，在鹏化之时留下后代，但随后成年的鲲便会归于天地，从来没有“母亲”的概念。当禺族女王生下女儿，再度冥想为女儿祈福之后，鲲发现这个意识十分的温暖，感到了好奇。然而光阴荏苒，如此又是百年，鲲始终以为这是一场梦，梦终究是会醒来的，当她终于积蓄了足够的力量破海飞升，天晴之海却因此几乎崩毁殆尽。
禺族女王用尽最后的力量，最后一次接触鲲的意识，终于令鲲发觉，一切并不是梦。柷敔此时天晴之海中的禺族已经死伤大半，柷敔这些年来已经将禺族视作自己的子民，她强行停止鹏化，为了此，不得已血缚了拥有时间之力的雾魂泉，这场来说，这是不可能成功的，但是因为鲲鹏化之时十分痛苦，所以昔年神农曾经破例允许鲲之一族在鹏化时可以借助一些雾魂泉的力量，这被柷敔利用来停止了鹏化。
并且准备进一步吸收生命之力热海来一次性治疗所有重伤沉睡的禺族。雾魂泉的泉守是衡道众的首领赢旭危，雾魂被血缚必然带来更大的问题，而大量吸食热海能量也会带来天地异变，不过柷敔此时是可以商量的，赢旭危通过启魂珠为柷敔收集大量生命力，柷敔也就不去吸食热海，也让柷敔能够早日解除雾魂的血缚，但是赢旭危和柷敔都没算到，赢旭危是用人类的生命力为柷敔填补，但启魂珠不仅仅吸收生命力，还有人类的残魂与阴暗，柷敔受到影响，性格开始改变。
为了出现不可避免的状况，柷敔答应衡道众，让他们以自己的血肉制造一个将会杀死自己的孩子，也就是仙剑六的女主——祈，柷敔吸食启魂珠越来越多，逐渐被阴暗侵蚀，虽然力图保持意识清明，但终是到了极限。后期的柷敔已经有了很多人类的情况，她要吸食热海，血缚雾魂，已经不再是纯粹为了解救禺族，而是为了自己活着，如何她还是那个单纯的上古巨兽，那么鹏化后归于虚无，自然毫无犹豫，但现在她有了情感，见到了女儿，见到了绚丽的世间，所以她想活下去。
但鹏化归于虚无是自然之理，赢旭危曾经提议被启魂珠侵染的柷敔带禺族进入时间禁锢，陷入永恒沉睡，等待未来可能的转机。若是曾经的柷敔多半会答应，但后期的柷敔，用她自己的话说"贪嗔痴妄，诸多人间欲念汝如何懂……汝仍是妖，吾却已是人了。"在懵懂的上古巨兽眼中，生死不过自然之理，鲲活了不知道多少万年，归于虚无也没有什么悲伤的，但当鲲有了人的情感之后，贪生怕死便是人之常情，所以她说若是自己归于虚空，这世间再美好又跟自己有什么关系？所以越今朝最后点破了，说到底，不过是“大家都想活着，那就看谁本事更大吧”柷敔最后在一身debuff的情况下，被祈这个克制她的兵器攻击，陷入了沉睡，进入时间禁锢，想来日后尚有转机。
